崇禎十一年二月李自成等部出川以後，在力量對比上處於不利地位。當時，大部分起義軍在中原地區活動，留在西北地區的只是李自成、過天星等為數不多的幾支義軍。他們碰上的對手陝西三邊總督洪承疇和陝西巡撫孫傳庭，在明官僚中都是比較狡猾也比較賣力的 。陝西（包括三邊）的官軍比較驃悍，號稱「敢戰」。就時間而言，又正趕上明廷「三月平賊」的最後期限。洪承疇和孫傳庭同朝內掌兵權的楊嗣昌有矛盾，唯恐追剿不力，會受到朝廷的處治。因此，他們以百倍的瘋狂分頭撲向由川返陝的起義軍。李自成部在洪承疇所統總兵曹變蛟、左光先、祖大弼、副將賀人龍等部官軍的追擊下，出川不久就在河州、洮州（今甘肅臨夏和臨潭附近）地區兩次戰役（三月十九日、二十日）中連遭失利，人員和馬匹損失很大。李自成帶著敗兵向西進入少數民族地區打算補充馬匹，洪承疇的官軍卻尾追不舍。四月，李自成部只好又折而東返，從甘肅鞏昌府屬的羊撒寨渡過洮河，晝夜兼程向西和、禮縣進發。為免被追剿的官軍發覺，李自成決定採取分散隱蔽的方式，命劉體純（綽號二虎）等「分路另走」；自己也「蹤跡益加詭秘，且避走山中，掩藏行徑。」 四月初十日，李自成親自帶領起義軍戰士和家屬三百人，行至甘肅禮縣北名叫馬塢的地方。明總兵左光先領著部下官兵於次日黎明追至，兩軍相距不過四、五十里，李自成等人處境相當危險。幸虧官軍在馬塢歇息一日，起程時又判斷錯誤，李自成才得以擺脫官軍的追擊，進至陝、川交界地區，同部將李過、劉體純等帶領的隊伍匯合。事後，洪承疇懊喪不已，在給朝廷的報告中悲嘆道：
「夫闖將為諸賊中元兇，僅領三百喪敗之眾抱頭鼠竄，誠數年未有機會，即窮日夜之力，身先士卒，不顧性命，以擒斬此賊，亦是應得責任。無奈計算不到，追趕不緊，使元兇脫然遠逝。目前既不成一股完功，將來尤必費兵力殄滅。光先何所辭責？」
李自成部在陝甘失利後，於五月間會同六隊祁總管部共三千多人進入四川境內。洪承疇急忙指派陝西監軍道樊一蘅督促副將馬科、賀人龍部官軍進川追擊；自己帶總兵曹變蛟、王洪趕到西鄉縣；檄調總兵左光先率部進駐漢中府；在甘肅階州、徽州、文縣和陝西略陽一帶也部署了兵力，擋住起義軍北返和西進的道路。七月十三日，馬科、賀人龍部同起義軍交戰於四川廣元。四川巡撫傅宗龍唯恐義軍又象崇禎十年那樣直入成都平原，故調集了四川官軍和他從雲南帶來的部分軍隊，配合陝西官軍夾剿。八月初五日，雙方作戰於南江縣境，義軍因眾寡不敵，奪路北奔。十六日，到陝西城固縣境，打算渡漢水，取道石泉、興安往湖廣、河南。渡河時，遭到左光先部官軍的襲擊。這時義軍只剩下一千四，五百人，不足以對付官軍，因而退入附近山區。在艱險的形勢下，六隊頭目祁總管灰心喪氣，帶著部下六百多人向左光先投降。李自成部力量更形單薄，只得轉入深山密林，使官軍摸不著蹤跡。李自成本人，「夜則山林藏身，不敢入窩鋪宿歇。」 洪承疇以為全勝在望，誇下海口說：「闖將同零伙散賊，暫爾逃命。……計必擒斬於官兵之手，不則，亦困斃山林間。」 可是，李自成卻以堅忍不拔的意志，帶著為數不多的殘兵敗卒，巧妙地擺脫了官軍的重兵追剿 ，向東轉入陝西、湖廣、四川三省交界的大山區，盡量避免同大股官軍正面交鋒。從崇禎十一年八月到崇禎十三年秋天李自成部進入河南的兩年時間裡，我們對這支義軍的活動情況了解不多，其原因是此時李自成部兵員相當少（大約在一千人上下） ，活動地區又是人煙稀少處，明政府把注意力轉到了實力較強的張獻忠、羅汝才、老回回、革里眼、左金王等部身上，所以關於李自成的記載不多。甚至有的官員還以為李自成已經死去，部眾非死即散。
從崇禎十一年冬到十三年冬的兩年時間內，李自成起義軍發揮的作用，遠不能同張獻忠等部相比。這期間李自成部雖然進行了一些戰鬥，但規模比較小，戰果也不大，在記敘上從簡是可以的。然而，清初以來的史籍作者，由於主觀和客觀種種原因，沒有查考出此時這支義軍的動向，卻不願意在敘述上留下一大段空白，就依據傳聞或自己的推測來填補材料的不足。這樣，就出現了許多虛構的記載，其中不少到今天還為一些史家沿襲，傳布得很廣。這些虛構的記載包括所謂「潼關南原大戰」 於其地設為三覆以待，俾吾蹙而致之，可一戰擒也。傳庭乃於潼關原依邱阜、蔽林木，每五十里而立一營，曹變蛟躬執長刀驅賊，賊奔入伏中，亂相蹈籍。我軍驍雄跳蕩，無不一當百，飛走路絕，遂無所逃。其倖免者或棄刀與騎迸逸漢南之山中，村塢山民又預奉督撫教令。用白棓遮險，遇輒棒殺。秦賊遂盡，降者猶數十萬，委仗邱陵，或分隸鎮將，或散歸農隸。李自成妻女俱失，從七人遁走。」據上引洪承疇兩次題本，李自成部自崇禎十一年三月間起先後在甘肅河州、洮州，四川南江，陝西城固等地失利，到這年八月間只剩下一支一千人上下的小隊伍轉入深山。吳偉業說什麼這年十月雙方大戰於潼關原，起義軍投降的竟然有幾十萬人，丟下的武器堆得像座小山，實在離開事實大遠了。就目前所見到的明朝當事官員的文書和潼關等地地方志也沒有任何跡象表明在潼關南原發生過這麼一場大戰。">；「大戰」的結果是李自成慘敗，率殘部「息馬深山」 ；直到崇禎十二年五月張獻忠谷城再起之後，才收拾舊部同張獻忠、羅汝才相呼應，並在次年冬天率部突入河南。經過近年來的探討，對李自成起義軍這段期間的經歷了解得多了一些，但仍然留下了一部分空白。由於李自成部在這兩年時間裡的活動對全局影響不大。沒有必要把目前掌握的片段材料一一列出 。但是，應當指出，在整個明末農民戰爭處於低潮，許多實力較強的起義軍都捲入了投降受撫的逆流時，李自成部儘管在軍事上和生活上都處於極其困難的境地，卻「始終不受撫」 ，表現了起義農民的耿耿正氣。