從上面概括描述的明朝末年社會階級矛盾在各方面的表現，我們可以清楚地看到，以朱明王朝為代表的封建統治已經極度腐朽，烈火在地下運行，一場大規模的農民革命正在醞釀當中。
萬曆年間，統治階級中的某些人士已經懷著不安的心情，指出朱明王朝業已面臨著社會的大動蕩。如郭正域在題為《法祖停稅賦》的奏章里說：
「自古亂亡之禍，不起於四夷，而起於小民。秦之強盛，兼并六國，卒之擾亂天下者，非六國也，乃陳勝、吳廣一二小民也。漢之天下，四夷款塞，呼韓來朝，卒之擾亂天下者，非四夷也，乃黃巾等賊一二小民也。元之天下，滅金滅宋，一統四海，卒之擾亂天下者，非金非宋也，乃韓山童、劉福通一二小民也。」
安州知州張遂在《興除議》一文中，也大聲疾呼「盜賊可憂」。他說：
「國家自庚戌以來，北擊胡，東掛倭，西滅哱，南平播，節年不聞以盜為苦也。間即桴鼓時聞，皆謂鼠竊不足慮，而不知秦之亡非以陳勝乎？漢之亡非以張角乎？唐之亡非以黃巢乎？天以水旱開其機，上以暴斂驅其眾，此盜之所由起也。……而奸雄如陳勝，黃巢之流，非可以威降、術羈，此其人最足為隱憂，是在廟堂之上，當預有以羅致駕馭之也。」
然而，統治集團所代表的，正是社會上盤根錯節的反動勢力，它們自身已經無法解脫社會危機。在這種情況下，打破封建統治的枷鎖，為歷史的前進開闢道路的，只能是農民的革命運動。
農民的起義並不是一帆風順的，地主階級的反動統治也不是一推就倒的。從萬曆年間起，各地的農民曾經多次舉起義旗，向腐朽的明王朝發動衝擊。例如，萬曆十六年，劉汝國在安徽太湖宿松地區領導起義，自稱濟貧王 ，鑄銅印大書「替天大元帥」 ，「就富民箱囷，招徠饑民共食之。饑民隨者數萬人。」 起義農民多次擊敗官軍。明政府地方當局派人招撫時，劉汝國斷然拒絕，在回信里義正辭嚴地宣布：「豪家不法，吾取其財以濟貧，此替天行道，而違之是逆天也。」 同年春，在湖北等地也發生過饑民搶米的風潮。如大冶縣「谷價騰踴，閭閻蕭條。一夫攘臂大呼，轟然蟻聚，動百十人。持斧破廒，所至一空。」
萬曆二十七年，白蓮教徒趙古元（原名趙一平）在徐州一帶組織起義。他的徒眾到處宣傳，「世道之將變，尊古元為真人。」趙古元等制定了詳細的起義計畫，「約以二月二日各處兵馬八路齊起，先揚淮，次取徐州新河口，阻絕糧運；次取金陵、燕都，大事可定。」明地方官僚驚呼：「黃巾、赤眉之禍，再見於目前。變生呼吸，可為寒心。」
萬曆三十四年，南京又有無為教徒劉天緒等人密謀起義。劉天緒「自稱為闢地定奪乾坤李王」，「又自號為龍華帝主。」
天啟二年，山東白蓮教徒在徐鴻儒領導下舉行起義。這次起義具有廣泛的群眾性，當地農民「多攜持婦子、牽牛架車、裹糧橐飯，爭趨赴之，競以為上西天雲。」 起義軍很快就攻克了鄆城、鄒縣，滕縣、嶧山等縣城，計畫「南通徐、淮、陳、穎、蘄、黃，中截糧運，北達神京，為帝為王，改元建號。」 同時還有河北景縣民於弘志等起義響應。天啟四年九月，安徽潁州，碭山以及河南永城一帶，有楊桓、楊從儒的密謀起義。他們「嘯聚徒眾，私相部署，偽稱懿德元年。」
這些中、小規模的農民起義，都在萌芽階段或初起之時即被明王朝血腥鎮壓了下去。然而，反革命的屠刀並不能解決尖銳的社會階級對抗。反動統治者的倒行逆施，勢必激起人民群眾更大規模的反抗。
總之，從萬曆後期到天啟年間，整個中國的天空已經彤雲密布，不時發出隱隱的悶雷聲。那些中小規模的地區性農民起義，就象一陣陣刺目的閃電，不僅揭露了籠罩大地的黑暗，更有力地預示著一場大規模的暴風雨就要來臨了。