儘管朱由檢對李建泰的出京督師和抽調吳三桂部堵御農民軍抱有幻想，但山西前線傳來的越來越不利的消息，卻使他感到前途渺茫。何況吳三桂的軍隊移作抵禦農民軍之後，關外的滿洲貴族軍隊乘虛而入，京師也同樣難保。在這種內外交困之時，他何嘗不想效法晉元、宋高，趕在大順軍兵臨城下以前脫身南逃，依託半壁江山苟延殘喘。早在這年正月，朱由檢就秘密地多次召見主張「南遷圖存」的左中允李明睿。他四顧無人之後才向李明睿推心置腹地說：「朕有此志久矣，無人贊勷，故遲至今。汝意與朕合。朕志決矣。諸臣不從，奈何？爾且密之。」 接著，他同李明睿具體商量了南遷的路線、護衛、餉銀和留守事宜。二月間，形勢急轉直下，代帝親征的李建泰束手無策，派人飛章上奏說：「賊勢大，不可敵矣。願奉皇太子南去。」 南遷的問題逐漸由竊竊私議而公開形之於奏章。然而，連這樣一件並不難抉擇的事情，也因為朝廷內部的紛爭而擱淺了。按崇禎皇帝的本意是自己逃往南方，但一要大臣勷贊，二要顧全面子。李明睿在奏疏里故意把南逃美其名曰「親征」，就是摸准了朱由檢的這種心理。可是，大學士們唯恐皇帝南遷時留下自己輔佐太子居守，變成替死鬼；即便隨駕南遷，一旦京師失守，也說不定由於自己曾經主張南遷而替人受過。於是一個個唯唯諾諾，不置可否，即所謂「帝欲大臣一言主之。大臣畏帝不敢言，慮駕行屬其留守，或駕行後京師不能守，帝必罪主之者。遂無人決策。」 特別是一部分廷臣如左都御史李邦華，竟然主張「皇上自然守社稷」 ，而讓太子朱慈烺到南京去監國，同時分封定王和永王。這是完全不符合朱由檢心意的。因為如果實行這個辦法，朱由檢自己仍然逃不了命；即便有如天之福，勤王兵及時趕到，守住了京師，太子監國南京，說不定會重演唐肅宗靈武登基的舊戲。所以，他憤憤不平地說：「朕經營天下十幾年尚不能濟，哥兒們孩子家做得甚事？先生早講戰守之策，此外不必再言。」 在一片混亂當中，給事中光時亨又跑出來奏了一本，指責「李明睿南遷為邪說。」朱由檢氣急敗壞地當面斥責道：「一樣邪說，卻只參李明睿何也？顯是朋黨，姑且不究。」 南遷之議就在這樣一片紛爭當中拖延了下來。等到起義軍逼近北京的時候，朱由檢得到情報說，大順軍除了由大同、宣化方面來的主力以外，還有劉芳亮等統率的部隊沿黃河北岸進軍從南面包抄北京，往南逃跑的可能性也很小了。只有在內心追悔之餘，發出「朕不能守社稷，可殉社稷」的哀鳴，準備同他所代表的明王朝一道葬身於農民起義的火海 。