萬曆元年，居正進《帝鑒圖說》，第二年就發生效力。神宗這時才十二歲，他和吏部尚書張瀚，都察院左都御史葛守禮說，要召見廉能官員，面加獎諭。居正隨即請定面獎廉能儀注，他在疏中說：「臣等竊惟致理之道，莫急於安民生；安民之要，惟在於核吏治。前代令主，欲興道致治，未有不加意於此者。」 二年正月，神宗在會極門，召見廉能官員浙江布政使謝鵬舉等二十五人，特加獎勵，各賜金幣，便是這一次的結果。
九月間，刑部秋審，判定重囚應處死刑的，一概上奏。這是一件例行的公事，但是困難從宮內發生了。
「慈聖太后的懿旨，吩咐概行停刑，」神宗在文華殿和居正說，「先生以為怎樣？」
「春生秋殺，天道之常，」居正說，「皇上即位以後，停刑已經不止一次：稂莠不去，反害嘉禾；兇惡不去，反害善良。愚臣看來，還是不必停。」
神宗聽了以後，奏明太后，應處死刑的，一概准予執行。
這一點牽涉到古代統治階級的政治思想問題。不負實際責任的人常常主張寬大，但是負擔實際責任的人，便認為這是一個難題。鄭子產臨死的時候和子太叔說：
「我死後，國家大政是你的事了。有德的人，也許能夠以寬服民，其次莫如猛。火的威焰，人人看到都害怕，所以燒死的人不多；水性懦弱，人人都覺得可愛可近，偏偏死在水中的人多了。所以寬大不是一件容易的事。」
子產死後，政權落到子太叔手上，這是一位官僚主義的統治者。被壓迫的人民大眾得到這個機會，發動起來，爭取他們的自由。子太叔懊恨極了，他認為早聽子產的話，一定不至於此，這才調動軍隊，把起義的人民鎮壓下去，仍走上反動統治者的老路。
居正是主張猛的，他曾說過：「使吾為劊子手，吾亦不離法場而證菩提。」他看到元末的大動亂，完全因為當局的寬縱，以致演成不可收拾的慘劇。所以他認定「君子為國，務強其根本，振其紀綱，厚集而拊循之，勿使有釁，脫有不虞，乘其微細，急撲滅之，雖厚費不惜，勿使滋蔓，蔓難圖矣。」 他又說過：「盜者必獲，獲而必誅，則人自不敢為矣。」 關於捕「盜」的事，在考成法也有明文規定。後來萬曆七年，因為「盜犯」中途脫逃的事，他說：
張國用查系三月初間，已屬順天府著長解押發，乃至今尚未到，此必中途賄逃矣。頃已令該府捕長解家屬監候，又行逐程挨查，於何處脫逃，務見下落，事系考成，期限已迫。若此時尚未到，執事亦宜上疏自白，請旨緝拿，務令得獲正罪，庶足示懲。若已到，則照在京例，盡法處之，不可縱也。
居正的主張是「盜」者必獲，獲則必「誅」，這是考成法的規定。但是如《明史》所載，居正當國之時，「大辟之刑，歲有定額」 ，又稱「居正法嚴，決囚不如額者罪」 ，都難免有些以訛傳訛。每年死刑，要有一定的名額，就在當時，也不能不算是一件不可思議的事。但是《艾穆傳》稱艾穆為刑部員外郎，到陝西複審的時候，艾穆決定只有兩個人處死刑，同審的人唯恐太輕了，要受到政府的處分，艾穆慷慨地說：
「我可不會拿別人的生命保障自己的地位。」
在居正大權在握的當中，地方官吏奉行過甚，也是不免的事。
二年十月遼東大捷，除了遼東總兵官李成梁進左都督以外，薊遼督撫以及內閣諸臣一體加恩，居正具疏力辭，神宗親筆下諭：
敕諭元輔張少師：朕以幼沖嗣位，賴先生匡弼啟沃，四方治安，九邊寧靖。我祖宗列聖，亦鑒知先生之功，就加顯爵不為過。乃屢辭恩命，惟一誠輔國。自古忠臣，如先生者罕。朕今知先生實心，不復強，特賜坐蟒衣一襲、銀錢五十兩，以示優眷，申成先生美德，其欽承之。
自從俺答封貢事定以後，戰事的中心逐漸東移。東部的韃靼，在土蠻的領導下，繼續和朝廷作戰，最困難的問題是「屬夷」。喜峰口、宣化境外有朵顏衛，錦州、義州、廣寧境外有泰寧衛，瀋陽、鐵嶺、開原境外有福余衛，這是所謂大寧三衛；迤東還有建州衛。在名義上他們都服屬中國，所以稱為「屬夷」，但是事實上泰寧部長速把亥、炒花，朵顏部長董狐狸、長昂，以及建州衛都指揮王杲都和土蠻相通，成為薊遼一帶的邊患。要對付土蠻，第一便得對付「屬夷」，所以萬曆元年，居正就認定處置「屬夷」之策，為國家大事，急宜經理。 這一次遼東大捷，李成梁斬建州部落一千一百餘人，後來連王杲也殺了，當然是對付「屬夷」的一次「成功」。
戰事中心到了薊遼，但是薊遼最大的遺憾，便是地形的缺陷。整個三衛，盤踞在熱河和遼寧的西邊，薊州和遼東兩鎮，失去應有的聯繫。居正的計畫，是遵守楊博固守邊牆的遺策，一面整理薊州一帶的邊牆， 以備韃靼的進攻；同時也計畫反攻。他聯絡遼東、宣府、薊州三鎮，主張由薊州堅守，由遼東、宣府雙方夾擊。他給方逢時說起：
比者遼左之功，固為奇絕，朝廷賞功之典，亦極其隆厚，然仆於此，蓄意甚深，謹密以告公。今九邊之地，薊門為重，以其為國之堂奧也。自嘉靖庚戌以來，虜禍日中於薊，至罷九邊之力以奉之，而內地亦且困敝。然所以釀此禍者，皆屬夷為之也。國初棄大寧之地與之，冀其為吾藩屏，而今乃如此！故屬夷不處，則邊患無已時。然欲處之非加之以威，彼固未肯俯首而服從也。今西虜為貢市所羈，必不敢動，獨土蠻一枝，力弱寡援，制之為易。今擬於上谷練得戰士二萬，遼東二萬，多備火器，卻令薊人平時將內地各城堡，修令堅固。視三鎮士氣已振，度其可用，則屬夷求撫賞者，一切以正理處之；凡額外求討，及捉軍要賞者，悉正以軍法。彼不遂所欲，必結虜來犯，我則據台以守，遏之邊外，使之一騎不入，在我雖無所獲，而在彼已為失利，亦策之上也。如其賊眾潰牆而入，則亦勿遽為倉皇，但令薊將斂各路之兵四、五萬人，屯據要害，令諸縣邑村落，皆清野入保，勿與之戰。而上谷、遼左，不必俟命，即各出萬人，遣驍將，從邊外將諸屬夷老小盡殲之，令大將領一萬人入關，不必衛京師，徑趨薊地，伏於賊所出路。彼雖已入內地，見我不動，必不敢散搶，不過四五日，虜氣衰矣。衰則必遁，然後令薊人整陣以逐之，而宣、遼兩軍合而蹙擊。彼既飢疲，又各護其獲，敗不相救，而吾以三鎮全力擊其惰歸，破之必矣。一戰而勝，則薊鎮士氣既倍，土、蘇諸酋，不敢復窺，而屬夷亦皆可脅而撫之以為我用。薊事舉則西虜之貢市愈堅，而入援之兵，可以漸減，九邊安枕無事矣。愚計如此，今先試之於遼左，蓋遼人素稱敢戰，而李將軍亦忠勇可用，故厚賞以勸之，懸利以待之，亦致士從隗始之意也。
萬曆元年，居正和薊遼總督劉應節說過，要「虛心商量，思一長策，著實整頓一番，庶為經久之計」 。這便是居正的長策了。但是這一條計策，在居正手裡，始終沒有用過。戰事的中心逐漸東移，遼東成為中國的重鎮，這是後事。萬曆最初十年，戚繼光坐鎮薊門，是當時的一重保障，土蠻不敢南侵，未必不由於此。居正對於三衛，始終設法羈縻。他自己說過：「要在當事者隨宜處置。譬之於犬，搖尾則投之以骨，狂吠則擊之以棰，既棰而復服，則復投之，投而復吠則擊之：而可與之較曲直，論法守乎？前有書與方公，方答書云：『耐煩二字，邊臣宜書諸紳。』誠然。」 居正手上有的是大棒和骨頭，這是他「羈縻『屬夷』」的方法。對於「撫賞『屬夷』」的緞布，正和對於賞賜俺答的緞布一樣，居正逐件看過，都要美好經用，這是骨頭。朵顏部長董狐狸、長昂，和青把都是親戚，居正吩咐宣府巡撫吳兌：「幸公示意青酋，令其傳意長昂，勿復作歹，自取滅亡。」 這是大棒。這一年他又說過：
辱示薊鎮虜情，淵哉其言之也。已即密語彼中當事諸公，俾知所從事。屬夷處置適宜，則土虜之真情可得，而兩鎮之貢市愈堅，當今邊務，莫要於此矣。公在上谷，內修戰守，外探虜情，東制西懷，自有妙用，仆復何憂。
居正曾經自稱別無他長，但能耐煩，這是一句謙虛的話，但是耐煩確是能使居正成功的品德。耐煩的人，對於一切事務，有布置，有步驟。他不會一暴十寒，然而他也不求一勞永逸，只是一步一步，腳踏實地去干。我們所不能滿意的是居正對於起義的人民，沒有正確的認識，因此只知道如何去鎮壓；同樣地他對於沿邊的少數民族，除了利誘威服以外，沒有採取進一步靠攏和爭取的方法。
對於用人行政方面，他也是一步一步干著。萬曆二年四月，實行久任之法，這是他在隆慶二年《陳六事疏》中已經說過的。十二月內閣進職官書屏。居正上疏：
仰惟皇上天挺睿明，勵精圖治，今春朝覲考察，親獎廉能；頃者吏部奏除，躬臨銓選，其加意於吏治人才如此。顧今天下疆里，尚未悉知，諸司職務，尚未盡熟，雖欲審別，其道無由。臣等思所以推廣德意，發達聖聰者，謹屬吏部尚書張瀚，兵部尚書譚綸，備查兩京及在外文武