萬曆三年遼東大捷，遼東巡撫張學顏還沒有奏報的時候，巡按御史劉台的捷奏先到北京。從程序上說，這是一種手續的錯誤。然而不僅是錯誤，這是越權。巡按既可越權，巡撫便可卸責，對於封疆大事，當然發生不良的影響。從「綜核名實」的立場看來，這是一個不能容許的錯誤。因此居正擬旨嚴加申斥。居正記得就在這一年，三邊總督石茂華，曾因御史督戰太急，魯莽進兵，以致受到不小的挫敗。自己還曾去信誥誡過：「今之時政，與先年異。公受分陝之寄，凡事當守便宜，謀定而後發，亦不必汲汲求解於群議也。」 居正認定邊疆督、撫，不應受御史的牽掣。
劉台也有劉台的看法。遼東巡按御史固然是御史，但是張學顏是右副都御史、巡撫遼東地方，也是御史。明代官制的演變，形成監察權高於一切的狀態。地方長官文的有布政使司左布政，右布政；武的有都指揮使司都指揮使，以及鎮守衝要的總兵官：這是最初的官制。但是後來添了巡按以及巡撫和總督。巡按、督、撫雖然各有疆域，但是他們只是都察院的官，不是地方官。他們的官階不一定高，但是地方官不能不受他們的節制，這是監察的權威。劉台看到同是代表監察權的中央官，為什麼一個可以調度軍隊，一個連報捷都不可呢？所以他的捷奏還是發出去。
但是在法制上，巡按和巡撫究竟不同。英宗正統四年巡按御史出巡事宜有這樣的規定：「總兵、鎮守官受朝廷委任以防奸禦侮，凡調度軍馬，區劃邊務，風憲官皆無得干預。」所以巡按不得過問軍事，曾有明文的規定。遼東巡撫的全銜是「巡撫遼東地方，贊理軍務」，因此調度軍隊，正是巡撫的職權。一切都有法制的依據。明代巡撫和巡按的職權最容易混淆，居正對於這一點，時時感覺到有糾正的必要。萬曆九年他說過：
竊謂撫、按職掌不同，政體亦異。振舉綱維，察舉奸弊，摘發幽隱，繩糾貪殘，如疾風迅雷，一過而不留者，巡按之職也。措處錢糧，調停賦役，整飭武備，撫安軍民，如高山大河，奠潤一方而無壅者，巡撫之職也。近來撫、按諸君，不思各舉其職，每致混雜，下司觀望，不知所守，以故實惠不流。至於直指使者，往往舍其本職，而侵越巡撫之事，違道以干譽，徇情以養交，此大謬也。
居正認為封疆大吏，不應受到牽掣，在法制有成規，在事理有根據，不能不認為正確。假如我們想到萬曆四十七年，楊鎬經略遼東，因為受到兵科給事中趙興邦紅旗督戰的迫蹙，以致倉皇進兵，造成遼東空前大敗的事實，我們更不能不承認居正的主張。
劉台經過這一次嚴旨申斥，充滿怨憤，就在萬曆四年正月上疏彈劾居正。這是居正當國以來所受的第一次打擊，也是他平生所受的最大的打擊。原疏如次：
臣聞進言者皆望陛下以堯、舜，而不聞責輔臣以皋、夔。何者？陛下有納諫之明，而輔臣無容言之量也。高皇帝鑒前代之失，不設丞相，事歸部、院，勢不相攝而職易稱。文皇帝始置內閣，參預機務，其時官階未峻，無專肆之萌。二百年來，即有擅作威福者，尚惴惴然避宰相之名而不敢居，以祖宗之法在也。乃大學士張居正偃然以相自處，自高拱被逐，擅威福者三四年矣。諫官因事論及，必曰：「吾守祖宗法！」臣請即以祖宗法正之。
祖宗朝，非開國元勛，生不公，死不王。成國公朱希忠，生非有奇功也，居正違祖訓，贈以王爵。給事中陳吾德一言而外遷，郎中陳有年一爭而斥去。臣恐公侯之家，布惠厚施，緣例陳乞，將無的極。祖宗之法若是乎？
祖宗朝，用內閣、冢宰，必由廷推。今居正私薦用張四維、張瀚。四維在翰林，被論者數矣，其始去也，不任教習庶吉士也。四維之為人也，居正知之熟矣，知之而顧用之，夫亦以四維善機權，多憑藉，自念親老，旦暮不測，二、三年間謀起複，任四維其身後托乎！瀚生平無善狀，巡撫陝西，贓賄狼藉，及驟列銓衡，惟諾若簿吏，官缺必請命。所援引者非楚人親戚知識，則親戚所援引也，非宦楚受恩私，則恩故之黨助也。瀚惟日取四方小吏，權其賄賂，而其他則徒擁虛名。聞居正貽南京都御史趙錦書，「台諫無議及冢宰」：則居正之脅制在朝言官，又可知矣。祖宗之法如是乎？
祖宗朝，詔令不便，部臣猶訾閣擬之不審。今得一嚴旨，居正輒曰：「我力調劑，故止是。」得一溫旨，居正又曰：「我力請而後得之。」由是畏居正者甚於畏陛下，感居正者甚於感陛下。威福自己，目無朝廷，祖宗之法若是乎？
祖宗朝，一切政事，台、省奏陳，部、院題復，撫、按奉行，未聞閣臣有舉劾也。居正令撫、按考成章奏，每具二冊，一送內閣，一送六科：撫按延遲則部臣糾之，六部隱蔽則科臣糾之，六科隱蔽則內閣糾之。夫部院分理國事，科臣封駁奏章，舉劾其職也。閣臣銜列翰林，止備顧問，從容論思而已。居臣創為是說，欲脅制科臣，拱手聽令。祖宗之法若是乎？
至於按臣回道考察，苟非有大敗類者，常不舉行，蓋不欲重挫抑之。近日御史俞一貫以不聽指授，調之南京，由是巡方短氣，莫敢展布。所憚獨科臣耳，居正於科臣，既啖之以遷轉之速，又恐之以考成之遲，誰肯舍其便利，甘彼齮齕，而盡死言事哉？往年趙參魯以諫遷，猶曰外任也；余懋學以諫罷，猶曰禁錮也；今傅應禎則謫戍矣，又以應禎故，而及徐貞明、喬岩、李禎矣。摧折言官，仇視正士，祖宗之法如是乎？
至若為固寵計，則獻白蓮、白燕，致詔旨責讓，傳笑四方矣；規利田宅，則誣遼王以重罪而奪其府地，今武岡王又得罪矣；為子弟謀舉鄉試，則許御史舒鰲以京堂，布政施堯臣以巡撫矣，起大第於江陵，費至十萬，制擬官禁，遣錦衣官校監治，鄉郡之脂膏盡矣；惡黃州生儒議其子弟幸售，則假縣令他事，窮治無遺矣；編修李維楨偶談及其豪富，不旋踵即外斥矣。蓋居正之貪，不在文吏而在武臣，不在內地而在邊鄙。不然，輔政末幾，即富甲全楚，何由致之？宮室、輿馬、姬妾、奉御，同於王者，又何由致之？在朝臣工，莫不憤嘆，而無敢為陛下明言者，積威之劫也。
臣舉進士，居正為總裁；臣任部曹，居正薦改御史：臣受居正恩亦厚矣，而今敢訟言攻之者，君臣誼重，則私恩有不得而顧也。願陛下察臣愚悃，抑損相權，毋俾僨事誤國，臣死且不朽。
劉台的奏疏上去了，居正想起明朝開國二百餘年，從來沒有門生彈劾座主的故事，偏偏自己在隆慶五年所取的進士，竟對自己提出彈劾，這是一個異常的刺激。三、四年來，當國的苦辛，劉台不一定明白，但是劉台既請皇上抑損相權，自己以後怎樣辦事？最使居正痛心的，是劉台所提出的幾點，不一定是對的，然而也不一定全無根據。是劉台的誣衊呢，還是他的不能體諒？自己的門生，一手提拔的人，還不能體諒，以後又怎樣辦事？自己是大臣，當然談不到和劉台辯駁，他和神宗說：
「依法，巡按御史不得報軍功；去年遼東大捷，劉台違制妄奏，法應降謫，彼時臣僅請旨戒飭，劉台已經憤憤不已。後來御史傅應禎妄言下獄，請旨窮詰黨與，當時並不知道劉台和傅應禎同鄉親近，從中主持，因此劉台妄自驚疑，全不顧忌，對臣泄恨。二百年來，沒有門生彈劾座主的故事，如今臣唯有一去以謝劉台。」
神宗看到居正跪在御座前面，眼淚簌簌地直下，只有自己扶他起來，和他說：
「先生起，朕當責台以謝先生。」
居正仍是具奏請求致仕，神宗下旨慰留道：
「卿赤忠為國，不獨簡在朕心，實天地祖宗所共降監，彼讒邪小人，已有旨重處，卿宜以朕為念，速出輔理，勿介浮言。」
皇上的恩意很顯然了，但是居正還是感覺到辦事的困難，他再疏乞休道：
臣捧讀恩綸，涕泗交集，念臣受先帝重託，既矢以死報矣。今皇上聖學，尚未大成；諸凡嘉禮，尚未克舉；朝廷庶事，尚未盡康；海內黎元，尚未咸若；是臣之所以圖報先帝者，未盡其萬一也，臣豈敢以去？古之聖賢豪傑，負才德而不遇時者多矣，今幸遇神聖天縱不世出之主，所謂千載一時也，臣又豈可言去？皇上寵臣以賓師不名之禮，待臣以手足腹心之託，相親相倚，依然藹然，無論分義當盡，即其恩款之深洽，亦自有不能解其心者，臣又何忍言去？然而臣之必以去為請者，非得已也！蓋臣之所處者危地也，所理者皇上之事也，所代者皇上之言也。今言者方以臣為擅作威福，而臣之所以代王行政者，非威也則福也。自今以往，將使臣易其塗轍，勉為巽順以悅下耶，則無以逭於負國之罪；將使臣守其故轍，益竭公忠以事上耶，則無以逃於專擅之譏。況今讒邪之黨，實繁有徒，背公行私，習弊已久，臣一日不去，則此輩一日不便，一年不去，則此輩一年不便。若使臣之所行者，即其近似而議之，則事事皆可以為作威，事事皆可以為作福，睊睊之讒日嘩於耳，雖皇上聖明，萬萬不為之投杼，而使臣常負疑謗於其身，亦豈臣節之所宜有乎？此臣之所以輾轉反側，而不能不惕於衷也