居正帶著平生的抱負，埋入江陵的墓地，剩下來的是無限的恩怨和不盡的是非。
居正歿後，賜謚文忠：「文」是曾任翰林者常有的謚法，「忠」是特賜；據謚法解，「危身奉上曰忠」，在賜謚的時候，對於居正，原有確切的認識。王世貞稱居正「業惟戡亂，勛表救時，在唐贊皇，復為元之」，正是那一時期的公論。
但是居正身死未久，又一道波浪來了。
居正疏薦潘晟入閣，御史、給事中彈劾潘晟的奏疏，接二連三地來了。潘晟已由原籍浙江新昌出發，只得中途疏辭，張四維擬旨報允，這是第一步。四維和曾省吾、王篆不久發生衝突，御史江東之上疏攻擊馮保的門客徐爵。經過這一個嘗試以後，御史李植直疏馮保十二大罪，司禮太監張誠、張鯨更在神宗面前攻擊馮保，他們說起馮保家資饒富，勝過皇上。神宗隨即逮捕馮保，十二月，發南京安置，同時梁夢龍、曾省吾、王篆一概勒令致仕。在查抄馮保家產的時候，得金銀一百餘萬、珠寶無數，神宗開始領略查抄的滋味。
馮保臨去的時候，慈聖太后還不十分清楚，她問神宗為什麼。「沒有什麼，」神宗說，「只是老奴受了張居正的蠱惑，不久自會召回的。」
慈聖太后還以為神宗是那個聽話的孩子呢！他已經二十歲了，知道怎樣應付母親。居正、馮保、慈聖太后，只是一串的噩夢，夢境消殘了，神宗開始發現自己。不久以後，慈聖太后還看到這個朝夕問安的兒子，索性連慈慶、慈寧兩宮，輕易不到一步。可憐的老婦人啊，你們被忘去了！
生人應付了，神宗再應付死人。
居正整頓驛遞，現在官員不得任意乘驛的禁例取消了；居正用考成法控制六部，現在考成法取消了；居正裁汰冗官，現在冗官一律恢複了；居正嚴令不得濫廣學額，現在學額一併從寬了；乃至居正嚴守世宗遺訓，外戚封爵不得世襲，現在也一概世襲了。居正所遺的制度，神宗正在不斷地取消。
但是這只是法制方面的改訂，事情多得很呢。
萬曆十一年三月，詔奪居正上柱國、太師，再詔奪文忠公謚，斥其子錦衣衛指揮簡修為民。居正身歿至此，僅僅九個月。
居正病重的時候，北京各部院替他建齋祈禱；這是一股風，吹遍南京、山西、陝西、河南、湖廣。半個中國，都在為這功業彪炳的首輔祈禱，現在風勢轉過了，御史、給事中都在儘力攻擊居正，他們要報效國家，報效皇上，當然便要排除居正的爪牙，廢止居正的苛政。最得力的是御史丁此呂。此呂檢舉萬曆七年己卯科應天鄉試主考高啟愚所出的試題，「舜亦以命禹。」此呂指出這是高啟愚有意勸進：舜是皇上，禹是居正，不是勸進是什麼？張四維在十一年四月致仕了，現在的首輔是申時行，神宗把此呂的奏疏交給時行。
「此呂把曖昧之言陷人大罪，」時行說，「誠恐此後讒言大至，非清明之朝所宜有。」
經過幾度的爭持，此呂、啟愚同時去職。這一次奏疏中此呂甚至攻擊敬修、嗣修、懋修三人應鄉試、會試時的考官，認為阿附居正，又說禮部侍郎何雒文代嗣修、懋修撰殿試策，幸虧時行說：「考官只據文藝，不知姓名，不宜以此為罪。」考官免罪，但是雒文還是解職。
不久以後，御史羊可立追論居正構陷遼庶人憲。十七年以前的事了，現在重新提起。憲次妃王氏上疏鳴冤，疏中又說：「庶人金寶萬計，盡入居正府矣。」金寶打動神宗的心坎，萬曆十二年四月詔令查抄居正家產，司禮太監張誠，刑部右侍郎邱橓，及錦衣衛、給事中等奉命前往。左都御史趙錦上疏，言「世宗籍嚴嵩家，禍延江西諸府，居正私藏未必逮嚴氏，若加搜索，恐遺害三楚，十倍江西民。且居正誠擅權，非有異志，其翼戴沖聖，夙夜勤勞，四外迭謐，功亦有不容泯者。今其官、蔭、贈謚、及諸子官職，並從領革，已足示懲，乞特哀矜，稍寬其罰。」吏部尚書楊巍疏稱：「居正為顧命輔臣，侍皇上十年，任勞任怨，一念狗馬微忠，或亦有之。今……上干陰陽之氣，下傷臣庶之心，職等身為大臣，受恩深重，惟願皇上存天地之心，為堯舜之主，使四海臣民，仰頌聖德，則雷霆之威，雨露之仁，並行而不停矣。此非獨職等之心，乃在朝諸臣之心，天下臣民之心也。」一切的言論，神宗照例不聽。
刑部侍郎邱橓這一行人從北京出發了。出發以後，邱橓接到在朝幾位大臣的書牘。內閣大學士申時行說：「聖德好生，門下必能曲體，不使覆盆有不照之冤，比屋有不辜之累也。冀始終留神，以仰承聖德，俯慰人心。」許國已入內閣了，也說「願推罪人不孥之義，以成聖主好生之仁，且無令後世議今日輕人而重貨也。上累聖德，中虧國體，下失人心，奉旨行事者亦何所辭其責」。最沉痛的是左諭德于慎行的一書，洋洋千言，是傳誦一時的文字。他說：
江陵殫精畢智，勤勞於國家，陰禍機深，結怨於上下。當其柄政，舉朝爭頌其功而不敢言其過，今日既敗，舉朝爭索其罪而不敢言其功，皆非情實也。且江陵平生，以法繩天下，而間結以恩，此其所入有限矣。彼以蓋世之功自豪，固不甘為污鄙，而以傳世之業期其子，又不使濫有交遊，其所入又有限矣。若欲根究株連，稱塞上命，恐全楚公私，重受其困。又江陵太夫人在堂，八十老母，累然諸子皆書生，不涉世事，籍沒之後，必至落魄流離，可為酸楚。望於事寧罪定，疏請於上，乞以聚廬之居，恤以立錐之地，使生者不致為欒、郤之族，死者不致為若敖之鬼，亦上帷蓋之仁也。
但是一切的話，邱橓都付之不理。
這一次查抄的動機，當然還是出自神宗。居正當國十年，效忠國家，但是居正所攬大權，是神宗的大權。居正當權是神宗的失位，效忠國家便是蔑視皇上。這是最顯然的邏輯。所以居正當國十年之中：居正和神宗，站在對立的地位，縱使雙方在當時未必意識到，這是一件無可否認的事實。居正死了，神宗開始嘗到復仇的滋味。居正的法制推翻了，官蔭、贈謚削除了，甚至連諸子的官職都褫革了。張先生、張太岳、張文忠公這一類的名稱都擱起，只是一個平常的張居正。復仇的要求應當感到滿足。但是感到滿足的只是神宗的一個方面。
神宗是高傲，但是同時也是貪婪。一個小農的外孫，禁不住金銀財寶的誘惑。是憲次妃王氏的聰明呢，還是受到什麼暗示？「金寶萬計，盡入張府」兩句，鑄定張宅抄家的命運。明朝的法律，抄家只有三條：（一）謀反；（二）叛逆；及（三）奸黨。 居正的罪狀屬於哪一條呢？不管他，查抄的詔令下來了。許國說：「無令後世議今日輕人而重貨。」這才是一針見血之言。
邱橓未到江陵以前，荊州府、江陵縣親自到張宅封門，張宅子女躲到空屋裡，不敢出來。沒有食物，不要緊，他們只是不敢出來！直到五月初五，邱橓到了，打開宅門，餓死的已經十餘口。搜檢、拷問，應有的盡有了。居正兄弟和諸子的私藏，都按出來，一共得到黃金萬餘兩，白銀十餘萬兩。這是很大的數量，但是問官們還不滿意，他們重行拷問，要張家招出寄存宅外的二百萬銀兩，於是又牽上曾省吾、王篆、傅作舟三家。在拷問的當中，敬修自殺；懋修投井不死，不食又不死，僥倖保存一條性命。敬修臨死的血書，是這次慘案中一件沉痛的文獻，錄於次：
嗚呼，天道無知，似失好生之德，人心難測，罔恤盡瘁之忠。嘆解網之無人，嗟縲紲之非罪，雖陳百喙，究莫釋夫譏讒，惟誓一死，以申鳴其冤郁。竊先公以甘盤舊眷，簡在密勿，其十年輔理之功，惟期奠天下於磐石，既不求譽，亦不恤毀，致有今日之禍；而敬修以長嗣，罹茲閔凶，何敢愛身命而寂無一言也。憶自四月二十一日聞報，二十二日即移居舊宅，男女驚駭之狀，慘不忍言。至五月初五日，丘侍郎到府；初七日提敬修面審，其當事噂沓之形，與吏卒咆哮之景，皆生平所未經受者，而況體關三木，首戴幪巾乎！在敬修固不足惜，獨是屈坐先公以二百萬銀數，不知先公自歷官以來，清介之聲，傳播海內，不惟變產竭資不能完，即粉身碎骨亦難充者！且又要誣扳曾確庵 寄銀十五萬，王少方 寄銀十萬，傅大川 寄銀五萬，雲「從則已，不從則奉天命行事！」恐嚇之言，令人膽落。嗟此三家，素皆怨府，患由張門及之，而又以數十萬為寄，何其愚也！吾意三家縱貪，不能有此積，亦不能完結此事，吾後日何面目見之，且以敬修為何如人品也。今又以母、子、叔、侄，恐團聚一處，有串通之弊，於初十日，又出牌，追令隔別，不許相聚接語。可憐身名灰滅，骨肉星散，且慮會審之時，羅織鍛煉，皆不可測，人非木石，豈能堪此！今幽囚倉室，風雨蕭條，青草鳴蛙，實助余之悲悼耳。故告之天地神明，決一瞑而萬世不愧。嗟乎，人孰不貪生畏死，而敬修遭時如此，度後日決無生路！曠而觀之，孔之聖也而死，回之賢也而死，死有重於泰山，有輕於鴻毛者，予於此時，審之熟矣。他如先公在朝有履滿之嫌，去位有憂國之慮，惟思顧命之重，以身殉國，不能先幾遠害，以至