崇禎九年七月高迎祥的被俘，只是當時農民軍中最強的一支遭到重大挫折。就明末農民戰爭的全局來說，仍然在繼續高漲。李自成等部活躍於陝西、寧夏，甘肅；張獻忠、革·左五營、羅汝才、劉國能、李萬慶等大部起義軍則馳騁於河南、湖廣、安徽的廣大地區。起義軍行如飆風，使明政府地方當局顧此失彼，應接不暇，處處陷於被動狀態。朱由檢感到需要挑選一個有反革命才能和魄力的官員擔任兵部尚書，統籌軍務，把轟轟烈烈的農民起義鎮壓下去。他根據素來的觀察，選中了原宣大總督楊嗣昌。當時，楊嗣昌因為父親楊鶴病死，正丁優在家。朱由檢用人心急，特旨「奪情」，起用楊嗣昌為兵部尚書。崇禎十年三月，楊嗣昌到達北京。陛見時，他擺出一幅胸有成竹的樣子，侃侃而談，彷彿他一上任就能把農民起義鎮壓下去。楊嗣昌為人機警圓滑，深得事君之道。他善於揣測朱由檢的意圖，奏對時多方迎合。朱由檢聽得十分入耳，每次接見都談得很久，對楊嗣昌的建議言聽計從，連聲說道：「恨用卿晚」 。
楊嗣昌上任以後，主要抓了三件事：一是制定戰略；二是議兵議餉；三是推薦人材。
在戰略方面，楊嗣昌對明廷面臨的軍事形勢作了一個全盤的分析。在兵員和財力都捉襟見肘的情況下，究竟以對付關外的滿洲貴族進犯為主，還是以鎮壓中原的農民起義為主？楊嗣昌主張集中兵力打垮農民軍，即所謂「安內方可攘外」。他在崇禎十年四月初二日的《敬陳安內第一要務疏》中說：
「竊臣犬馬弩鈍，加以草木幽憂，一切失其常度。蒙恩破格起用，疊奉明旨星趨，首以安邊蕩寇勉臣料理。似乎安邊第一，蕩寇次之。微臣乃言必安內方可攘外。何也？竊以天下大勢譬之人身，京師元首也，宣薊諸邊肩臂也，黃河以南、大江以北中原之地腹心也。人之一身，元首為重。邊烽訌肩臂之外，乘之甚急；流寇禍腹心之內，中之甚深。急者誠不可緩圖，而深者尤不可忽視也。誠使腹心乂安，臟腑無恙，則內輸精血，外運肢骸，以仰戴元首而護衛風寒於肩臂之外，夫復何憂？今腹心流毒，臟腑潰癰，精血日就枯乾，肢骸徒有膚革，於以戴元首而衛肩臂，豈不可為慄慄危懼也哉！以故臣言必安內方可攘外，必足食然後足兵，必保民斯能蕩寇，此實今日證治之切，根本之圖。非敢緩言攘外也，求攘外之至急，不得不先安內耳……。」
這個奏疏的中心意思，是認定農民起義是腹心之患，而山海關外的滿洲貴族只是肩臂之疾。因此，楊嗣昌反覆陳言，主張把軍事重點放在鎮壓農民起義上面。為了達到「安內」的目的，他建議集中兵力、財力對農民起義軍展開大規模的圍剿。為此，他提出了「張十面之網」的反革命軍事部署。具體說來，以陝西，河南、湖廣、鳳陽這四個農民軍活動的主要地區為四正，責成這四個地方的巡撫「分任剿而專任防」，即以剿為主，防為輔；以延綏、山西、山東、應天、江西、四川這六個省份為六隅，責成這些地方的六個巡撫「時分防而時協剿」，即以堵擊起義軍進入自己管轄地區為主，必要時也參加協剿。另以陝西三邊總督統率西北邊兵，同中原地區的五省軍務總理直轄的機動兵力作為主力，「隨賊所向，專任剿殺。」
從表面上看，楊嗣昌「張十面之網」的軍事部署似乎非常嚴密，象某些封建史家評述的那樣，大有「滴水不漏」之勢。實際上這種計畫完全是紙上談兵。起義軍經過十年的艱苦奮戰，實力和作戰經驗都已大大提高，楊嗣昌規劃的「十面張網」根本不是什麼牢不可破的銅牆鐵壁，一旦義軍在任何方向上破網而出，「滴水不漏」就必然變成決堤洪流。所以，這個部署不過是楊嗣昌一廂情願的如意算盤罷了。
議兵議餉。楊嗣昌為了實現一舉蕩平的美夢，建議增兵十二萬，具體方案是：鳳陽和泗州祖陵官兵五千，承天祖陵官兵五千，各堅守不動；陝西三邊總督官兵三萬，總理軍門官兵三萬，作為追剿起義軍之用；鳳陽、陝西二巡撫官兵各一萬，湖廣、河南二巡撫官兵各一萬五千。兵增加了，餉自然也得隨著增加。按楊嗣昌計算，十二萬官兵中，步兵七萬四千名，每名每天發給餉銀五分，一年共需銀一百三十三萬二千兩；馬兵三萬六千名，每名每天支餉銀、草料銀一錢，一年共需銀一百二十九萬六千兩，兩項合計共需銀二百六十二萬八千兩。後來經過戶部尚書程國祥計算，這個餉額只夠供十一萬名兵員之用，還需增加一萬名官兵的餉銀十八萬兩，總計籌餉二百八十萬八千兩。
在明末社會經濟遭到嚴重破壞，社會財富高度集中的情況下，要籌集這樣一筆龐大的軍餉，辦法只有讓皇帝、親王、勛戚和大官僚地主拿出銀子來。然而地主階級貪婪吝嗇的本性決定了此路不通。朱由檢在崇禎十年四月二十七日召對大臣時說道：「去歲諭令勛威之家捐助，至今抗拒，全無急公體國之心。就是省直鄉紳也不捐助。及至賊來，都為他所有了。怎麼這等愚？」朱由檢在指責勛戚鄉紳時，頗有點旁觀者清的味道，可是一談到自己的內帑就暴露了他同樣財迷心竅。他說：「賊定要大剿，定要用大兵，只是錢糧若不出於民間，就該發帑藏了。目今帑藏空虛。因糧與加派無異，前查約數若干限二日內奏奪，如何不見奏來？」
皇帝帶頭叫窮，勛戚和鄉紳也抗拒不捐，增加的兵餉就只有全部壓到髓乾血盡的貧苦農民身上了。楊嗣昌的建議，這二百八十萬兩銀子的主要來源是按田畝加派。在這以前加派的方法是根據盧象升的建議，凡繳納地畝糧稅在五兩以上的加征若干。這種方法稱之為因糧，其特點是由納稅糧多的地主承擔加派。儘管它歸根結底還是落到佃種地主土地的農民身上，但一般農民繳納稅糧不可能達到五兩以上，也就不在加派之列。盧象升的建議多少考慮到了當時農民的實際狀況。他明白，農民們之所以紛紛起義是因為無以為生，再要從他們身上榨取更多的銀錢，勢必驅使更多的人參加起義 。楊嗣昌作為官僚地主的代言人，堅決反對這種「分別貧富」的「因糧輸餉」，主張不再區分稅糧多少，按田畝一體加征。他說：「因糧輸餉，前此盧象升奏行一年，不能應手。良由宦室富民從來飛灑、詭寄，以避大戶差徭，如今欲分貧富，其事甚難，只分得個巧拙而已。」 崇禎帝急於把農民起義鎮壓下去，只要能拿到養兵的銀子就不計後果，立即同意楊嗣昌的建議，一律按畝均輸。這就是許多史籍上語焉不詳的「改因糧為均輸」的內容。
崇禎十年閏四月，朱由檢正式下詔加征剿餉。詔書說：
「流寇蔓延既久，生民塗炭已極。不集兵會剿，賊不能速除；不多措錢糧，兵不能大舉。帑部匱詘，設處無方。廷議改因糧為均輸，暫累吾民一年，除此腹心大患。籌思再四，萬非得已。……今責成所在撫按，大張榜示，備述朝廷為民除殘、多方軫恤至意。遍集官吏，嚴行戒飭，遞布鄉村，詳加勸諭，使遠邇盡知，貧富均納，果能遵行無擾，自然好義樂輸，剿功告成，一體敘錄。」
加餉二百八十萬兩，「改因糧為均輸」，無異是朱由檢、楊嗣昌為代表的反動統治階級飲鴆止渴。在朝廷討論增兵加餉的時候，楊嗣昌就說過：「黃河以南，大江以北，東西七、八千里，止有州縣城池尚在，其餘村落殘破難堪。臣昨從湖廣荊州·襄陽二府、河南南陽·開封二府過來，親見地方數百里無一莖青草，人民相食，至不忍言。」 下面我們將會看到，實行這種方針的結果，是把數以百萬計的農民趕至起義軍一邊，直接導致了崇禎十三年以後農民起義的大發展。
除了加派以外，楊嗣昌還建議查核「溢地」，說是農民開墾的田地超出了原先的田畝數額，查出之後計畝徵稅對於解決增餉也不無小補。在當時大面積土地拋荒的情況下，提什麼清查「溢地」，簡直是痴人說夢。它無非是為了避免大地主增加負擔而巧立名目，加緊對貧苦農民搜括的又一法罷了。戶部尚書程國祥迎合朱由檢和楊嗣昌的意圖，別出心裁地引唐代為例，建議稅房間架，向城市居民徵收門面稅。朝廷據此發布詔令說：「暫借民間房租一年」。 規定不論大、小戶，一律按門面徵收稅銀一錢。有的地方官趁火打劫，自行規定「每門面之內有房一間即稅銀一錢。」 北京城裡的小戶人家怨聲鼎沸，象明世宗時百姓把皇帝的年號嘉靖呼為「家凈」一樣，他們也「呼崇禎為重征」 ，藉以發泄對朝廷苛捐雜稅的不滿。
關於用人，楊嗣昌大力推薦兩廣總督熊文燦接替王家楨為總理。他在疏中說：「臣思總理一官，與總督專任剿殺，須得饒有膽智，臨機應變之才，非見任兩廣總督熊文燦不可。」 值得注意的是，楊嗣昌同熊文燦過去並沒有在一起共過事，自然也談不上有什麼真切的了解。那麼，他為什麼這樣斬釘截鐵地斷言，負責中原「平寇」事宜的總理一職非熊莫屬呢？原來其中另有文章。熊文燦本是個大言無實的人，自詡知兵，在福建巡撫任內招撫了「海盜」鄭芝龍，升為兩廣總督，以後又平定了「海盜」劉香，頗得朝廷賞識。兩廣物產豐盈，又是對外貿易的門戶，各種奇珍異寶、新