嘉靖三十七年，居正曾經看到父親一面。十九年的日月了，居正從一個平凡的翰林院編修，成為當國的首輔，文明也從一個平凡的府學生，成為首輔的父親。在北京的掌握政權，在江陵的掌握利權。誰能說文明的不是呢？遼王府到手了，重行翻造，純忠堂、捧日樓都蓋好了，沙洲來了，劉總兵送來的銀子，也從瞿塘三峽下來了。快得很，李太白不曾說過嗎？「兩岸猿聲啼不住，輕舟已過萬重山」，這一位七十歲的府學生想起。其餘的，還有許多許多數不清的事件。七十歲的人，應當休息一下，但是這一家的事，交給誰呢？不錯，還有居易、居敬，但是文明究竟放心不下。居正也談起要迎養到北京，可是老年人擱不下江陵的山水，擱不下自己的姬妾，擱不下一切的家事。
萬曆三年神宗忽然問起左右的人來：「張先生的父母還在嗎？」「先生的父母已經七十幾歲了，」大家說，「還是好好的。」
神宗高興得很，吩咐準備賞賜，一面親筆寫信給居正：
聞先生父母俱存，年各古稀，康健榮享，朕心喜悅。特賜大紅蟒衣一襲，銀錢二十兩；又玉花墜七件，綵衣紗六匹，乃奉聖母恩賜：咸宜欽承，著家僮往齎之。
大致是萬曆五年夏間，文明病了，有時連走路都困難，居正準備請假省親，偏偏神宗大婚的問題來了，後來婚期決定在萬曆六年三月，居正看到暫時走不得，索性定在大婚以後再行回去。他在給王之誥的信上提起：「老父頃患甚劇，今雖暫愈，然聞動履尚屬艱難，桑榆暮景，風燭可虞。顓擬主上大婚後，乃敢乞身。 今定婚期於來歲三月，則陳情之舉，當在夏初矣。遙望此期，以日為歲，奈何？」
文明這一年七十四歲，疾病纏綿， 終於在九月十三日逝世了。那時從江陵到北京，交通困難，九月二十五日，居正才得到訃聞。內閣同僚呂調陽、張四維奏明神宗，神宗頒賜御筆給居正說：
朕今覽二輔所奏，得知先生之父，棄世十餘日了，痛悼良久。先生哀痛之心，當不知何如里！然天降先生，非尋常者比，親承先帝付託，輔朕沖幼，社稷奠安，天下太平，莫大之忠，自古罕有。先生父靈，必是歡妥，今宜以朕為念，勉抑哀情，以成大孝。朕幸甚，天下幸甚。
神宗賜銀五百兩、紵絲十表裡、新鈔一萬貫、白米二十石、香油二百斤、各樣碎香二十斤、蠟燭一百對、麻布五十匹。兩宮皇太后也是照樣賜唁。二十八日禮部奉聖旨，文明「著照例與祭葬，仍加祭五壇」，身後恤典，一切從厚。
但是重大的問題來了。明代內外官吏人等有丁憂的制度，在遇到承重祖父母、親父母的喪事，自聞喪日起，不計閏，守制二十七月，期滿起複。英宗正統七年令，「凡官吏匿喪者，俱發原籍為民」；十二年令，「內外大小官員丁憂者，不許保奏奪情起複」。「丁憂」指親喪二十七個月中，必須解職的事；期滿而後，照舊做官，稱為「起複」。在二十七個月中，由皇上特別指定，不許解職，稱為「奪情」。奪情之事，平常很少見，但是在軍隊中，尤其是在作戰的時候，原談不到「丁憂」，這一類的事，古人稱為「墨絰從戎」，又稱「金革之事不避」。在宗法社會裡面，政治就是教化，官吏就是師長；主持教化的師長，在教忠、教孝的社會裡，自己先行履行對於亡父、亡母的義務，不能不算是一種合理的行為。
居正照例咨行吏部，題請放回原籍守制。吏部隨即奉到聖旨：
朕元輔受皇考付託，輔朕沖幼，安定社稷，朕深切依賴，豈可一日離朕？父制當守，君父尤重，准過七七，不隨朝，你部里即往諭著，不必具辭。
居正九月二十五日得訃，這道不許守制的上諭，也在九月發下，一切都是四、五日間之事，沒有迴旋的餘地。本來居正奪情的事情太嚴重了，居正身後，經過神宗十年到四十八年這個很長的階段，一般人因為後來神宗對於居正的反感，無從追求正確的結論；等到神宗死後，討論可以自由的時候，奪情的經過已經成為長遠的過去，時日不清楚了，事實不清楚了，偽造的根據，曲解的現實，到處作祟。於是奪情的是非，遂成為一個謎。
據說第一個主張奪情的是戶部侍郎李幼孜，馮保主張奪情，居正也有意奪情，因此造成奪情的局勢。其實幼孜第一個提出這個呼聲，只提出時代的要求，而造成這個時代要求的，卻是居正本人。
自從隆慶六年六月，居正當國以來，這五年三個月的時間，整個國家安定了。政治上了軌道，經濟有了把握，太倉粟支十年，太僕寺積金四百餘萬；北邊的俺答屈服了，土蠻雖然沒有屈服，但是不斷地潰敗，解除了東北方的威脅；內閣裡面，安靜到沒有一點波浪，更是嘉靖、隆慶以來沒有的現象；這一切是誰的大功？居正去了，這個局面，交付那一個？徐階七十五歲了，高拱更和馮保結下生死大仇，都談不到回朝，在野的還有哪一個幹練的大臣？呂調陽是一個忠厚老實的人，他自己沒有大的抱負；張四維也許還有些才氣，但是資歷太差，而且也沒有人望，在朝的又交給誰？居正固然有三個主人，但是慈聖太后和馮保，都說不到自己掌握政權，明代根本沒有太后臨朝和宦官執政 的前例；至於神宗，這時才十五歲，慈聖太后還把他當小孩看待呢，更說不到自己負責。一切的形勢竟造成居正非留不可的局面。這一個局面是居正自己造成的，居正自己也看到。
其次大學士丁憂起複，不是沒有故事的。成祖永樂六年六月楊榮丁憂，十月起複。宣宗宣德元年正月金幼孜丁憂，隨即起複。四年八月楊溥丁憂，隨即起複。景帝景泰四年五月王文丁憂，九月起複。憲宗成化二年三月李賢丁憂，五月起複。這都是故事。五人之中，唯有李賢是首輔，而李賢所處的時代，是一個太平的時代，成化二年，憲宗已經二十一歲，即使李賢丁憂，也還和現在非留不可的局面，有些不同。這一切，慈聖太后、神宗、馮保，連同居正也都看到。
不許守制的上諭下來了，居正再行上疏請求，自稱「是臣以二十七月報臣父，以終身事皇上」，但是語氣並不十分堅定，他甚至說：
臣聞受非常之恩者，宜有非常之報。夫非常者固非常理之所能拘也。臣一介草茅，忝司政本，十有餘年，受先皇顧托之重，荷聖主倚毗之專，無論平日所承，隆恩異數，超軼古今，即頃者聞憂之日，兩宮聖母為臣憫惻，聖心感動，為臣凄惋，慰吊之使，絡繹道途，賻賵之賚，充溢筐篚，又蒙皇上親灑宸翰，特降璽書，中間慰藉之勤篤，勉喻之諄切，尚有溢於聖言之外者。臣伏而讀之，一字一淚，雖旁觀近聽之人，亦無不傷心酸鼻者。夫自古人臣，以忠結主，商則成湯之於伊尹，高宗之於傅說，周則成王之於公旦，漢則昭烈之於諸葛亮，其隆禮渥眷，辭命誥諭之文，載在史冊，至今可考，固未有謙抑下巽，親信敬禮，如皇上之於臣，若是之懇篤者，此所謂非常之恩也。臣於此時，舉其草芥微軀，摩頂放踵，粉為微塵，猶不足以仰答於萬一，又何暇顧旁人之非議，徇匹夫之小節，而拘於常理之內乎？且人之大倫，各有所重，使幸而不相值，則固可各伸其重，而盡其所當為；不幸而相值，難以並盡，則宜權其尤重者而行之。今臣處君臣、父子，兩倫相值，而不容並盡之時，正宜稱量而審處之者也。況奉聖諭，謂「父制當守，君父尤重」，臣又豈敢不思以仰體，而酌其輕重乎？
無疑地，居正是在考慮應否守制的問題了。十月初二日奉聖旨：
卿篤孝至情，朕非不感動，但念朕昔當十齡，皇考見背，丁寧以朕屬卿，卿盡心輔導，迄今海內乂安，蠻貊率服，朕沖年垂拱仰成，頃刻離卿不得，安能遠待三年？且卿身系社稷安危，又豈金革之事可比？其強抑哀情，勉遵前旨，以副我皇考委託之重，勿得固辭。
奉旨以後，居正上《再乞守制疏》，十月初五日復奉聖旨：
覽奏，詞益哀懇，朕惻然不寧。但卿言終是常理，今朕沖年，國家事重，豈常時可同？連日不得面卿，朕心如有所失。七七之期，猶以為遠，矧曰三年！卿平日所言，朕無一不從，今日此事，卻望卿從朕，毋得再有所陳。
神宗甚至和呂調陽、張四維說起，即使居正再上百本，亦不能准。守制的請求，已經成為僵局，居正只得再從旁面提出，他說：
仰窺皇上之心，不過以數年以來，舉天下之重，盡屬於臣，見臣鞠躬盡瘁，頗稱意指，將謂國家之事，有非臣不辦者。此殆不然也！夫人之才識，不甚相遠，顧上用之何如。臣之不肖，豈真有卓犖超世之才，奔軼絕塵之力，惟皇上幸而用之，故臣得盡其愚耳！今在廷之臣，自輔臣以至於百執事，孰非臣所引薦者？觀其器能，咸極一時之選。若皇上以用臣之道而用諸臣，諸臣以臣心之忠而事皇上，將臣平日所稱聖賢道理，祖宗法度，此兩言者，兢兢守之，持而勿失，則固可以端委廟堂而天下咸理。是臣雖去，猶未去也，何必專任一人，而使天下賢者，不得以各效其能乎？且臣尚有老母，年亦七十二歲，素嬰多病，昨有家人到，致臣母意，囑臣早