明廷任命盧象升為五省軍務總理時，曾指望通過東西夾剿迅速平定農民起義，為此立下了六個月內「完局」的限令。到崇禎九年春，限期快過完了，農民起義雖然遭到一些挫折，但總的形勢是雙方互有勝負。官軍疲於奔命而農民起義仍然方興未艾。朱由檢不禁焦急起來，先後發布了加緊剿殺和招撫「脅從」的詔令，企圖雙管齊下，一舉撲滅農民起義。三月，他「諭兵部：勒總理盧象升及河南、陝西、鄖陽各巡撫尅期剿寇軍令狀」 ，對任事諸臣施加壓力，暗示如果不能按期平「寇」，將難逃朝廷大法。五月，他又裝出一副悲天憫人的樣子，發布了所謂「大赦山陝脅從群盜」的詔書，其中說：
「朕仰承天道，俯御萬方，念此軍民，誰非赤子？止因官貪吏狡，年歲凶荒，以致饑寒所迫，甘作非為。一二無知，漸至脅從遂眾。數年來無辜被僇，不知其幾矣。朕痛心惻念，寢食靡寧。……為此再頒赦書，遣官馳諭，所在撫按大書榜示，從俗開導。如有悔罪投誠，棄邪歸正，即稱救回難民，逐一查明籍貫，在本地者編入保甲，在各省者分遣護歸，舊業清還，多方撫卹，使安井裡之樂，永消反側之心。……如有執迷不悟，怙終罔悛，彼既自外生成，豈得復容覆載？督、撫飭厲將士，合力夾剿，務盡絕根株，無滋餘孽。嗚呼，撫順剿逆，朝廷法實無私；出死入生，若輩不可失算。詔布遐邇，咸使聞知。」
這一詔書雖然說了不少動聽的話，但並沒有什麼實際意義。奉命齎詔前往招撫的兵部職方司員外郎包鳳起，在奏疏中就提出需要解決安插之地，需要賑貸「牛種諸費」，還要有「專心料理之人」，才可以做到「可居可耕，新附樂業」 。朝廷既然除了一紙詔書之外什麼也不給，所謂解散「脅從」也就成了一句空話。下面我們將看到，朱由檢頒布的這道大赦詔書，除了對少數動搖分子有一定的引誘作用以外，並沒有能夠阻止農民起義的繼續發展。
高迎祥在明末農民戰爭的前期，是一位名聲卓著的領袖人物。他領導的那支起義軍長期轉戰於陝西、寧夏、甘肅、山西、河南、安徽等地，許多力量較小的起義軍都曾同他聯合作戰，有力地打亂了明王朝的統治秩序。由於他領導的起義軍實力最強，故被朝廷視之若眼中釘，必欲除之而後快。明兵科都給事中常自裕曾向朝廷獻策道：「賊渠九十人，闖王為最強，其下多降丁、甲仗精整，步伍不亂，非他鼠竊比。宜合天下之力，懸重購必得其首。第獲闖，余賊不足平。」 崇禎八年，盧象升在疏中也特別指出：「闖王又第一稱強，誰能當者？豫楚必將鼎沸矣。」 於是，一場以圍殲高迎祥部為主要目標的反革命軍事行動開始了。九年五月，盧象升部官軍齊集於豫西洛陽一帶，堵住農民軍由陝西折回中原的路，陝西巡撫孫傳庭和三邊總督洪承疇部官軍，則充當圍剿高迎祥部的主力。
高迎祥由於在江淮地區作戰不利，於九年二月率部西返河南，一度屯聚在登封、魯山、南召山中。不久，會合闖塌天、蠍子塊部轉入陝西興安、漢中地區 。七月十五日，高迎祥領著部隊從盩厔（今周至）縣黑水峪 出屯仙游寺。孫傳庭和洪承疇所部官軍也跟蹤而來，分別在十六日和十七日進抵周至，雙方展開了激烈的戰鬥。義軍初戰告捷，擊敗參將李遇春部官軍。洪承疇見形勢不妙，就施出招降的一手，對義軍進行分化。義軍中的不穩定分子乾公雞張二、一斗谷黃龍等竟私下向官軍賀人龍接洽投降。在馬召原的戰鬥中，他們利用雨後大霧，高迎祥下馬張弓射敵之機，偷著把高迎祥的坐騎和部卒向南拉走。等到高迎祥發現這一陰謀時已經來不及了，只好脫下甲胄隱蔽在草叢裡，不幸被官軍俘虜 。
高迎祥被擒的消息使明廷大為振奮，朱由檢得意之極，令把高迎祥押解來京獻俘，要陝西當局「擇的當員役，沿途撥兵嚴防，毋致疏虞。」 這位為明末農民革命事業作出了重大貢獻的英雄人物終於在北京被害 欣《明盧忠烈公傳》，都說高迎祥是在同盧象升的部將祖寬交鋒時被殺，盧象川考慮到洪承疇當時處境困難，勸說祖寬把這件「功勞」讓給洪承疇。這種說法不大可靠，因為孫傳庭《鑒勞錄》內，明載獻俘奏疏，文尾還有朱由檢的硃批「聖旨」，顯然不是在對陣時被殺害的。">。
高迎祥的被俘犧牲，對於當時在陝西作戰的義軍是一個重大的打擊。有的首領人物竟因此而對鬥爭前途悲觀失望，走上了乞撫投降的歧路。這年九月初，義軍的兩位著名首領張妙手（即張文耀）、蠍子塊（即拓養坤）由徽州和秦州（今甘肅省徽縣和天水市）到鳳翔，向明陝西當局乞求招安。陝西巡撫孫傳庭「親詣面諭，兩渠搏顙感泣。」 張妙手當場就率部投降，蠍子塊在次年三月也「遣散夥黨，親率頭目十二人至會城乞降」。後來，蠍子塊因代他求撫的明總兵張全昌被朝廷逮捕問罪，心懷疑懼，在崇禎十年十月於陝西華陰地方拉起隊伍向西進發，被孫傳庭布置降丁武大定殺死 。