同許多史籍的記載相反，明末農民起義軍在組織上的統一，是在長期的對敵鬥爭中逐漸實現的。大量的原始材料令人信服地證明，那種把高迎祥描繪成前期的各部義軍的共同領袖，在他犧牲以後李自成又被推舉為「闖王」、繼承領袖地位的說法，根本違反事實。直至我們在這裡所述說的各部義軍建立統一領導之前，各部之間只有偶爾的協同作戰，而沒有出現過真正的統一領導。然而，統一畢竟是大勢所趨。從崇禎十五年夏天起，經過長期時分時合流動作戰的各支起義軍，終於在李自成的周圍逐漸走向統一。攻取開封時，李自成已被推舉為「奉天倡義營文武大將軍」。到南下湖廣襄陽等地區時，李自成的威望進一步提高，被推為「奉天倡義營文武大元帥」，從而出現了百川分流，同歸於海的興旺發達局面。當時，除了張獻忠部以外，各支起義軍都聽從李自成的號令。羅汝才在實力和威望上僅次於李自成，被推為「代天撫民德威大將軍」，但不得向全軍發布號令。統一號令是義軍實現統一的一個重大步驟，但是統一的過程並不是一帆風順的，需要克服農民階級的狹隘性和保守性。各營領袖長期習慣於各掌各的盤子，遇事自作主張，現在要轉到遵命而行；原先是平起平坐的戰友關係，各營之間是合則留，不合則去，保持著行動的完全自由，現在卻要改為嚴格的上下級從屬關係。這對於具有小生產者狹隘性的農民領袖來說，是相當困難的。特別是象羅汝才和革、左五營中的馬守應、賀一龍這幾位實力最強的領袖來說，更不容易做到放下架子，聽命於人。從李自成和羅汝才的稱號中，就預示著存在難以調和的矛盾：一個稱「奉天」，一個稱「代天」，天豈可代？這種不穩定的統一終於在很短的時間裡就爆發為公開的對抗。最終不得不以李自成處死羅汝才、賀一龍的方式來解決統一過程中的這個矛盾。
羅汝才和賀一龍被殺的經過，由於是起義軍最高領導層中的內部鬥爭，確鑿情況不易為外界所知。各種史籍的記載因消息來源不同而分歧甚大。大致情況是這樣的：三月初，李自成以設宴為名，請羅汝才、賀一龍到老營赴宴。羅汝才心懷疑懼，借故謝絕；賀一龍卻應邀而至。席間，李自成即命埋伏在左右的士卒把賀一龍處死。次日清晨，李自成親領精騎一百餘人來到曹營，說是有重要事情同羅汝才商量，進入羅汝才的卧室後即將羅殺死。接著向曹營的將士宣布羅汝才「通敵」的罪狀，說明處決是迫不得已 。
在李自成領導下實現起義軍的統一，適應了形勢發展的要求，具有歷史的進步性，是應當肯定的。為什麼在統一過程中採取的手段竟是如此激烈，以至於演出了一幕幕血光劍影的場面呢？除了農民階級本身的局限性以外，地主階級的插手，多方施展反間計也是個重要的原因。崇禎十五年八月，明督師侯恂在《論中原流賊形勢疏》中說到，「賊中聯營各部，如曹操一支，窺李自成有兼并之心，陰相猜貳。」說明明政府早已偵知李、羅之間存在隔閡的情報。他們當然不會放過機會去擴大和加深義軍領導人之間的矛盾，挑起義軍內部的火併。侯恂在疏中就建議，應該「伺隙設間，潰其腹心，賊必變自內生。」 在這以前，大學士薛國觀為朱由檢起草的詔書，就曾經「諭河南總兵左良玉、陳永福，以數千金行反間，使自成殺汝才。」 崇禎十五年義軍圍攻開封時，河南巡撫高名衡即偽造了一封給羅汝才的「覆信」，信中說：「前接將軍密書，已知就中云云。及打仗時又見大炮苗頭向上，不傷我兵，足見真誠。一面具題，封拜當在旦夕。所約密機，河北兵馬於九月初三日子夜由下口渡河，專聽施行。」送信時故意讓它落到李自成手裡。「闖信之，後解圍，於襄陽遂殺曹。書稿得於西門公館書篋內，人始知公計也。」 吳偉業在《綏寇紀略》卷九中，也記敘了一個黃州生員陳某，混入義軍後在李自成、羅汝才之間遊說離間，企圖「以口舌令二賊相圖，可並滅也。」他先「說自成曰：『汝才必為變。』自成不應。過汝才曰：『將軍苦人以惡馬易善馬，盍以字烙之，令識別自為群耶？』汝才曰：『善，生其為我行之。』陳生故分『前』、『後』，『左』、『右』烙馬字，而先烙其左為一群。報自成曰：『羅營東通良玉，馬用左字為號矣。』自成偵之而信，遂殺汝才。」這些事實說明，起義軍內部鬥爭的激化，同明政府的反間計是有密切關係的。
羅汝才、賀一龍的被殺，在起義軍內部引起了很大的震動。《存漢錄》說：「汝才部下初多不服，自成百計籠絡，半月始定。」《平寇志》說，汝才被殺後「一軍大譁，闖賊以大隊兵脅之，七日始定。」這些記載，從一個側面反映了當時的實際情況。在羅汝才被處死以後，他的部將楊承祖、王龍等同李自成結下了怨仇，竟率所部向明陝西總督孫傳庭投降。明大學士蔣德璟在這年五月初三日的揭帖中說：「頃見秦督孫傳庭馳報曹操部將楊承祖投降一疏，內稱其敢戰多謀，為操驍將。操既被闖殺害，其部下哨目精兵與闖自相攜貳，真天欲亡闖一機。惟加銜都司出自該督給札，似當即下兵部徑以實銜與之，庶益知感奮用命。其餘部混天狼及劉副將軍，皆可乘機招致。自此賊勢益孤，便易為力。……」 蔣德璟的揭帖，反映了明廷妄圖利用羅、賀事件削弱義軍的僥倖心理，也證明義軍中曾經出現過局部混亂的事實。我們在分析「羅、賀事件」時，必須堅持階級分析的方法，既要看到地主階級從中插手，挑撥離間；也要看到它主要反映了農民階級的狹隘性和動搖性。決不能為了歌頌李自成，就把羅汝才、賀一龍說成是農民革命中的叛徒、分裂主義頭子。甚至違反事實地把羅汝才、賀一龍被殺後一度出現的混亂，描繪成全軍歡騰，一致擁護李自成的果斷措施。另一方面，我們也應當看到，封建社會中原來互不統屬的各支起義軍走向統一的時候，不可能按照近代的民主方式來實現，而往往是依據實力的大小、採取火併的方式來解決問題。因此，也不能因為李自成在實現農民軍統一的過程中採用的手段過於激烈而多所指責。
在一些史學論著里，把羅汝才同李自成之爭說成是路線分歧，認為羅汝才是「流寇主義」的典型代表，而李自成則是著手克服「流寇主義」的錯誤，雙方在應否「專土」的問題上發生了嚴重的爭執。這種說法的根據是吳偉業的一段記載：自成「置酒燕，語挑之曰：『吾與汝起草澤，不自量至此。今當圖關中，割土以分王。』汝才粗疏，時又醉，張目答曰：『吾等橫行天下為快耳，何專土為？』自成意色大忤。」 羅汝才是否滿足於「橫行天下為快」，反對「專土」，是個值得研究的問題。就目前所見到的材料來看，在崇禎十五年底到十六年初，李自成積極延攬人材建立地方政權的時候，羅汝才依靠他的重要謀士玄珪，也在從事著同樣的工作。如崇禎十六年正月十三日，羅汝才部佔領湖北安陸後，「用絃圭為考試官，遍拘諸生。」 攻克承天活捉明鍾祥知具蕭漢後，羅汝才也曾勸他投降：「吾知汝清官，能降我，當不失富貴。」蕭漢頑固不化，「偽參謀絃圭者又誘之曰：守死者腐儒之迂談，行權者達人之妙用。」 由於羅汝才、玄珪不久就被處死，我們對羅汝才部義軍在佔領地區的設施了解不多。但從這些片段的史料中，可以說明羅汝才也是重視地方政權建設的。
革、左五營的另一位著名領袖老回回馬守應。在「羅、賀事件」發生時正率部向澧州（今湖南澧縣）進軍。李自成授予他「永輔營英武將軍」的稱號，頒給四十八兩重的金印一顆 。馬守應推辭不受，意在保持自己的相對獨立性。李自成幾次調他帶領部眾回襄陽，馬守應不想蹈羅、賀的覆轍，把隊伍拉到長江以南的松滋一帶地方 ，與李自成保持若即若離的態度。甲申年春天，張獻忠義軍由湖廣入川，馬守應在彝陵病死，部眾隨張獻忠入川。五營的其他三位領袖即賀錦、藺養成、劉希堯則成了李自成的部將，在推翻明王朝的宏偉事業中作出了貢獻。
經過一個很短時間的動蕩之後，明末農民大起義中原來各支獨立的隊伍，終於在李自成的領導下統一起來。張獻忠雖然在行動上仍然我行我素，但也曾在一段時間裡於名義上承認李自成的領袖地位。他在湖廣直至入川後的戰鬥中，從戰略上都有力地配合了李自成起義軍。
「羅、賀事件」發生後不久，李自成又平定了袁時中的叛亂。
袁時中，河南滑縣人，崇禎十三年在開州聚眾起義。十四年渡過黃河轉戰於河南、安徽、江蘇的部分地區。由於河南原先有袁老山為首的礦民起義隊伍，所以袁時中的隊伍被稱作「小袁營」。在河南府縣的地方性農民起義中，小袁營是流動性最大也是發展得最快的一支。崇禎十五年，李自成部已在各支義軍中享有很高的威望，袁時中也應邀同李自成等部聯合作戰。在李自成的部署下，他所率領的小袁營立下了一些戰功。當李自成、羅汝才和革、左五營南下湖廣時，袁時中部仍然留在河南。由於袁時中本人的不堅定，經常動搖於起義軍和明政府之間，明朝地方大員也多次拉攏他，希望把他拉過去攪亂李自成部的後方。李自成發