陝西的起義農民被淹沒在血泊中後，明廷即著手加強山西的圍剿力量。崇禎五年十二月初七日，臨洮總兵曹文詔奉命和部將馬科、曹變蛟等人一道，帶領「逐一挑選、屢經戰陣」的馬步兵丁三千五百人由甘肅慶陽開拔，經潼關渡河，前往「山西蒲州、河津賊聚等處，轉至平陽、潞安一帶各賊四犯地方」 。明廷對曹文詔部入晉會剿寄予很大希望。朱由檢親自批准給他先加升一級，授權「節制秦，晉諸將。」 馬科、曹變蛟等也分別陞官以資鼓勵。統治者希冀把陝西的戰果擴大到山西，一場圍殲山西起義軍的戰鬥就要開始了。
為了對付鏖集山西的官軍，起義軍採取了避實就虛的策略。崇禎六年正月，他們東跨太行山進入畿輔地區，出現在順德（今河北省邢台地區）、真定（今正定）兩府境內。這使明政府深感不安。給事中孟國祚上言說：
「畿南咽喉重地，順德為大平原，千里直走京師，非有河山為之蔽也。今晉有曹文詔、張應昌；豫有左良玉、鄧玘，賊將何之乎？昔之秦驅於晉，晉驅於豫者，今轉而驅之順德矣。」
為了堵御起義軍進入畿南平原地帶，保護京師的安全，明廷急忙抽調通州兵二千，昌平兵二千，會同保定總兵梁甫部八千人，配合大名兵備道盧象升和山西官軍夾剿。
在同官軍作戰中，起義軍充分發揮了流動作戰的優越性，他們在晉、冀、豫三省接境地區不斷轉移，避開官軍的重兵，相機出擊。這就使官軍處於被動挨打的地位，統治階級內部的矛盾也激化了。兵部指責「河南不塞太行之險，揖賊使入，不得無罪。」 河南的鄉紳們向朝廷請求，由陝西總督洪承疇兼管山西、河南軍務。兵部同意了這個方案，認為可以統一事權，防止各省互相推諉，便於全面部署對起義軍的圍剿。兵部還建議洪承疇移駐三省交界的潼關，監製山西、河南二巡撫和曹文詔、鄧玘、張應昌三總兵。可是，這時朱由檢還不願意讓臣下掌握較大的權力，沒有同意。他把起義軍活躍於三省歸咎於官軍作戰不力，派太監陳大奎、閻思印、謝文舉、孫茂霖為內中軍，分別出任曹文詔、張應昌、左良玉，鄧玘四鎮的監軍。這件事進一步暴露了朱由檢獨夫民賊的反動本質。他的統治越是不穩，就越不相信人。在他看來，太監是自己身邊的親信，派到軍中充當耳目，可以防止文武官員的欺矇。實際上，宦官們擅長的只是巧言令色騙取皇帝的信任，藉以招權納賄。在軍事上他們完全是外行。所謂「監紀功過」，不過是給他們提供一個發財的機會罷了。地方上的文武官員，為了讓他們在皇帝面前說點好話，從貪污所得中分給一些油水，也就串通一氣，互為表裡了。以懲治閹黨而一度博得好評的朱由檢，在失望之餘，終於走上了萬曆、天啟兩朝重用宦官的老路。
起義軍在畿南地區同官軍作戰互有勝負。由於當時起義農民的力量還敵不過官軍，華北大平原上又無險可據，在朝廷逐漸加強這一帶防守力量以後，起義軍就轉入太行山區。明潞王分封在衛輝府（府治在河南汲縣），他眼看農民軍在豫北的力量越來越大，封地岌岌可危，乃上疏告急，請求朝廷「早行剪薙，毋輕視賊。」 朱由檢特命倪寵、王朴任總兵，太監楊進朝、盧九德為監軍，統京營兵六千往豫北征討義軍。官軍倚仗優勢兵力，逐漸把起義軍主力壓縮在河南省的黃河以北地區。明政府以為北有重兵，南扼大河，可以把起義軍消滅在這裡。
崇禎六年五月，起義軍的一位重要首領紫金梁（王自用），在河南濟源病死了 。王自用在王嘉胤犧牲以後，曾被在山西的各支起義軍推為盟主。後由於明官僚施展離間計，使紫金梁和其他首領人物之間有了隔閡。據某些史籍記載，他本人也曾發生過動搖，有接受明政府招安的企圖 。儘管如此，王自用在當時仍然是一位有影響的領袖人物。明河北兵備道曹應秋就說過：「惟紫金梁死，其黨歸闖將，無復稱其號。此賊似能統領諸賊也。此賊死後，眾賊各自為隊，時分時合。」 這說明王自用的病死，在一定程度上增加了起義軍處境的困難。
崇禎六年冬，明政府調來的官軍雲集於晉、冀、豫三省的交界地區。由於當時主要的戰場已經移到了豫北，因此河南省的官軍稱為主兵，共有八千三百餘名；山西、河北和京營客兵達一萬九千六百人，加上曹文詔等所統陝西兵，參加圍剿的官軍總數當在三萬以上 。起義軍活動的餘地越來越小，糧食給養都極感困難，面臨著被官軍圍殲的危險。於是，起義軍首領們竭力謀求擺脫困境的辦法。十一月，張妙手、闖塌天、滿天飛，邢紅狼、闖將（李自成）等，向京營總兵王朴偽稱願意接受招安，「叩首言：我等皆良民，因陝西荒旱，致犯大罪。今誓歸降，押還故土復業。」王朴和監軍太監楊進朝、盧九德不知是計，以為不費吹灰之力，便可頓時弭平大患，同意接受投降。十九日，起義軍首領人物賀雙全、張妙手等十二人，親至河南彰德府武安縣（今屬河北省）面見王朴、楊進朝、盧九德以及兵備道常道立，表示接受招安的「誠意」。楊進朝等信以為真，馬上向朝廷奏報，同時停止了對起義軍的進剿。據史籍記載，當時在武安開報的詐降起義軍首領名單為：
賀雙全 新虎 九條龍
闖王（高迎祥） 領兵山 勇將
滿天飛 一條龍 一丈青
哄天星（當作混天星——引者）
三隻手 一字王 闖將（李自成）
蠍子塊 滿天星 七條龍
關鎖（當作關索——引者） 八大王
皂鶯 張妙手 西營八大王（張獻忠）
老張飛 詐手 邢紅狼
闖塌天（劉國能） 馬鷂子
南營八天王 胡爪 哄世王（當作混世王——引者）
一塊雲 亂世王 大將軍
過天星（惠登相） 二將
哄天王（當作混天王——引者）
猛虎 獨虎 老回回（馬光玉）
高小溪 掃地王 整齊王
五條龍 五閻王 邢闖王
曹操（羅汝才） 稻黍桿 逼上路
四虎 黃龍 大天王 皮里針
張飛 石塌天（當系射塌天李萬慶——引者）
薛仁貴 金翅鵬 八金龍
鞋底光 瓦背兒 劉備
鑽天鷂 上天龍
共計六十一名 。
起義軍以偽降為掩護，麻痹了明朝當事的文武官員，向官軍士兵和地方百姓購買裘、靴等衣物，積極準備渡河而南。二十四日，天氣驟寒，山西垣曲到河南濟源之間的一段黃河封凍成橋。起義軍乘官軍不備，用門板鋪在冰上再加一層土，分三路馳馬而過，到達河南澠池縣境的馬蹄窩、野豬鼻。明河南防河中軍官袁大權倉猝迎戰，被起義軍擊斃。起義軍主力就這樣一舉突破了黃河天險，把明政府調來的重兵甩在後面 。從此，農民軍在更廣闊的地面上往來馳騁，明末農民戰爭進入了一個新的階段。