在大部分起義軍渡河進入山西以後，陝西的農民起義並沒有消沉下去，有好幾支起義軍仍然在當地堅持鬥爭。崇禎四年九月，神一魁重新起義，佔領了寧塞縣城。不久發生內亂，神一魁被部將黃友才等殺死。十一月，譚雄部起義軍兩次攻入安塞縣。明陝西總督洪承疇派副總兵曹文詔圍攻寧塞的黃友才部，自己帶著副總兵李卑會合總兵王承恩往攻安塞。這時，一座城、一朵雲、薛紅旗等率起義軍三千多人，從魚河川（在榆林縣境）出發，突然進抵安定城下。「城中貧民恨富人」，為之內應，起義軍遂克安定 。明總兵王承恩到達安塞後，誘殺譚雄等五人 ，移兵進攻安定，起義軍被迫撤走。與此同時，混天猴部義軍攻克甘泉縣，奪得餉銀十萬八千兩，處死知縣郭永圖。河西兵備道張允登也被擊斃 。接著，這支起義軍又攻克葭州，兵備道郭景嵩斃命。陝西總督洪承疇急忙檄調曹文詔、張全昌部合剿。五年正月，混天猴派部卒偽裝米商進入宜君縣，乘夜裡應外合奪取了縣城。接著又佔領了保安、合水二縣。
這個時候，原屬神一魁部下的郝臨庵、劉六（劉道江）、可天飛等部也在甘肅慶陽、環縣一帶重新起義，四齣攻擊，一時活躍得很。崇禎四年十二月，黃友才和劉五、郝臨庵、可天飛等部圍攻環縣，明署縣印同知趙應蘭驚惶無措，自縊身死。洪承疇調甘肅總兵楊嘉謨、寧夏總兵賀虎臣來救。黃友才被官軍火銃擊死，可天飛和郝臨庵率領部眾撤往甘肅環縣以北，地名東川、西川的高山深澗地帶。崇禎五年二月，可天飛、郝臨庵又圍攻慶陽府城。洪承疇派臨洮總兵曹文詔領兵來救。三月十三日，曹文詔和甘肅總兵楊嘉謨，同起義軍作戰於西壕，起義軍大敗，犧牲了一千多人 。四月，不沾泥張存孟在西川設立十七哨六十四寨，領兵進攻米脂、葭州。明延綏巡撫張福臻、陝西總兵王承恩等統馬、步兵三千與洪承疇會合，向起義軍發起猛攻。不沾泥戰敗，和劉民悅一起被官軍俘斬於綏德。七月，混天猴也被明軍馬科部擊殺於延水關。
官軍依仗優勢兵力，屢次擊敗留在陝西的起義軍。總督洪承疇、陝西巡撫練國事、巡按御史金蘭等即抓緊時機，部署對起義軍設在鐵角城一帶的基地（今甘肅環縣北）進行圍剿。鐵角城山高溝深，形勢險要，歷來是官府統治薄弱的地方。郝臨庵、可天飛等部長期在這裡「分地耕牧」 ，「為持久計」 。崇禎五年八月，洪承疇一面調集大軍進剿，一面派出間諜「借招撫為名，前赴各賊營，授以密計，與以重賞，潛行反間，令其以賊殺賊。」 農民軍勢不能敵，一些動搖分子紛紛投降。其中如白廣恩率部投降後，立即充當了明政府鎮壓農民起義的劊子手。他領著官軍直奔起義軍首領可天飛（何崇謂）的營地何家老寨，可天飛不幸陣亡。叛徒白廣恩用起義農民的鮮血，換得了自己的加官晉級，後來一直升到總兵，明亡前夕朱由檢還授予他蕩寇將軍的稱號。十月，新任延綏巡撫陳奇瑜派總兵王承恩，往剿一座城、薛紅旗部起義軍。一座城被叛徒喬六郎所殺，薛紅旗和一字王（拓先靈）也在骨都寺為明靖邊兵備道戴君恩擊殺。十一月，曹文詔等部官軍追剿郝臨庵、獨行狼部於陝西耀州錐子山，起義軍敗北，撤入鳳凰山。監軍道樊一蘅見山險難攻，派間諜進入起義軍中，引誘不穩定分子殺害郝臨庵、獨行狼，拿著他們的首級向官軍投降。這時，洪承疇以為大勢已定，就食言自肥，從投降人員中拉出四百名所謂「猙獰慓悍者」慘加殺害，充分暴露了反動統治者的陰險狡猾 。至此，在陝西堅持鬥爭的各支起義軍，基本被明政府血腥鎮壓下去。據明巡按御史范復粹崇禎六年的奏報，陝西起義軍在作戰中被殺的有三萬六千六百多人。至於一般群眾遭到官軍殺戮蹂躪的更是不計其數。
陝西的農民起義一時沉寂了下去，而進入山西的起義軍卻越戰越強。他們象決堤的洪水一樣，沖入明帝國的腹心地區，把農民革命逐漸推向高潮。