馬克思曾經指出，「利用渠道和水利工程的人工灌溉設施成了東方農業的基礎。」「這種用人工方法提高土地肥沃程度的設施靠中央政府辦理，中央政府如果忽略灌溉或排水，這種設施立刻就荒廢下去。」 在明朝末年，我們又看到了由於水利失修帶來的嚴重災荒。從萬曆年間起，朝廷一面從國庫提取大筆金錢供自己窮奢極侈的耗費，一面又要籌措龐大數額的軍餉用於鎮壓少數民族和農民的反抗，國家財政陷入了不可擺脫的危機。政府根本無力顧及水利的維修，常年有限的一點河工經費又被官員們貪污私肥。以黃河來說，明代原來定有「三年一小挑，五年一大挑」的疏濬制度。萬曆以後，「凡大挑、小挑之費，俱入上下私橐」，致使河床淤積的泥沙越來越厚，河堤「連年衝決」 。管河的官吏甚至幸災樂禍，「天啟以前，無人不利於河決者。侵尅金錢，則自總河以至閘官，無所不利；支領工食，則自執事以至於游閑無食之人，無所不利。……於是頻年修治，頻年衝決，以馴致今日之害，非一朝一夕之故矣。」 這正是崇禎年間「河患日棘」 的根本原因。其他水系的情況也差不多。崇禎初年，給事中黃承吳面奏：「東南時患水災，皆水利不修之故」。崇禎皇帝問：「水利何為不修？」大學士周道登、錢龍錫回答說：「水利是東南第一大事，但修理須要錢糧。」朱由檢一聽要錢，立刻沉默不語，過了好半天才拐彎抹角地說：「要修水利，可擾民否？」於是，在不願「擾民」的幌子下把這件「東南第一大事」輕輕地放在了一邊 。
水利失修嚴重地削弱了農民抗禦自然災害的能力，而政府的一味追比錢糧迫使農民大批逃亡，又加重了災荒的破壞性。明朝後期留下了許多關於饑荒慘狀的描寫。直到現在讀起來仍然令人怵目驚心。萬曆年間的記載說：
「數年以來，災警薦至。秦晉先被之，民食土矣；河洛繼之，民食雁糞矣；齊魯繼之，吳越荊楚又繼之，三輔又繼之。老弱填委溝壑，壯者展轉就食，東西顧而不知所往。」
這裡說明了災荒的普遍性。再看萬曆四十三年山東青州府推官黃槐開的一件申文：
「自古飢年，止聞道殣相望與易子而食、析骸而爨耳。今屠割活人以供朝夕，父子不問矣，夫婦不問矣，兄弟不問矣。剖腹剜心，支解作膾，且以人心味為美，小兒味尤為美。甚有鬻人肉於市，每斤價錢六文者；有腌人肉於家，以備不時之需者；有割人頭用火燒熟而吮其腦者；有餓方倒而眾刀攢割立盡者；亦有割肉將盡而眼瞪瞪視人者。間有為人所訶禁，輒應曰：『我不食人，人將食我。』愚民恬不為怪，有司法無所施。梟獍在途，天地晝晦。」
次年，山東諸城縣舉人陳其猷進京會試。依據親身見聞繪了一份《饑民圖》伏闕上疏，其序略云：
「臣自正月離家北上，出境二十里，見道旁刮人肉者如屠豬狗，不少避人，人視之亦不為怪。於是毛骨懍懍。又行半日，見老嫗持一死兒，且烹且哭。因問曰：『既欲食之，何必哭？』嫗曰：『此吾兒，棄之且為人食，故寧自充腹耳。』臣因此數日飲食不能甘，此時苟有濟於死亡，直不顧頂踵矣。乃入京之初，惡狀猶橫胸臆間。越二三日，朋儔相聚，杯酌相呼，前事若憶若忘。既而聲歌誘耳，繁華奪目，昨日之痛心酸鼻者，竟漠然不相關矣。嗚呼，臣飢人也，飢之情、飢之味皆其習見而親嘗者，猶且以漸遠漸隔而忘之。乃欲九天之上、萬里之遙，以從來未見之情形，冀其不告而知、無因而痛，不其難乎？」
崇禎年間，災荒更加頻繁，許多地方几乎無年無災。農民大起義的發源地——陝北，正是著名的重災區。馬懋才的《備陳災變疏》詳細地描述了崇禎元年延安地區天災人禍的情況。疏中寫道：
「臣鄉延安府，自去歲一年無雨，草木枯焦。八、九月間，民爭采山間蓬草而食，其粒類糠皮，其味苦而澀，食之僅可延以不死。至十月以後而蓬盡矣，則剝樹皮而食。諸樹惟榆樹差善，雜他樹皮以為食，亦可稍緩其死。殆年終而樹皮又盡矣，則又掘山中石塊而食。其石名青葉，味腥而膩，少食輒飽，不數日則腹脹下墜而死。民有不甘於食石以死者始相聚為盜，而一、二稍有積貯之民遂為所劫，而搶掠無遺矣。有司亦不能禁治。間有獲者亦恬不知畏，且曰：『死於飢與死於盜等耳，與其坐而飢死，何若為盜而死，猶得為飽鬼也。』
「最可憫者，如安塞城西有糞場一處，每晨必棄二、三嬰兒於其中，有涕泣者，有叫號者，有呼其父母者，有食其糞土者。至次晨則所棄之子已無一生，而又有棄之者矣。
「更可異者，童穉輩及獨行者一出城外，更無蹤影。後見門外之人炊人骨以為薪，煮人肉以為食，始知前之人皆為其所食。而食人之人亦不數日面目赤腫，內發燥熱而死矣。於是，死者枕藉，臭氣薰天。縣城外掘數坑，每坑可容數百人，用以掩其遺骸。臣來之時，已滿三坑有餘，而數里以外不及掩者又不知其幾矣。小縣如此，大縣可知；一處如此，他處可知。……
「然臣猶有說焉。國初每十戶編為一甲，十甲編為一里。今之里甲寥落，戶口蕭條，已不復如其初矣。況當九死一生之際，即不蠲不減，民亦有呼之而不應者。官司束於功令之嚴，不得不嚴為催科。如一戶止有一二人，勢必令此一二人而賠一戶之錢糧；一甲止有一二戶，勢必令此一二戶而賠一甲之錢糧。等而上之，一里一縣無不皆然。則見在之民止有抱恨而逃，飄流異地，棲泊無依，恆產既亡，懷資易盡，夢斷鄉關之路，魂消溝壑之填，又安得不相率而為盜者乎！此處逃亡於彼，彼處復逃之於此，轉相逃則轉相為盜。此盜之所以遍秦中也。」
看了這些驚心動魄的敘述，我們對於明末農民戰爭為什麼必然爆發，明王朝為什麼註定要滅亡，就能夠有一個比較深刻的了解了。