明朝的軍制，開初是寓兵於農。明太祖朱元璋實行軍民分籍制度，編為軍戶的農民世代為兵。政府把他們按照衛所的編製組織起來，進行屯田。沿邊衛所三分守城，七分屯種；內地二分守城，八分屯種。每名軍士給田五十畝和耕牛農具。收穫所得以十二石歸軍士自己食用，餘下的作為本衛所軍官的俸糧和儲積。在這種制度下，政府只對屯田情況進行督察，不用給餉。所以朱元璋曾不無得意地說：吾養兵百萬，不費民間一粒粟。可是，後來法久弊生，軍隊的屯田多被軍官、豪右和內監占奪。即如盧象升所言：「塞上民田少而軍地多。因循日久，俱為豪右所佔。是以屯日益窘，軍日益貧。甚至當軍者無地，種地者非軍，豪強侵霸以肥家，公私因是而交困。」 英宗以後，沿邊的戰事逐漸增多，「疆場戒嚴」，相應而來的是軍隊訓練和戍守的時間增加，農事自然受到影響。還有不少屯地被持敵對態度的少數民族所佔領，出現「田在敵外」 的情況。軍屯既敗壞得有名無實，商屯又由於開中鹽法的廢弛而破壞無遺，朝廷只有從國家財政中撥給餉銀。萬曆以後，國家財政入不敷出，拖欠軍餉的情況越來越嚴重。加上官吏的剋扣，士卒能領到的餉銀就很少了。在明末災荒連年，糧價陡漲的情況下，士兵的生活更陷於絕境。天啟七年八月，陝西巡撫胡廷宴的疏中說：
「臨鞏邊餉缺至五，六年，數至二十餘萬；靖鹵邊堡缺二年、三年不等；固鎮京運自萬曆四十七年至天啟六年，共欠銀十五萬九千餘兩。各軍始猶典衣賣箭，今則鬻子出妻；始猶沿街乞食，今則離伍潛逃；始猶沙中偶語，今則公然噪喊矣。」
崇禎年間，盧象升任宣大總督時，在巡視山西邊防後給朝廷的報告中說：
「今逋餉愈多，饑寒逼體。向之那錢借債勉制弓矢槍刀，依然典賣矣。多兵擺列武場，金風如箭，餒而病、僵而仆者且紛紛見告矣。每點一兵，有單衣者，有無袴者，有少鞋襪者，臣見之不覺潸然淚下。」
在另一件奏疏里，他又說：
「所轄之軍，其餉銀自去年十一、二月到今，分毫未領也。各軍兵雖復擺牆立隊，乘馬荷戈，而但有人形，全無生趣。往時見臣督臨，猶跪路跪門，紛紛告討。此番則皆垂首喪氣而已。彼其心豈不甚苦，勢豈不甚危，情豈不甚迫？蓋知臣無以應之，討亦如是，不討亦如是，故付之含淚不言耳。微臣知此，亦不覺淚從心底出也。況時值隆冬，地居極塞，胡風朔雪，刺骨寒心，微臣馬上重裘，猶然色戰難忍，隨巡員役，且有僵而墮馬者。此輩經年戍守，身無掛體之裳，日鮮一餐之飽。夫獨非聖明宇下蒼生、臣等懷中赤子乎？鋌而走險，所不忍言，立而視死，亦不忍見。一鎮如此，三鎮可知。」
軍政敗壞還表現為軍隊戰鬥力嚴重削弱，兵變和逃亡層出不窮，軍事紀律廢弛已極。
明末官軍戰鬥力的脆弱，無論在對滿洲貴族的戰爭中，還是在鎮壓農民起義的過程中，都可以舉出大量的例證，這裡就不細說。只附帶談一下家丁和親軍的問題。明後期，將領剋扣士卒糧餉是一個極其普遍的現象 。他們用脧削所得，過著花天酒地的糜爛生活，且向兵部官員、監視太監和紀功御史等人行賄，營求升遷或開脫罪責 。這就決定了他們同士卒的矛盾必然激化，平時摩擦甚多，戰時更不可能做到上下齊心。將領們為了保住自己的性命和地位，採取了自養家丁的辦法。他們把剋扣來的錢財拿出一部分，豢養一小批經過挑選的士兵，給予較好的生活待遇和馬匹器械等裝備。將領即便革職離任，家丁也依舊由他們帶回原籍供養 。這樣，到了關鍵時刻，家丁就成了將領邀功的王牌或逃命的盾牌。戴笠曾經指出，明朝邊將「一萬額兵，止有六千，以四千為交際、自給、養家丁之用。沿襲既久，惟仗家丁以護遁、冒功，而視彼六千為棄物。棄物多而家丁少，終不能以禦敵。」 可見，家丁制度是明朝後期軍政敗壞情況下出現的一種畸形產物，它標誌著官軍逐漸由維護整個地主階級統治的力量，蛻變成為將領們謀取個人私利的工具 。正是由於存在著這種不成文的家丁制度，我們在論述明末官軍時，既要看到它在總體上十分虛弱，又要看到那些軍閥們在個別場合，還是可以拿出一批亡命之徒來孤注一擲。
明末的兵變是統治集團危機的一個重要表現。萬曆以來，軍隊由於缺餉而嘩變的事件已時有所聞。天啟年間，福寧、杭州等地也先後發生兵變，還有援遼軍隊嘩變於河北玉田縣的事。崇禎年間，情況更為嚴重，以至於「飢軍嘩逃，報無虛日。」 如元年七月，遼東寧遠官軍缺餉四個月，士卒們枵腹難忍，群起嘩變。遼東巡撫畢自肅、寧遠總兵朱梅都被叛兵捉住，「棰擊交下」，畢自肅慚憤自盡。又如二年底至三年初，山西勤王兵嘩於近畿，甘肅勤王兵嘩於安定；崇禎八年，川軍嘩變，總兵鄧玘被火焚死；崇禎九年，寧夏飢卒因缺餉而嘩變，巡撫王揖被殺 。這僅是其中比較典型的例子。嘩變的兵丁有一部分參加了農民起義，由於他們受過正規的軍事訓練，對於提高農民軍的作戰能力起了一定作用。
明末官軍紀律的敗壞，達到了令人難以置信的程度。如史籍中所說，「今官兵所至，動以打糧為名，劫商賈，搜居積，淫婦女，焚室廬。小民畏兵，甚於畏賊。」 崇禎八年，戶部尚書侯恂給陝西三邊總督洪承疇的信里說：「賊來兵去，兵去賊來。賊掠於前，兵掠於後。賊掠如梳，兵掠如剃。總督之令不能行於將帥，將帥之令不能行於士卒。今日之事，其何以濟！」
軍紀敗壞的一個重要表現，是所謂「殺良冒功」。明朝廷為了鼓舞士氣，立下了賞格，規定斬首一級賞銀三兩，後來又增加到五兩；將校也以獲級多寡論功行賞。於是官軍往往對手無寸鐵的平民濫施屠殺。如天啟四年，薊遼經略孫承宗在談到遼東官軍濫殺無辜時指出：「甚至喑啞孤兒，立殺受賞。」 崇禎四年，陝西副總兵趙大胤在韓城，「報斬賊五十級、而婦孺之首三十有五。」 五年，山西兵追剿起義軍進入河南，「其將使縣令報功。令曰：『無首級何以報？』將曰：『易耳！』少頃，進千級，其中有庠士八十餘人。」 崇禎十一年，清兵深入畿輔，退出後，明總兵王朴縱兵斬居民首冒功。時人錢天錫作《哀慶都歌》云：「各攜利刃爭相逐，函首忙報將與督。哄然攘臂受賜金，屠盡一家與九屬。」 在河南商邱，甚至出現官軍追殺平民，口稱「借腦袋獻功」 。官軍的紀律敗壞不僅給廣大群眾帶來極大的災難，就連地主、官紳之家也往往受到他們的侵害。因此，在明末社會輿論以至奏章中，「賊梳兵篦」之類的說法屢見不鮮。這正是後來李自成起義軍提出「剿兵安民」口號的背景。