一
《明史·劉基傳》：
太祖即皇帝位，基奏立軍衛法。
《兵志序》：
明以武功定天下，革元舊制，自京師達於郡縣，皆立衛所。外統之都司，內統於五軍都督府。而上十二衛為天子親軍者不與焉。征伐則命將充總兵官，調衛所軍領之。既旋則將上所佩印，官軍各回衛所，蓋得唐府兵遺意。
衛所的組織。《兵志二·衛所門》記：
天下既定，度要害地系一郡者設所，連郡者設衛。大率五千六百人為衛，千一百二十人為千戶所，百十有二人為百戶所。所設總旗二，小旗十，大小聯比以成軍。
衛有指揮使，所有千戶、百戶，總旗轄五十人，小旗轄十人，衛統於都指揮使司，簡稱都司。洪武二十六年（1393）時定天下都司衛所，共計都司十七（北平、陝西、山西、浙江、江西、山東、四川、福建、湖廣、廣東、廣西、遼東、河南、貴州、雲南、大寧等），行都司三（北平、江西、福建），留守司一（中都），內外衛三百二十九，守御千戶所六十五。成祖以後，多所增改，都司增為二十一，留守司二，內外衛增至四百九十三。守御屯田群牧千戶所三百五十九。約計明代衛所軍兵的總數在三百萬人以上。
衛所軍兵的來源。《兵志二》記：
其取兵有從征，有歸附，有謫發。從征者諸將所部兵，既定其地，因以留戍。歸附則勝國及僭偽諸降卒，謫發以罪遷隸為兵者，其軍皆世籍。
從征、歸附兩項軍兵大部分是建國前期所組織，謫發一項當為建國以後的新兵，又名恩軍。《明太祖實錄》卷二三二：
洪武二十七年四月癸酉，詔兵部凡以罪謫充軍者，名為恩軍。
此外，最大的來源為垛集軍。《兵志四》：
明初垛集令行，民出一丁為軍，衛所無缺伍，且有羨丁……成祖即位，遣給事等官分閱天下軍，重定垛集軍更代法。初三丁巳上垛正軍一，別有貼戶，正軍死，貼戶丁補。至是令正軍貼戶更代，貼戶單丁者免，當軍家蠲其一丁徭。
一被徵發，便世世子孫都附軍籍，和民戶分開。《明太祖實錄》卷一三一記：
洪武十三年五月乙未，詔曰：軍民已定籍，敢有以民為軍，亂籍以擾吾民者，禁止之。
戶有一丁被垛為軍，優免原籍一丁差役，使其供給軍裝盤纏。《明會典》卷一五五：
凡軍裝盤纏，宣德四年令每丁一名，優免原籍戶丁差役。若在營余丁，亦免一丁差役，令其供給軍士盤纏。
二
除從征和歸附的軍兵以外，謫發和垛集軍是強迫被征的，被威令所逼，離開他們所慣習的農田和家屬，離開了他們所慣習的日常生活，被安排到一個遼遠的陌生的環境中去，替國家服務。一代一代下去，子子孫孫永遠繼承著這同一的命運和生活。在這情形下，大部分的軍士發生逃亡的現象。章潢《圖書編》說：
國初衛軍籍充垛集，大縣至數千名，分發天下衛所，多至百餘衛，數千里之遠者。近來東南充軍亦多發西北，西北充軍亦多發東南。然四方風土不同，南人病北方之苦寒，北人病南方之暑濕，逃亡故絕，莫不由斯，道里既遠，勾解遂難。
初期國家法令尚嚴，衛軍比較能安分服務。稍後政府不能約束官吏，衛軍苦於虐待和鄉土之思，遂逃亡相繼，據王瓊的觀察，逃亡者的比例竟佔十之八九。他在《清軍議》中說：
國初乘大亂之後，民多流離失恆產。然當是時官皆畏法不敢虐下，故建衛從軍，多安其役。自後日漸承平，流罪者悉改充戍，故人有懷土之思，不能固守其新業。於是乎逃亡者十常八九，而清勾之令遂不勝其煩擾矣。
衛所官吏一方面剝削衛軍，使其不能生活，被逼逃亡。《明宣宗實錄》卷一〇八記：
宣德九年二月壬申，行在兵部右侍郎王驥言：中外都司衛所官，惟故肥己，征差則賣富差貧，征辦則以一科十。或占納月錢，或私役買賣，或以科需扣其月糧，或指操備減其布絮，衣食既窘，遂致逃亡。
劉大夏《劉忠宣公集》卷一《條列軍伍利弊疏》說：
在衛官軍苦於出錢，其事不止一端。如包辦秋青草價，給與勇士養馬，比較逃亡軍匠，責令包工雇役。或幫貼錦衣衛夷人馬匹，或加貼司苑局種菜軍人內外官人造墳皆用夫價，接應公差車輛，俱費租錢，其他使用，尚不止此。又管營內外官員，率與軍伴額數之外，謫發在營操軍役使，上下相襲，視為當然。又江南軍士，漕運有修船盤削之費，有監收斛面之加，其他掊克，難以枚舉。以致逃亡日多，則撥及全戶，使富者日貧；貧者終至於絕。江南官軍每遇京操，雖給行糧，而往返之費，皆自營辦。況至京即撥做工雇車運料，而雜撥納辦，有難以盡言者。
一方面私役兵士，藉以漁利。《明成祖實錄》卷六一八：
永樂五年六月辛卯，御吏蔣彥祿言：國家養軍士以備功戰，暇則教之，急則用之，今各衛所官夤緣為奸，私家役使，倍蓰常數，假借名義以避正差，賄賂潛行，互相蔽隱。
《明史·李邦華傳》：
京營故有占役、虛冒之敝。占役者，其人為諸將所役，一小營至四五百人，且有賣閑、包操諸弊。虛冒者，無其人，諸將及勛戚、庵寺、豪強以蒼頭冒充選鋒壯丁，月支厚餉。
結果是除大批的衛軍逃亡外，又逼使一部分為盜賊，擾亂地方治安。《明英宗實錄》卷一二六：
正統十年二月辛亥，直隸御史李奎奏：沿海諸衛所官旗，多克減軍糧入己，以致軍士艱難，或相聚為盜，或興販私鹽。
衛軍逃亡缺額，竟成為衛所官旗的利源，一方面他們可以干預沒逃亡者的月糧，一方面又可以向逃亡者索賄。以此一任行伍空虛，不加過問。《明成祖實錄》卷一五七：
永樂十二年十月辛巳，上諭行在兵部臣曰：今天下軍伍不整肅，多因官吏受賕，有縱壯丁而以罷弱充數者，有累歲缺伍不追補者，有偽作戶絕及以幼小紀錄者，有假公為名而私役於家者，遇有調遣，十無三四，又多是幼弱老疾，騎士或不能引弓，步卒或不能荷戈，綏急何以濟事。
五年後，監察御史鄧真上疏說軍衛之弊。也說：
內外各衛所軍士，皆有定數，如伍有缺，即當勾補。今各衛所官吏，惟耽酒色貨賄，軍伍任其空虛。及至差人勾補，縱容賣放，百無一二到衛。或全無者。又有在外聚妻生子不回者。官吏徇私蒙蔽，不行舉發。又有勾解到衛而官吏受贓放免，及以差使為由，縱其在外，不令服役，此軍衛之弊也。
衛軍或秘密逃亡。如《明英宗實錄》卷四七所記：
正統三年十月辛未，巡按山東監察御史李純言：遼東軍士往往攜家屬潛從登州府運船，越海道逃還原籍，而守把官軍受私故縱。飭嚴加禁約。
或公開請假離伍。如同書卷一四一所記：
正統十一年五月己卯福建汀州府知府陸征言：天下衛所軍往往假稱欲往原籍取討衣鞋，分析家資，置借軍裝。其官旗人等，貪圖賄賂，從而給與文引遺之。及至本鄉，私通官吏鄰里，推稱老病不行，轉將戶丁解補，到役未久，託故又去，以致軍伍連年空缺。
其因罪謫戍的，則預先布置，改易籍貫，到衛即逃，無從根補。《明宣宗實錄》卷一〇七：
宣德八年十二月庚午，巡按山東監察御史張聰言：遼東軍士多以罪謫戍，往往有亡匿者。皆因編髮之初，奸頑之徒，改易籍貫，至衛即逃，此及勾追，有司謂無其人，軍伍遂缺。
在這種情形之下，衛所制度建立的第一天就已伏下崩潰的因素。《明史·兵志四》記起吳元年十月到洪武三年十一月，軍士逃亡者四萬七千九百餘。到正統三年這數目就一跳跳到一百二十萬有奇，佔全國軍伍總數的三分之一。 同年據巡按山東監察御史李純的報告，他所視察的某一百戶所，照理應有旗軍一百二十人，可是逃亡所剩的結果只留一人。
這制度等不到土木之變，等不到嘉靖庚戌之變和倭寇的猖獗的試驗，已經完全崩潰了。
三
衛所制度是明代立國的基礎，衛所軍兵之不斷逃亡，一方面表明了這制度內在的弱點，一方面也泄露出統治權動搖的消息。這情形使政府感覺到非常恐慌，極力想法補救。把追捕逃軍的法律訂而又訂，規定得非常嚴格。《明史·兵志四》記：
大都督府言，起吳元年十月至洪武三年十一月，軍士逃亡者四萬七千九百餘。於是下追捕之令，立法懲戒。小旗逃所隸三人，降為軍。上至總旗、百戶、十戶皆視逃軍多寡奪俸降革。其從征在外者罰尤嚴。
把逃軍的責任交給衛所官旗，讓他們為自己的利益約束軍士。這制度顯然毫無效果，因為在十年後又頒布了同樣性質的科令。《明太祖實錄》卷一三一：
洪武十三年五月庚戌，上諭都督府臣曰：近各衛士卒，率多逋逃者。皆由統之者不能撫恤，宜量定千百戶罰格。凡