洪武二十八年（1395）正式頒布《皇明祖訓》。這一年，朱元璋已經是六十八歲的衰翁了。
在這一年之前，桀驁不馴的元功宿將殺光了，主意多端的文臣殺絕了，不順眼的地主巨室殺得差不多了，連光會掉書袋子搬弄文字的文人也大殺特殺，殺得無人敢說話，甚至都不敢出一口大氣了。殺，殺，殺！殺了一輩子，兩手都塗滿了鮮血的白頭劊子手，躊躇滿志，以為從此可以高枕無憂，皇基永固，子子孫孫吃碗現成飯，不必再操心了。這年五月，特別下一道手令說：「朕自起兵至今四十餘年，親理天下庶務，人情善惡真偽，無不涉歷，其中奸頑刁詐之徒，情犯深重，灼然無疑者，特令法外加刑，意在使人知所警懼，不敢輕易犯法。然此特權時措置，頓挫奸頑，非守成之君所用長法。以後嗣君統理天下，止守《律》與《大誥》，並不許用黥刺剕劓閹割刑，臣下敢有奏用此刑者，文武群臣即時劾奏，處以重刑。」
其實明初的酷刑，黥刺剕劓閹割還算是平常的，最慘的是凌遲，凡是凌遲處死的罪人，照例要殺三千三百五十七刀，每十刀一歇一吆喝，慢慢地折磨，硬要被殺的人受長時間的痛苦。 其次有刷洗，把犯人光身子放在鐵床上，澆開水，用鐵刷刷去皮肉。有梟令，用鐵鉤鉤住脊骨，橫掛在竿上。有稱竿，犯人縛在竿上，另一頭掛石頭對稱。有抽腸，也是掛在竿上，用鐵鉤伸入榖門把腸子鉤出。有剝皮，貪官污吏的皮放在衙門公座上，讓新官看了發抖。此外，還有挑膝蓋、錫蛇游種種名目。 也有同一罪犯，加以墨面文身，挑筋去膝蓋剁指，並且五刑的。 據說在上朝時，老皇帝的脾氣好壞很容易看出來，要是這一天他的玉帶高高地貼在胸前，大概脾氣好，殺人不會多。要是撳玉帶到肚皮底下，便是暴風雨來了，滿朝廷的官員都嚇得臉無人色，個個發抖，准有大批人應這劫數。 這些朝官，照規矩每天得上朝，天不亮起身梳洗穿戴，在出門以前，和妻子訣別，吩咐後事，要是居然活著回家，便大小互相慶賀，算是又多活一天了。
四十年中，據朱元璋自己的著作，《大誥》《大誥續篇》《大誥三篇》和《大誥武臣》的統計，所列凌遲梟示種誅有幾千案，棄市（殺頭）以下有一萬多案。三篇所定算是最寬容的了。「進士監生三百六十四人，愈見奸貪，終不從命三犯四犯而至殺身者三人，三犯而誹謗殺身者又三人，姑容戴斬，絞、徒流罪在職者三十人，一犯戴死罪徒流罪辦事者三百二十八人」。 有御史戴死罪，戴著腳鐐，坐堂審案的，有挨了八十棍回衙門做官的。其中最大的案件有胡惟庸案、藍玉案、空印案和郭桓案，前兩案株連被殺的有四萬人，後兩案合計有七八萬人。 所殺的人，從開國元勛到列儒裨將、部院大臣，諸司官吏到州縣胥役、進士監生、經生儒士、富人地主僧道屠沽，以至親侄兒、親外甥，無人不殺，無人不可殺，一個個地殺，一家家地殺，有罪的殺，無罪的也殺，「大戮官民不分臧否。」 早在洪武七年，便有人向他控訴，說是殺得太多了，「才能之士，數年來倖存者，百無一二。」 到洪武九年，單是官吏犯笞以上罪，謫戍到鳳陽屯田的便有一萬多人。 十八年九月在給蕭安石子孫符上也自己承認：「朕自即位以來，法古命官，列布華夷，豈期擢用之時，並效忠貞，任用既久，俱系奸貪？朕乃明以憲章，而刑責有不可恕。以至內外官僚，守職維艱，善能終是者寡，身家誅戮者多。」 郭桓案發後，他又說：「其貪婪之徒，聞桓之奸，如水之趨下，半年間弊若蜂起，殺身亡家者人不計其數。出五刑以治之，挑筋剁指足髡髮文身，罪之甚者歟？」
政權的維持建立在流血屠殺、酷刑暴行的基礎上，這個時代，這種政治，確確實實是名副其實的恐怖政治。
胡惟庸案發於洪武十三年，藍玉案發於洪武二十六年，前後相隔十四年，主犯雖然是兩個，其實是一個案子。
胡惟庸是初起兵佔領和州時的帥府舊僚，和李善長同鄉，又結了親，因李善長的舉薦，逐漸發達，洪武三年拜中書省參知政事，六年七月拜右丞相。
中書省綜掌全國大政，丞相對一切庶務都有專決的權力，統率百官，只對皇帝負責。這制度對一個平庸的，唯唯否否，阿附取容「三旨相公」型的人物；或者對手是一個只顧嬉遊逸樂、不理國事的皇帝，也許不會引起嚴重的衝突。或者一個性情謙和容忍，一個剛決果斷，柔剛互濟倒也不致壞事，但是胡惟庸幹練有為，有魄力，有野心，在中書省年代久了，大權在手，威福隨心，兼之十年宰相，門下故舊僚友也隱隱結成一個龐大的力量，這個力量是靠胡惟庸做核心的。拿慣了權的人，怎麼也不肯放下。朱元璋呢，赤手空拳建立的基業，苦戰了幾十年，拼上命得到的大權，平白被人分去了一大半，真是倒持太阿，授人以柄，想想又怎麼能甘心！困難的是皇帝和丞相的職權，從來不曾有過清楚的界限，理論上丞相是輔佐皇帝治理天下的，相權是皇權的代表，兩者是合二而一的，不應該有衝突。事實上假如一切庶政都由丞相處分，皇帝沒事做，只能簽字畫可，高拱無為。反之，如皇帝躬親庶務，大小事一概過問，那麼，這個宰相除了伴食畫諾以外，又有什麼可做？這兩個人性格相同，都剛愎，都固執，都喜歡獨裁，好攬權，誰都不肯相讓。許多年的爭執、摩擦，相權和皇權相對立，最後，衝突表面化了。朱元璋有軍隊，有特務，失敗的當然是文官。在胡惟庸以前，第一任丞相李善長小心怕事，徐達經常統兵在外，和朱元璋的衝突還不大明顯嚴重（劉基自己知道性子太剛，一定合作不了，堅決不幹），接著是汪廣洋，碰了幾次大釘子，末了還是賜死。中書官有權的如楊憲，也是被殺的。胡惟庸是任期最長、衝突最厲害的一個。被殺後，索性取消中書省，由皇帝兼行相權。皇權和相權合而為一。洪武二十八年手令：「自古三公論道，六卿分職，自秦始置丞相，不旋踵而亡，漢唐宋因之，雖有賢相，然其間所用者多有小人，專權亂政。我朝罷相，設五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙門，分理天下事務，彼此頡頏，不敢相壓，事皆朝廷總之，所以穩當。以後嗣君並不許立丞相，臣下敢有奏請設立者，文武群臣即時劾奏，處以重刑。」 這裡所說的「事皆朝廷總之」的朝廷，指的便是他自己。胡惟庸被殺在政治制度史上的意義，是治權的變質，也就是從官僚和皇家共治的階段，轉變為官僚成奴才，皇帝獨裁的階段。
胡惟庸之死只是這件大屠殺案的一個引子，公布的罪狀是擅權枉法。以後朱元璋要殺不順眼的文武臣僚，便拿胡案做底子，隨時加進新罪狀，把它放大、發展，一放為私通日本，再放為私通蒙古。日本和蒙古，「南倭北虜」是當時兩大敵人，通敵當然是謀反。三放又發展為串通李善長謀逆，最後成為藍玉謀逆案。罪狀愈多，牽連的罪人也更多，由甲連到乙，乙攀到丙，轉彎抹角像瓜蔓一樣四處伸出去，一網打盡，名為株連。被殺的都以家族為單位，殺一人也就是殺一家。坐胡案死的著名人物有御史大夫陳寧、中丞塗節、太師韓國公李善長、延安侯唐勝宗、吉安侯陸仲亨、平涼侯費聚、南雄侯趙庸、滎陽侯鄭遇春、宜春侯黃彬、河南侯陸聚、宜德侯金朝興、靖寧侯葉升、中國公鄧鎮、濟寧侯顧敬、臨江侯陳鏞、營陽侯楊通、淮安侯華中和高級軍官毛驤、李伯昇、丁玉和宋濂的孫子宋慎，宋濂也被牽連，貶死茂州。坐藍黨死的除大將涼國公藍玉以外，有吏部尚書詹徽、侍郎傅友文、開國公常驤、景川侯曹震、鶴慶侯張翼、舳艫侯朱壽、東莞伯何榮、普定侯陳桓、宣寧侯曹泰、會寧侯張溫、懷遠侯曹興、西涼侯濮玙、東平侯韓勛、全寧侯孫恪、瀋陽侯察罕、徽先伯桑敬和都督黃輅、湯泉等。胡案有《昭示奸黨錄》，藍案有《逆臣錄》，把口供和判案都詳細記錄公布，讓全國人都知道這些「奸黨」的「罪狀」。 被殺公侯中，東莞伯何榮是何真的兒子，何真死於洪武二十一年，被帳下舊校捏告生前黨胡惟庸，勒索兩千兩銀子，何家子弟到御前分析，朱元璋大怒說：「我的法，這廝把做買賣！」把舊校綁來處死。到二十三年何榮弟崇祖回廣東時：
「兄把袂連聲：弟弟，今居官禍福頃刻，汝歸難料再會日。到家達知伯叔兄弟，勿犯違法事，保護祖宗，是所願望！」
可是，逃過了胡黨，還是逃不過藍黨。何家是嶺南大族，何真在元明之際保障過一方秩序，威望極高，如何放得過？據何崇祖自述：
洪武二十六年，族誅涼國公藍玉，扳指公侯文武家，名藍黨，無有分別。自京及天下，赤族不知幾萬戶。長兄四兄宏維暨老幼咸喪。三月二十日夜雞鳴時，家人彭康壽叩門，吾床中聞知禍事，出問故，云：「昨晚申時，內官數員滯官軍到衙，城門皆閉。是晚有公差出城，私言今夜抄提員頭山何族，因此奔回。」……軍來甚眾，吾忙呼妻封氏，各自逃生。
崇祖一房從此山居島宿，潛形匿跡，一直到三十一年新帝登極大赦，才敢回家安居。
李善長死時已經七十七歲了，帥府元僚，開國首相，替主子辦