萬曆六年六月居正回京以後，這是大功告成的時期了。內閣方面，七月呂調陽致仕，十月馬自強病卒，只剩居正和張四維、申時行三人；四維、時行一切唯唯聽命，大權只在居正手中。六部方面，五年十月吏部尚書張瀚免職，王國光繼任，六年六月戶部尚書殷正茂致仕，張學顏繼任；六年六月禮部尚書馬自強入閣，潘晟繼任；五年十月兵部尚書王崇古致仕，方逢時繼任；五年八月刑部尚書劉應節致仕，吳百朋繼任；六年五月百朋病卒，嚴清繼任；五年十一月工部尚書郭朝賓致仕，李幼孜繼任。都察院方面，五年十月左都御史陳瓚病免，陳炌繼任。六部和都察院的首長，除了嚴清以外，都和居正有私人關係，在這個局面之下，政治方面的發展，當然不會有任何的障礙。
第一件要實行的，還是清丈的事，這是一件有關當時國計民生的大事，自從五年提議以後，到六年才實行，又因為原案有限三載竣事的規定，清丈的大事，在不慌不忙的狀態中繼續前進；大家對於實行開始的時間，反而有些茫昧了。居正死後，敬修作《文忠公行實》說起在勞堪為福建巡撫實行度田以後，居正才和張四維、申時行、張學顏等上疏提議清丈。其實這是錯的。清丈固然從福建開始，但是在耿定向的時期，不在勞堪的時期。六年定向為福建巡撫，八年始去，勞堪繼任，中間便差了兩年。居正曾和定向說起：
丈田一事，按之人情，必雲不便，但此中未聞有阻議者，或有之，亦不敢聞之於仆耳。「苟利社稷，死生以之」，仆比來唯守此二言，雖以此蒙垢致怨，而於國家實為少裨，願公之自信，而無畏於浮言也。
同卷又與定向言及「丈地畝，清浮糧，為閩人立經久計，須詳細精核，不宜草草」。 這是萬曆七年之事。
到萬曆九年，限期將滿，照例給事中可以按限徹查，指名提劾；但是居正還是吩咐各省慎重將事，一面叮囑科臣從緩提劾。他屢次說起：
清丈之議，在小民實被其惠，而於官豪之家，殊為未便。況齊俗最稱頑梗，今仗公威重，業已就緒，但恐代者，或意見不同，搖於眾論，則良法終不可行，有初鮮終，殊可惜也。今雖借重冬曹，願公少需，以畢此舉，慰主上子惠元元之心。
清丈事，實百年曠舉，宜及仆在位，務為一了百當，若但草草了事，可惜此時徒為虛文耳。已屬該部、科有違限者，俱不查參，使諸公得便宜從事。昨楊二山公書，謂此事只宜論當否，不必論遲速，誠格言也。
臨川丈田事，偶有聞，即以告，今事已竣，法無阻滯，則其人亦不必深究矣。此舉實均天下大政，然積弊叢蠹之餘，非精核詳審，未能妥當。諸公宜及仆在位，做個一了百當，不宜草草速完也。前已屬該科老成查參，將此件不必入參，正欲其從容求精耳。江右事已就理，獨五縣未完，諒數月之內，即可了結，俟通完之後，具奏未晚。人旋，賤恙尚未全愈，力此草草，統惟鑒存。
萬曆九年九月，居正抱病，答王宗載 書，大致在九月以後，江西全省清丈通完具奏，大致已在十年之初，不及半年，居正即逝世了。居正對於清丈之事，屢稱宜及自己在位，做個一了百當，這裡流露他對於此事的熱心，同時也流露內閣其他諸人對此的缺乏認識。當他把考成法擱置，吩咐科臣不必提參的時候，我們很可看出他對於此事寄與最大的期望。
孟子說過，「夫仁政必自經界始」，在田畝沒有清丈以前，人民的負擔不能公允，便是最大的不平。居正認為「小民實被其惠」，認為「慰主上子惠元元之心」，確是不錯，但是這一次的清丈，和弘治十五年的清丈一樣，還是一次失敗。
居正對於清丈，曾經發動政治力量，但是結果沒有成功，最大的原因，還是當時的官吏，對於政治的認識不夠。有的主張只和舊額一樣，無須多報；有的看到清丈條例對於田地，有分列上、中、下三等的規定，索性一例填報下田，認為清丈是一種愛民的政策，不當填報上田，以致加重民眾的負擔。 這些官吏在當時都認為是愛民的好官，而居正所得的聲名是「掊克」，是「以溢額為功」，再加以嘉靖間計算數字的錯誤，於是誤認弘治十五年清丈只有四百餘萬頃，萬曆六年清丈，得七百零一萬三千九百七十六頃，三百萬頃的增加，證實居正的掊克。數字的錯誤，更增加他的罪狀。
其實這一年比弘治十五年的數字，只增加八十一萬頃，而比之洪武二十六年清丈的數字，即連後開的雲南、貴州在內，尚差一百四十九萬頃，這又算什麼「掊克」呢？民間的田地，逐年集中到勛爵、官吏和大地主的手裡，大地主又倚仗他們的社會地位，對於國家逃避賦稅的負擔，以致造成國窮民困的現象。居正原有的計畫，是要大地主同樣盡國民的義務，他自認「於官豪之家，殊多未便，」其故在此。
假如我們把萬曆六年清丈的成績，加以分析，我們更可看出這裡沒有什麼「掊克」的氣息。萬曆六年的數字，比之弘治十五年的數字，在總數上，固然增加了，但是十三省中，增加的只有七省，減少的也有六省；南、北兩京直隸二十八府、州之中，增加的只有十六府、州，如故的兩州，減少的也有十府、州：可見居正沒有「以溢額為功」的成見，否則在他大權在握的時候，決沒有這許多敢和居正抵抗的地方長官。其次如福建巡撫耿定向、勞堪，江西巡撫王宗載，算是和居正接近的了，居正對於福建、江西兩省的清丈，也顯見特別關心，但是這一次清丈的結果，福建從十三萬五千餘頃，減到十三萬四千餘頃，江西從四十萬二千餘頃，減至四十萬一千餘頃，差額固然是很小，但是差額究竟是差額，證實居正沒有「掊克」的存心。至如蘇州田土從一十五萬五千餘頃，減至九萬二千餘頃；更是很大的差額。
這次清丈之後，田額增加最大的是北京府、州，河南和山東三處；全國增加八十一萬頃，單這三處，便增加五十一萬餘頃。弘治十五年，清丈北京十府、州，共計田土二十六萬九千餘頃，現在是四十九萬三千餘頃；河南舊系四十一萬六千餘頃，現在是七十四萬一千餘頃；山東舊系五十四萬二千餘頃，現在是六十一萬七千餘頃。除這三處以外，廣東舊系七萬二千餘頃，現在增至二十五萬六千餘頃，也是一個很大的數字，在百分比上更加顯著。
廣東方面，主要的還是「治安」問題。中央力量加強，地方秩序良好，擔負賦稅的民眾和田土，當然會逐漸增加，事情本來簡單。北京、山東、河南，都是畿輔之地，除去建文年間，曾經發生一度的內戰，以及長城一帶，偶然遭受敵人的破壞以外，從開國以來，始終保持良好的秩序，現在的增加，當然與「治安」無關。那麼這是怎樣的呢？
北京、山東、河南都是畿輔，三處的田土，不斷地被勛戚、權貴吸收了，一經集中以後，他們提出許多似是而非的理由，躲避納稅的義務。居正的政策，是要打擊他們的特權，使他們對於國家，有同樣的負擔。陽武侯便是一個好例。成祖時代，薛祿從征有功封侯，傳到萬曆年間，已是第七代了，除了公田以外，還有自置田土，是否應當納稅，這是一個問題。居正決然地說：
承詢陽武優免事，查律、功臣家除撥賜公田外。但有田土，盡數報官，納糧當差。是功臣田土，系欽賜者，糧且不納，而況於差？錫之土田，恩數已渥，豈文武官論品優免者可比？若自置田土，自當與齊民一體辦納糧差，不在優免之數也。近據南直隸冊開諸勛臣地土，除賜田外，其餘盡數查出，不準優免，似與律意相合。幸惟尊裁。
萬曆六年清丈，除雲南、貴州因系新闢地方本應增加，及陝西、四川和南京所屬八府、州所加無多，不待研討外，其餘河南、山東、廣東三省，和北京所屬八府，共增七十萬頃，佔去增加額的百分之八十九。居正從政令不易貫徹的廣東，奪獲擔負國稅的田土，這一點也許人還了解；但是他從勛貴盤踞的畿輔，奪回擔負國稅的田土，便引起莫大的物議。他們不說他得罪勛貴，而說他掊克小民；正和他在沙汰生員的時候，一般人不說他整頓學政，而懷疑他得罪聖賢一樣。孟子說：「為政不難，不得罪於巨室：巨室之所慕，一國慕之；一國之所慕，天下慕之。」在一般人民覺悟沒有提高的時候，他們對於大地主階級的危害，認識不夠，甚至還會受到大地主階級的利用。張居正主張清丈，和大地主階級的利益，直接發生衝突，他在身後，招致不少的詆毀，也許這也是一個原因。但是居正說過，「得失毀譽關頭若打不破，天下事無一可為者。」 居正對於一般的毀譽，根本不曾放在心上。
居正抱定「苟利社稷，死生以之」；這一次的清丈，無意中代表一個政治上的基本要求，——全國人民，對於國家的義務，要求公允的負擔。但是事實上的成績還是很小，畿輔的田土，比之弘治十五年，固然增加不少，但是比之洪武二十六年的清丈，北平五十八萬二千餘頃，山東七十二萬四千餘頃，河南一百四十四萬九千餘頃，其實只剩百分之六十七。其餘的百分之三十三，依然在勛戚權貴手裡，居正無如之何。