一 軍與兵
明初創衛所制度，划出一部分人為軍，分配在各衛所，專負保衛邊疆和鎮壓地方的責任。軍和民完全分開。中葉以後，衛軍廢弛，又募民為兵，軍和兵成為平行的兩種制度。
軍是一種特殊的制度，自有軍籍。在明代戶口中，軍籍和民籍、匠籍平行，軍籍屬於都督府，民籍屬於戶部，匠籍屬於工部。軍不受普通行政官吏的管轄，在身份、法律和經濟上的地位都和民不同。軍和民是截然分開的。兵恰好相反，任何人都可應募，在戶籍上也無特殊的區別。軍是世襲的、家族的、固定的，一經為軍，他的一家系便永遠世代充軍，住在被指定的衛所。直系壯丁死亡或老病，便須由次丁或余丁替補。如在衛所的一家系已全部死亡，還須到原籍勾族人頂充。兵則只是本身自願充當，和家族及子孫無關，也無固定的駐地，投充和退伍都無法律的強制。軍是國家經制的、永久的組織，有一定的額數，一定的戍地。兵則是臨時招募的，非經制的，無一定的額數，也不永遠屯駐在同一地點。
在明代初期，軍費基本上是自給自足的，軍餉的大部分由軍的屯田收入支給。在國家財政的收支上，軍費的補助數量不大。雖然全國的額設衛軍總數達到兩百七十餘萬的龐大數字 ，國家財政收支還能保持平衡。遇有邊防屯田的收入不敷支給時，由政府制定「開中」的辦法，讓商人到邊塞去開墾，用墾出的穀物來換政府所專利的鹽引，取得買鹽和賣鹽的權利。商人和邊軍雙方都得到好處。
兵是因特殊情勢，臨時招募的。招募時的費用和入伍後的月餉都是額外的支出。這種費用原來沒有列在國家預算上，只好臨時設法，或加賦，或加稅，或捐納，大部分由農民負擔。因之兵的額數愈多，農民的負擔便愈重。兵費重到超過農民的負擔能力時，政府的勒索和官吏的剝削引起農民的武裝反抗。政府要鎮壓農民，又只好增兵，這一筆費用還是出在農民身上。
衛所軍經過長期的廢弛而日趨崩潰，軍屯和商屯的制度也日漸破壞，漸漸地不能自給，需要由國家財政開支。愈到後來，各方面的情形愈加變壞，需要國家的財政供給也愈多。這費用也同樣地需由農民負擔。同時又因為軍力的損耗，國防脆弱，更容易引起外來的侵略。衛軍不能作戰，需要募兵的數量愈多。這兩層新負擔，年復一年地累加，國家全部的收入不夠軍兵費的一半，只好竭澤而漁，任意地、無止境地增加農民的負擔，終於引起歷史上空前的農民暴動。政府正在用全力去鎮壓，新興的建州卻又乘機而入，在內外交逼的情勢下，顛覆了明室的統治權。
除中央的軍和兵以外，在地方的有民兵、民壯（弓兵、機兵、快手）、義勇種種地方警備兵。在邊地的有土兵（土軍）、達軍（蒙古降卒）。在內地的有苗兵、狼兵（廣西土司兵）、土兵等土司兵。將帥私人又有家丁、家兵、親兵。各地職業團體又有由礦工所組織的礦兵，鹽丁所組織的鹽兵，僧徒所組織的少林兵、伏牛兵、五台兵。也有以特別技藝成兵的，如河南之毛葫蘆兵、習短兵，長於走山；山東有長竿手，徐州有箭手，井陘有螞螂手，善運石，遠可及百步。福建閩漳泉之鏢牌兵等。
從養軍三百萬基本上自給的衛兵制，到軍兵費完全由農民負擔，國庫支出；從有定額的衛軍，到無定額的募兵；從世襲的衛軍，到僱用的募兵，這是明代歷史上的一件大事。
次之，軍因歷史的、地理的、經濟的關係，集中隸屬於國家，在戰時才由政府派出統帥總兵，調各衛軍出征。一到戰事終了，統帥立刻被召回，所屬軍也各歸原衛。軍權不屬於私人，將帥也無直屬的部隊。兵則由將帥私人所招募、訓練，和國家的關係是間接的。兵費不在政府的歲出預算中，往往須由長官向政府力爭，始能得到。同時兵是一種職業，在中央權重的時候，將帥雖有私兵，如嘉靖時戚繼光之戚家軍，俞大猷之俞家軍，都還不能不聽命於中央。到明朝末年，民窮財盡，內外交逼，在非常危險的局面下，需要增加龐大的兵力，將帥到處募兵，兵餉都由將帥自行籌措，發生分地分餉的弊端，兵皆私兵，將皆藩鎮，兵就成為擴充將帥個人權力和地位的工具了。
二 衛所制度
明太祖即皇帝位後，劉基奏立軍衛法。
《明史》卷八九《兵志序》說：
明以武功定天下，革元舊制，自京師達於郡縣，皆立衛所。外統之都司，內統於五軍都督府。而上十二衛為天子親軍者不與焉。征伐則命將充總兵官，調衛所軍領之。既旋則將上所佩印，官軍各回衛所，蓋得唐府兵遺意。
這制度的特點是平時把軍力分駐在各地方，戰時才命將出師，將不專軍，軍不私將，軍力全屬於國家。衛所的組織，《明史》卷九〇《兵志二·衛所門》記：「天下既定，度要害地系一郡者設所，連郡者設衛。大率五千六百人為衛，千一百二十人為千戶所，百十有二人為百戶所。所設總旗二，小旗十，大小聯比以成軍。」衛有指揮使，所有千戶、百戶。總旗轄五十人，小旗轄十人。各衛又分統於都指揮使司（簡稱都司），司有都指揮使，為地方最高軍政長官，和治民事的布政使司，治刑事的按察使司，並稱「三司」。洪武二十六年（1393）時定天下都司衛所，共計都司十七（北平、陝西、山西、浙江、江西、山東、四川、福建、湖廣、廣東、廣西、遼東、河南、貴州、雲南、北平三護衛、山西三護衛），行都司三（北平、江西、福建），留守司一（中都）。內外衛三百二十九，守御千戶所六十五。成祖以後，多所增改，都司增為二十一（浙江、遼東、山東、陝西、四川、廣西、雲南、貴州、河南、湖廣、福建、江西、廣東、大寧、萬全、山西、四川行都司、陝西行都司、湖廣行都司、福建行都司、山西行都司），留守司二（中都、興都）。內外衛增至四百九十三，守御屯田群牧千戶所三百五十九。
全國衛軍都屬於中央的大都督府。大都督府掌軍籍，是全國的最高軍事機關。洪武十三年（1380）分大都督府為中、左、右、前、後五軍都督府。洪武二十六年定分領在京各衛所及在外各都司衛所。其組織如下：
每府設左右教督各一，掌治府事。成祖以後，又改組如下：
各地都司分隸於各都督府，其組織如下：
和都督府相配合的機關是兵部，長官為兵部尚書，「掌天下武衛官軍選授簡練之政令」，其下設四清吏司，各設郎中一人，員外郎一人，主事二人：
都督府是統軍機關，各省各鎮鎮守、總兵官、副總兵都以三等 真署都督及公侯伯充任。有大征討，則由政府指派掛諸號將軍 或大將軍前將軍副將軍印總兵出，事定繳印回任。明初開國時，武臣最重 ，英國公張輔兄信，至以侍郎換授指揮同知。武臣出兵，多用文臣參贊，如永樂六年（1408）黔國公沐晟討交趾簡定，以尚書劉俊參軍事。宣德元年（1426）成山候王通討交趾黎利，以尚書陳洽參贊軍務。正統以後，文臣的地位漸高，出征時由文臣任總督或提督軍務，經畫一切，武臣只有領軍作戰的任務。如正統六年（1441）麓川之役，定西伯蔣貴充總兵官，以兵部尚書王驥總督軍務；正統十四年討福建鄧茂七，寧陽侯陳懋為總兵官，以刑部尚書金濂提督軍務。成化元年（1465）討大藤峽徭，都督同知趙輔為征夷將軍，以左僉都御史韓雍贊理軍務。同年出兵鎮壓荊、襄農民暴動，撫寧伯朱永充靖虜將軍，以工部尚書白圭提督軍務。三年討建州，武靖伯趙輔充總兵官，以左都御史李秉提督軍務。從此文臣統率，武臣領兵，便成定製。政府的用意是以文臣制武臣，防其跋扈。結果是武臣的地位愈來愈低。正德以後幸臣戚里多用恩幸得武職，武臣愈為世所輕。在內有部、科，在外有監軍、總督、巡撫，重重彈壓，五軍都督府職權日輕，將弁大帥如走卒，總兵官到兵部領敕，必須長跪，「間為長揖，即謂非體」。到明朝末年，衛所軍士，雖一諸生，都可任意役使了。
各省都指揮使是地方的最高軍政長官，統轄省內各衛所軍丁，威權最重。在對外或對內的戰事中，政府照例派都督府官或公侯伯出為總兵官，事後還任。明初外患最頻的是北邊的蒙古，派出邊地防禦的總兵官漸漸地變成固定，冠以鎮守的名義，接著在內地軍事要害地區也派總兵官鎮守，獨任一方的軍務。又於其下設分守，鎮守一路；設守備，鎮守一城或一堡。至和主將同城的則稱為協守。總兵之下有副總兵、參將、游擊將軍、守備、把總等名號。總兵是由中央派出的，官爵較高，職權較專，都指揮使是地方長官，漸漸地就成為總兵官的下屬了。後來居上，於是臨時派遣的總兵官駐守在固定的地點，代替了都指揮使原來的地位。
總兵官變成鎮守地方的軍事統帥以後，在有戰事時，政府又派中央大員到地方巡撫，事畢復命，後來巡撫也成固定的官名，駐在各地方。因為這官的職務是撫安軍民，彈壓地方，所以以都御史或副僉都御史派充。因為涉及軍務，所以又加提督軍務或贊理軍務、參贊