嘉靖四十五年十二月，裕王載垕即位，這是後來的穆宗。他即位的時候，年三十歲。
世宗是一位幹練的君主。他崇信道教，從事齋醮，然而他永遠沒有忘去他是君主。楊廷和、楊一清、張孚敬、夏言、嚴嵩、徐階——這一群有名的首輔，固然曾經掌握政權，但是威柄，依然在世宗手裡。穆宗和他的父親不同，他是完全另外一個範疇的人物。世宗在位的時候，他只是一味地謹慎小心，甚至連父親都不敢看一面。世宗逝世了，他自己做君主，但是君主的威權，在他簡直是一種痛苦的經驗。朝會的時候，他照例是不發一言。如此一年一年地過去。起初還不妨說是什麼「高宗諒陰，三年不言」，但是一直到第四年，他還沒有感覺到說話的必要。這確有些駭人了。隆慶三年，尚寶丞鄭履淳上疏：
陛下御極三祀矣，曾召問一大臣，面質一講官，賞納一諫士，以共畫思患豫防之策乎？高亢睽孤，乾坤否隔，忠言重摺檻之罰，儒臣虛納牖之功，宮闈違脫珥之規，朝陛拂同舟之義。回奏蒙譴，補牘奚從？內批徑出，封還何自？
隆慶四年刑部主事陸樹德上言：「上下交為泰，今暌隔若此，何以劘君德，訓萬幾？」但是一切的規諍，對於穆宗，沒有發生什麼影響。
當然，穆宗不是白痴，他只是對於實際政治發生厭倦。在宮廷裡面，他有他的愛和憎。他愛女人，愛喝酒，愛和內監們一起遊玩，愛鰲山，愛宮苑，愛鞦韆，愛龍鳳艦，愛金匱玉盆：一切消閑的娛樂他都愛，一切實際的政治他都憎。事實上，實際的政治，用不到他自己操心。他有徐階、高拱、張居正，這些幹練的政治家；他也有李春芳、陳以勤、郭朴，這些忠讜的大臣。政權交給他們好了，穆宗自己想。不幸他連駕馭大臣的威柄，也一齊放手，因此穆宗一朝，內閣裡面只見到不斷的混斗。
穆宗是一個寬厚的君主，這是他和世宗絕對不同的地方。他即位的初年，詔令戶部購買珠寶，戶部尚書馬森執奏，不聽；給事中、御史們進諫，不聽。最後激怒了御史詹仰庇，他上疏說：「陛下玩好之端漸啟，弼違之諫惡聞，群小乘隙，百方誘惑，害有不可勝言者。」這是直接攻擊皇帝了，穆宗只給他一個不答覆。穆宗對陳皇后日漸疏遠，皇后遷居別宮，慢慢地郁出病來，仰庇又上疏道：
「先帝慎擇賢淑，作配陛下，為宗廟社稷內主，陛下宜遵先帝命，篤宮闈之好。近聞皇后移居別宮，已近一載，抑鬱成疾，陛下略不省視。萬一不諱，如聖德何！臣下莫不憂惶，徒以事涉宮禁，不敢頌言。臣謂人臣之義，知而不言，當死，言而觸諱，亦當死。臣今日固不惜死，願陛下采聽臣言，立復皇后中宮，時加慰問，臣雖死，賢於生。」
這樣地切直，在世宗的時候，久已應當受到廷杖的處分了，穆宗只批著，「後無子多病，移居別宮，聊自適以冀卻疾。爾何知內廷事，顧妄言！」在明代，這真是難得了，一切看出穆宗是一個平庸的，然而寬厚的君主。
穆宗即位的時候，內閣大學士是徐階、李春芳、郭朴、高拱四人。徐階是首輔，內閣中最不平靜的分子是高拱。
短短的十二月過去了，第二年便是穆宗隆慶元年。開了新年，居正由翰林院侍讀學士，進禮部右侍郎，兼翰林院學士。侍郎是正三品，這已是進官了，但是只是一個階梯。二月居正晉吏部左傳郎兼東閣大學士，入閣。同時入閣的還有他的房師陳以勤。二人入閣，當然都是因為曾為裕邸講官的原故。
這一年居正四十三歲了，也許他還記得荊州張秀才那兩句詩，「鳳毛叢勁節，只上盡頭竿」。努力，努力！在三十年以後的今日，他已經直上盡頭竿了，但是他還得努力，他要一直趕上盡頭竿的頂點。
奉詔入閣以後，他有《辭免恩命疏》，這是一篇可以紀念的文章，全錄於次：
奏為辭免恩命事，隆慶元年二月初九日，准吏部咨，節奉敕諭：「原講官、今禮部右侍郎、兼翰林院學士張居正，升吏部左侍郎兼東閣大學士，著入內閣，同徐階等辦事，如敕奉行。欽此。」非常之命，特出宸衷，不次之恩，濫及庸品，臣不勝感激，不勝惶悚。竊以內閣之職，幾務是司，以代王言，以熙帝載，必有宏深奧衍之學，蘊經綸康濟之才，然後足以協贊皇猷，弼成聖化。臣學不足以造古人之微，識不足以通當世之務，既無才望，又鮮舊勞，徒以東朝勸講之微勤，幸逢聖主龍飛之景運，因緣機遇，驟被恩慈，擢貳銓衡，晉參密勿，力微於蚊蝝，任重於丘山，退自省循，若為堪受。昔唐李泌、陸贄，遇代、德二主於藩邸；先臣楊溥、劉健，事仁、孝兩廟於青宮：咸以舊勞，遂躋台席。然當時不以為幸得，後世咸仰其休聲者，蓋以四臣聞望素隆，勛庸茂著故也。臣之譾劣，何足以遠企前賢，近希先哲，而一旦以後進之士，廁跡於老成耆舊之間，以庸眾之流，濫竽於俊乂英賢之列，將何以致物情之允協，昭天鑒之無私？即微人言，能不自愧？況聖明臨御之始，正海內觀聽之時，倘舉措不愜於公評，則激勸有虧於國典，隮顛之咎，寧獨在臣！伏願皇上察臣悃誠，非由矯飾，特停成命，改授時賢，俾臣仍以舊官，勉圖自效。庶程才量力，在微臣免覆之憂，為官擇人，在國家有棟隆之吉。臣無任戰慄隕越俟命之至。
當然地，這是一篇例行的文章。明代關於大臣的任命，到了中葉以後，演成會推的制度。《明會典》：「閣臣，吏、兵二部尚書，會大九卿、五品以上官及科、道，廷推上二人，或再上三、四人，皆請自上裁。」 就是指的此事。廷推便有些議會選舉制的意味了。不過名為會推，其實主持者自有其人，其餘的只有承認，未必公開地取決於多數的贊同。所以後來顏繼祖論為「會推但六科掌篆者為主，卿貳台臣罕至，且九卿台諫，止選郎傳語，有唯諾，無翻異，何名會推！」 這是指的主持之權落在六科都給事中 以後的情形。但是萬曆以來，大權只在吏部尚書和文選司郎中之手，廷推只是一個形式。 其實即在西方議會制盛行的國家，選舉也只是公開的形式，一切的決定，還是由一、二人主持。所以大體方面，本來有不少的類似。
但是會推的制度以外，還有特簡。任用大臣的時候，會推和特簡，是兩種迭用的方式。有時大臣認為特簡是一種偏私的恩典，甚至拒絕皇上的榮命。孝宗用中旨改徐恪為南京工部右侍郎，恪疏稱「大臣進用，宜出廷推，未聞有傳奉得者。臣生平不敢由他途進，請賜罷黜」 。這是一個好例。可是特簡的制度，永遠和會推的制度並存。幹練的君主，用人行政的時候，甚至大都出於特簡。在寬厚平庸的君主手裡，特簡的大權依然存在，但是簡用的大臣，不是出於首輔的推薦，便是出於近幸的引進。居正這次入閣，全是徐階的力量。居正自言「聖主念甘盤之舊，不棄簪履；元翁垂接引之慈，無遺管蒯」 ，所謂「元翁」，即指徐階。
入閣以後，便有入閣以後的措施。無疑地，居正是熱戀政權的。自隆慶元年入閣以後，直到萬曆十年身死為止，在這長長的十六年之中，他沒有一天不在積極地鞏固他的政權，也沒有一天曾經放棄他的政權。政權在手中了，他要有一番作為。隆慶元年，他還只是一個新進，閣中充滿他的老師和前輩，只有李春芳是他的同年，但是在他入閣以前，春芳已經是二年大學士了。可是居正既經入閣，便有一番抱負。也許在做翰林學士的時候，他還預備做一個文人，現在事情不同了，一切都看在他的眼裡。入閣之初，他有這樣的幾封信：
仆以淺薄，驟冒非分，日夕惶惶，罔知攸措。思所以酬主恩而慰知己者，唯虛平此心，不敢向人間作好惡耳。至於轉旋之機，未免有跡非心是之判，士大夫責望素深，或不能盡如其意，然亦不暇顧矣。
深惟譾薄，任過其才，夙夜念之，若為稱塞。唯當堅平生硜硜之節，竭一念縷縷之忠，期不愧於名教，不負於知己耳。
仆以譾薄，獲依日月之末光，猥從末階，驟躋三事，束櫨作柱，用荷為梁，庸愚之人猶將嗤之，況高明耆碩如翁者乎？乃辱不鄙，遠賜問賀，獎借過情，重增其愧。至勉仆以作者之事，尤不敢當。古人以行誼文章兼顯於時者，世不多見。明興二百餘年，名世之輔，專門之彥，凡幾作矣，而一代文章，猶未能追蹤古昔，乃欲責之於椎魯人，詎能耶？若使以其硜硜小人之守，倦倦納誨之心，朝夕俟袞職有缺，時用一縷補之，以仰答隆遇而免於罪戾，或庶幾耳。
關於居正入閣之初，還有一段記載，應當辨正的。王世貞《張居正傳》，稱「當居正之進閣，閣臣凡六人，……居正最後拜，獨謂輔相體當尊重，於朝堂倨見九卿，他亦無所延納；而間出一語，輒中的，人以是愈畏憚之，重於他相矣」。其後《明史》居正本傳亦稱：「時徐階以宿老居首輔，與李春芳皆折節禮士，居正最後入，獨引相體，倨見九卿，無所延納，間出一語，輒中肯，人以是嚴憚之，重於他相。」《明史》本傳的記載，完全根據王傳，連字句方面，都可以指出雷同的地方。其實兩傳都是錯誤的。
這段記載的錯誤