崇禎十五年夏天，李自成、羅汝才聯軍在河南境內所向克捷，剩下周藩所在的開封孤零零地處於義軍的重圍之中。朱由檢眼見農民起義在中原地區有如烈火燎原，無法收拾；返顧官軍的狀況，幾年以來武將擁兵自重，逐漸形成尾大不掉的局面，突出地表現為調動不靈，或者即便奉調而來，一遇勁敵就丟下督師的文臣各自逃命。當時明政府用於鎮壓農民起義的官軍中，實力最強的是屯駐於河南、湖北的左良玉部和所謂援剿總兵賀人龍等統率的陝西兵。這兩人都驕橫跋扈，不為朝廷所用。賀人龍於崇禎十三年曾從四川「譟歸」陝西，不肯為追剿張獻忠、羅汝才部起義軍賣命，後來兩次隨陝西總督出關都不戰而潰，把朝廷的方面大員傅宗龍、汪喬年先後丟給了義軍。左良玉在楊嗣昌督師時就不服調遣，丁啟睿繼任督師後對他更是一籌莫展，「往來依違其間，為良玉調遣文書，未始自出一令。時人謂之『左府幕客』。」 在這種走狗不走的局面下，朱由檢知道無法把農民起義鎮壓下去，遂決定分別採取措施，力圖改變現狀。
由於賀人龍問題更嚴重，朱由檢密令新任陝西總督孫傳庭將他處斬，藉以殺一警百。這年四月間，孫傳庭檄調各總兵會集於西安，在筵席上突然逮捕賀人龍，宣布罪狀後立即斬首示眾。接著部署善後事宜，以賀人龍部兵丁分隸諸將，提升賀人龍手下的農民軍叛徒、副總兵高傑為總兵，藉以穩定軍心 。
對於左良玉，明廷考慮到他麾下兵多勢重，其中相當一部分是他收羅來的義軍叛徒所統的部隊，如果處置不當很可能一鬨而散，依舊變為「流寇」。因此朱由檢採取了結之以恩的辦法。左良玉年輕時曾犯下搶劫軍裝罪被削去官職，屈身走卒之列，後來被侯恂看中授以兵權，在援遼戰役中嶄露頭角，從此一帆風順位至大將。由於有這一番遭遇，他對侯恂自然懷有好感。崇禎帝知道個中原委，認為可以利用侯恂同左良玉的關係加以籠絡。崇禎十五年六月，他特旨把當時因事下獄的侯恂放了出來，任命為兵部右侍郎兼都察院右僉都御史，總督保定、山東、河北軍務，並轄「平賊」（指掛「平賊將軍印」的左良玉）等鎮援剿官兵，讓他組織官軍南北合擊以解開封之圍。侯恂是河南歸德府人，對家鄉情況比較了解，接任以後就上疏朝廷，對用兵方略提出了一個全盤計畫，疏中說：
「寇患積十五年而始大，非可一朝圖也。由秦入豫，一敗汪喬年，再敗傅宗龍 @，而天下之強兵勁馬皆為賊有矣。賊騎數萬為一隊，飄忽若風雨，過無堅城，因資於兵。官軍但尾其後問所向而已，卒或及之，馬隤士飢。甚且以賜劍之靈，不能使閉城之縣令出門一見，運一束芻，饋一斛米。此其所以往往挫衄也。今賊氛告迫，全豫已陷其七八，藩王告救，望若雲霓。然自他日言之，中原為天下腹心；自今日言之，乃糜破之區耳。自藩王言之，維城固重；自天下安危大計言之，則維城當不急於社稷。臣為諸道統帥，身任平賊，豈可言舍汴不援？但臣所統七鎮，合之不過數萬之卒，而四鎮尚未到也。馮河而前，無論輕身非長子之義，亦使群賊望之測其虛實，玩易朝廷矣。……故為今計，苟有確見，莫若以河南委之。令保定撫臣楊進、山東撫臣王永吉北護河；鳳陽撫臣馬士英、淮徐撫臣史可法南遏賊沖；而以秦督孫傳庭塞潼關；臣率左良玉固荊襄。凡此所以斷其奔逸之路也。臣鄉自賊中來者皆言百萬（指起義軍入數），今且以人五十萬、馬十萬計，人日食一升，馬日食三升，則是所至之處日得八千鍾粟也。中原赤地千里，望絕人煙，自茲以往，安所致此哉。目今兵強無過良玉。良玉為臣舊部，每對臣使涕泣，有報效之心。三過臣里，皆向臣父叩頭，不敢擾及草木。私恩如此，豈肯負國？但從前督、撫駕馭乖方，兼之兵多食寡，調遣為難。誠使臣得馳赴其軍，宣諭將士，鼓以忠義，用三楚之糧養全鎮之兵，臣不就度支關餉，陛下亦不必下軍令狀責取戰期。機有可乘，即東出與孫傳庭合，群賊腹背受攻，飢擾馳突無所，不相屠戮，必自降散。舍此不圖，而欲急已潰之中原，失可阨之險要，蛇豕肆釁，恐其禍有不止於藩王者。此社稷之憂，而非小小成敗之計也。」
侯恂的奏疏表明，統治集團內部一些人，也開始認識到雙方力量對比發生了根本的變化，處於劣勢的明政府已經不能主動地尋求義軍主力作戰，只能扼險據守，等待時機。因此，他反對廷議以援救開封作為當務之急，主張責成陝西、保定、山東、鳳陽、淮徐各督、撫固守本境，他自己不是按朝廷的意旨調左良玉部北上解開封之圍，而是前往湖北坐鎮於左良玉軍中相機行事。他指出當時河南已是赤地千里，糧食窘絕，義軍近百萬之眾集中在這裡，過不了多久就會出現糧食危機。到那時他再督率左良玉部由湖廣北上，會同陝西總督孫傳庭夾攻起義軍於河南。就昏憒的明廷來說，這可算是有點戰略眼光的主張。不過，侯恂的建議即便為朱由檢所採納，也未必能收到多大的效果。因為以李自成為首的數達百萬的義軍固然會碰到糧食困難，但決不會像侯恂一廂情願地設想的那樣蹲在河南挨餓。侯恂提出的責成與河南接境的各省督撫保境自守，「斷其奔逸之路」，不過是楊嗣昌「十面張網」的翻版。這裡的關鍵在於，當起義軍決策所向時，擔負防堵的督、撫能否頂得住。一旦防堵失敗，首當其衝的方面大員勢必成為侯恂的替罪羊，這正是侯恂狡猾之處。
侯恂的建議一提出，立即被朱由檢所否決。他不顧實際情況，堅持首先必須力解開封之圍。侯恂無奈，只好下令調左良玉部北上。左良玉明知自己不是義軍的對手，全軍北上有可能被義軍圍殲。為了敷衍侯恂的面子，他派部將金聲桓帶五千士卒先行報到，充作護衛侯恂的親軍，同時附上一信說自己將親統大軍三十萬隨後來會。左良玉部額定兵員只有兩萬五千名，他通過招降納叛拼湊起來的大批軍隊，都是用就地打糧等法子自行籌餉的。這次他滿口答應傾巢出動聽從侯恂調遣，弦外之音是以三十萬人馬的糧餉數字，示意使侯恂知難而退。侯恂也明白左良玉的用意，連忙回信說無法解決三十萬人的糧餉，請他不必北來 。朱由檢企圖利用侯恂籠絡左良玉，達到在河南擊敗義軍以解開封之圍的設想，就在這樣一陣勾心鬥角的官樣文章中全盤落空了。
這年九月，明河南官僚在救援無望的情況下，挖開黃河大堤淹沒了開封。同年閏十一月，侯恂也罷去官職，重新關進了監獄。
下面再談陝西官軍的動向。新任總督孫傳庭原是陝西巡撫，崇禎十年十月和總督洪承疇一道奉調率領陝西官軍勤王，洪承疇被任為薊遼總督，孫傳庭為保定總督。不久由於他同楊嗣昌等人矛盾激化，耽心禍及，便自稱耳朵聾得連大炮聲都聽不見，請求解任。崇禎帝發覺他假報病情，一怒之下，把他關進監獄。崇禎十五年汪喬年兵敗身死，朱由檢想起他過去在陝西鎮壓農民起義相當賣力，又再次起用。召對時問他需要多少兵？孫傳庭在班房裡蹲了三年，對外面的情況不了解，以為起義軍的力量還同當年一樣，隨口回答有五千精兵就夠了。朱由檢大喜，正式任命他為陝西三邊總督。孫傳庭接任以後才發覺，世事的變化早已超出他的預料，立即上疏說「非練兵二萬，餉百萬不可。」 朱由檢認為他出爾反爾，在奏疏上批示道：「原議練兵五千可以破賊，何以取盈二萬？且百萬之餉安能即濟？但得餉一月，便當卷甲出關，共圖殲盪，不得過執取咎。」 孫傳庭無可奈何，在誅殺總兵賀人龍整飭軍紀後，就加緊練兵，準備以三邊兵力出關同義軍決戰。這時，開封已經岌岌可危，崇禎皇帝急不可耐，下詔以巡按御史蘇京監延綏、寧夏、甘肅、固原四鎮兵，催促孫傳庭出關。孫傳庭上疏說兵是新募來的，缺乏訓練，不能打仗。朱由檢拒絕考慮他的意見。孫傳庭被迫出師，於是年九月以總兵高傑為中軍，另調總兵左勷、白廣恩、鄭嘉棟、牛成虎等部大舉出潼關。途中得到開封已經陷沒的消息，就領兵向南陽進發。李自成和羅汝才帶著義軍西向迎敵。十月初一日，兩軍在郟縣地區大戰。戰前，孫傳庭命總兵鄭嘉棟、高傑、左勷等部設下埋伏，由總兵牛成虎領兵出戰。兵刃既接，牛部偽裝戰敗向後撤退。李自成部義軍中計追入伏中，官軍伏兵盡起，牛成虎部也回頭死斗。義軍大敗，向東撤走。官軍在後面緊追，見起義軍丟下的甲仗物資很多，紛紛爭著搶東西。羅汝才部義軍當時駐紮在名叫香山的地方，望見李自成部失利，官軍爭奪財物亂成一團，就抓住戰機出擊。官兵措手不及，左勷、蕭慎鼎部首先潰敗，他部也立腳不住跟著逃竄。義軍轉敗為勝，殺官軍士卒數千名，將校七十八人，奪得大批戰馬。孫傳庭收拾敗軍退入潼關，把蕭慎鼎斬首示眾。左勷因為是宿將左光先的兒子，只罰他賠償兩千匹戰馬抵罪。孫傳庭上疏自劾，朱由檢無可奈何，只好責成他立功自贖 。
陝西官軍退入潼關以後，義軍乘勢收復河南州縣，十月二十五日再次佔領洛陽 。至此，黃河以南河南境內的官軍，就只剩下據守在明崇王封地——汝寧府的保定總督楊文岳部了。