東林黨之爭是明朝末年歷史上的一個特徵。
首先應該明確這樣一個問題，歷史上所謂黨與我們今天所說的黨是兩回事，不能把歷史上所說的黨和今天的政黨混同起來。歷史上所說的黨並沒有什麼組織形式，參加哪個黨是沒有任何形式的，既不要交黨費，也沒有組織生活，更沒有黨章和黨綱。然而在歷史上又確實叫作黨。歷史上所謂黨是指的什麼呢？是指政治見解大體相同的一些人的集團，也就是統治階級內部某些人無形的組合。明朝的東林黨，它的情況大致是這樣：在江蘇無錫有個書院叫東林書院，這是一所學校。當時有兩個政府官員，叫顧憲成和顧允成，兩兄弟在北京做官的時候，由於他們的政治見解與當時的當權人物相抵觸，便辭官不做，回家後在東林書院講學。他們很有學問，在地方上聲望很高，為人也正派。這樣，和他們意氣相投的人跟他們的來往便越來越多了。不但在地方上，就是在北京，有一些官員跟他們的來往也比較多。他們以講學為名，發表一些議論朝政的意見。這樣，從萬曆二十二年（1594）開始，一直到明朝被推翻，前後五十年間，在明朝政治上形成了一批所謂東林黨人和另外一批反對東林黨的非東林黨人。非東林黨人後來形成齊（山東）、楚（湖北）、浙（浙江）三派，與東林黨爭論不休。這五十年中間，在幾件大事情上都有爭論。你主張這樣，他反對；他主張那樣，你反對。舉例來說，黨爭中最早的一個問題，就是所謂「京察」問題。「京察」這兩個字大家都認識，但是不好懂。這是古代歷史上的一種制度，就是政府的官員經過一定的時期要考核，相當於現在的考勤考績。主持考勤考績的是吏部尚書、吏部侍郎（相當於現在的內務部長、副部長），他們主管文官的登記、資格審查、成績考核及任免、升降、轉調、俸給、獎恤等事。當時考取進士以後，有一部分進士就安排做科道官。科就是六科給事中，道就是十三道御史。六科就是按照六部（吏、戶、禮、兵、刑、工）來分的。道是按照行政區劃來設置的。當時全國有十三個布政使司，設了十三道御史，譬如浙江道有浙江道御史。科道官都是監察官，當時叫作「言官」。他們本身沒有什麼工作，只是監察別人的工作，提出贊成的或者反對的意見。他們的任務就是說話，所以叫「言官」。每次「京察」，吏部提出某些人稱職，某些人不稱職。1594年舉行「京察」的時候，就發生了爭論，這一部分人說這些人好，那一部分人說不好。凡是東林黨人說好的，非東林黨人一定說不好。爭論中摻和了封建社會的鄉里（同鄉）關係。譬如齊、楚、浙就是鄉里關係。不管這件事情正確不正確，只要是和我同鄉的人，都是對的。還有一種同門的關係。所謂同門，就是指同一個老師出身的。不管事情本身怎麼樣，只要跟我是同學，就都是對的。至於對親戚、朋友則更不用說了。就在這樣的封建關係組合之下，從1594年「京察」開始，一直爭吵了五十年。
繼「京察」問題之後，接著發生了「國本之爭」。所謂「國本」，就是國家的根本。我們今天說國家的根本就是人民，沒有人民就沒有國家。當時並沒有這樣的概念。那時候所謂「國本」是指皇帝的繼承人問題。萬曆做了多年皇帝，按照過去的慣例，他應該立一個皇太子，以便他死後有一個法定的繼承人。可是他不喜歡他的大兒子，他所喜歡的是他的小老婆（鄭貴妃）生的兒子福王（以後封在河南洛陽），所以他就遲遲不立太子。有些大臣就叫起來了，他們認為國家的根本很重要，也就是說第二代的皇帝很重要，應該早立太子。凡是提議立太子的，萬曆就不高興，他說：我還活著，你們忙什麼！這樣，有人主張早立太子，有人反對立太子，爭吵起來了，這就叫「國本之爭」。
跟著又發生了一個案子叫「梃擊案」。有一天早晨，突然有一個人跑到宮裡來見人就打，一直打到萬曆的大兒子那裡去了。當然，這個人馬上被逮住了。可是這裡發生了一個問題，是誰叫他到宮裡來打萬曆的大兒子的？當時有人懷疑是鄭貴妃指使的。這是宮廷問題，卻成了當時政治上的一個大問題，引起了爭吵，東林黨與非東林黨大吵特吵。
萬曆做了四十八年皇帝，死了。他的大兒子繼位不到一個月又死了。怎麼死的呢？搞不清楚。據說他在病的時候，有一個醫生給他紅丸藥吃，吃了以後就死了。這樣就發生了一個問題，這個皇帝是不是被毒死的？是誰把他毒死的？因此又發生了所謂「紅丸案」。各個集團之間又爭吵起來了。
正在爭吵的時候，發生了另外一個問題：就是這個只做了個把月的皇帝死了以後，他的兒子繼位，還沒成年。這個短命皇帝有個妃子李選侍，她住在正宮裡不肯搬出來。她有政治野心：想趁這個小孩做皇帝的機會把持朝政。這樣，又發生了爭論，有一些人出來罵她：你這個妃子怎麼能霸著正宮？逼著她搬出去了。這個案件叫「移宮案」。京戲裡有一齣戲叫《二進宮》，就是反映這件事的，不過把時代改變了，把孫子的事情改成了祖父的事情。
「梃擊」、「紅丸」、「移宮」是當時三大案件，成為當時爭論最激烈的事件。在這樣的情況下，政治上出現了什麼現象呢？每一件事情出來，這批人這樣主張，那批人那樣主張，爭論不休，整天給皇帝寫報告。到底誰對誰不對？從現在來看，東林黨與非東林黨之爭，一般地說，道理在東林黨方面。東林黨的道理多，非東林黨的道理少。但是，東林黨是不是完全對呢？在某些問題上也不完全對。這樣爭來爭去，爭不出個是非來，結果只有爭論，缺乏行動，許多政治上該辦的事沒人去管了。後來造成這種現象：某些正派的官員提出他的主張，這個主張一提出來，馬上就有一批人來攻擊他，他就不能辦事，只好請求辭職。皇帝不知道這個人對不對，不作處理，把事情壓下來。這個官既不能辦事，辭職也辭不成，怎麼辦？乾脆自己回家。他回家以後，政府也不管，結果這個官就空著沒人做。到萬曆後期，政治紀律鬆懈到這樣的地步：哪個官受了攻擊就把官丟了回家，以致六部的很多部長都沒人做了。萬曆皇帝到晚年根本不接見臣下，差不多一二十年不跟大臣見面，把自己關在宮廷里，什麼事情也不管。大臣們有什麼事情要跟他商量也見不著。政治腐化，紀律鬆懈，很多重要的問題得不到解決，卻專搞無原則的糾紛。大是大非沒人管了，成天糾纏在一些枝節問題上面。
這種無休止的爭吵影響到一些重大的政治事件的發展。譬如日本侵略朝鮮，中國到底應不應該援助朝鮮，在這個問題上發生了爭論。後來還是派兵去支援了朝鮮，第一個時期打了勝仗，收復了平壤。後來又派兵去，由於麻痹大意，打了敗仗。打了敗仗以後，政府里又發生爭論了，主和派覺得和日本打仗沒有必要，支援朝鮮意義不大，不如放棄軍事辦法，轉而採取政治辦法來解決問題。他們主張把豐臣秀吉封為日本國王，並答應和他做買賣。歷史上封王叫作朝，做買賣叫作貢，所謂朝貢，說得通俗一點，就是你帶些物資來賣給我，我給你一些物資作交換。在這種情況下，明朝政府只好一面按照主戰派的主張，繼續派兵援助朝鮮；一面派人暗中往來日本進行和議。後來明軍與朝鮮軍大敗日本侵略軍，日本願和了。明朝政府便按照主和派撤兵議和的主張，允許議和。並派人到日本去辦外交，封豐臣秀吉為國王。但日本國內本來已經有天皇，因此豐臣秀吉不接受王位，而且提出了很強硬的條件。結果外交失敗了。日軍重新侵略朝鮮。明朝政府只好再次出兵，最後打敗了日軍。由於追究外交失敗的責任，又引起了爭論。
這種影響在「封疆案」的問題上表現得更加明顯。萬曆死後，東林黨在政府做官的人越來越多了。這時北京有一個「首善書院」（在北京宣武門內），在這裡講學的也是東林黨人。這些人在政治上提出意見時，非東林黨人就起來攻擊，要封閉這個書院。東林黨人當然反對封閉。這樣吵了二三十年。這個爭論最後演變成什麼局面呢？當時萬曆皇帝的孫子熹宗（年號天啟，是崇禎皇帝的哥哥）很年輕，不懂事，光貪玩。他寵信太監魏忠賢，軍事、政治各個方面都是太監當家。一些地主階級的知識分子由於在魏忠賢門下奔走而當了官。凡是屬於魏忠賢這一派的，歷史上稱為「閹黨」。閹黨裡面沒有什麼正派人。東林黨是反對閹黨的。因此，黨爭發展到這個時候，就變成了地主階級的知識分子與宦官的鬥爭。這個鬥爭影響到東北的軍事形勢。在萬曆以前，東北的建州女真已經壯大起來了，不斷進攻遼東，佔領了許多城市。到天啟時代，明朝防禦建州女真的軍事將領熊廷弼提出一系列的軍事上和政治上的主張，他認為跟建州女真進行軍事鬥爭時，明朝軍隊不能退回到山海關以內，而應該在山海關以東建立軍事據點。當時前方的另一個軍事將領叫王化貞，他不同意這個意見，他認為只能依靠山海關來據守。熊廷弼雖然是統帥，地位比王化貞高，但是沒有軍事實權。而王化貞得到了魏忠賢的支持。這樣，熊廷弼的正確意見因為得不到支持而不能貫徹，結果打了敗仗，王化