一 明太祖的折中政策
自稱為淮右布衣，出身於流氓而做天子的朱元璋，在得了勢力稱王建國之後，最惹他操心的問題：第一是怎樣建立一個有力的政治中心，建立在何處。第二是用什麼方法來維持他的統治權。
明太祖在初渡江克太平時（至正十五年六月，1355），當塗學者陶安出迎：
太祖問曰：「吾欲取金陵，何如？」安曰：「金陵古帝王都，取而有之，撫形勝以臨四方，何向不克？」太祖曰：「善！」
至正十八年（1358）葉兌獻書論取天下規模：
今之規模，宜北絕李察罕（元將察罕帖木兒），南並張九四（吳張士誠），撫溫、台，取閩、越，定都建康，拓地江、廣，進則越兩淮以北征，退則畫長江而自守。夫金陵古稱龍蟠虎踞，帝王之都，藉其兵力資財，以攻則克，以守則固。
部將中馮國用亦早主定都金陵之說：
洪武初定淮甸，得馮國用，問以天下大計。國用對曰：「金陵龍蟠虎踞，真帝王之都，願先渡江取金陵，置都於此。然後命將出師，掃除群寇，倡仁義以收人心，天下不難定也。」
上曰：「吾意正如此。」
參酌諸謀士的意見，經過了長期的考慮後，在至正二十六年（1366）六月拓應天城，做新宮於鐘山之陽，至次年九月新宮成。這是吳王時代的都城。同月滅吳張士誠，十月遣徐達等北伐。十二月取溫、台，降方國珍，定山東諸郡縣。
至正二十八年（1368）正月吳王稱帝，改元洪武，湯和平福建，四月平廣東、河南。七月廣西平。八月徐達率師入大都，元帝北走。十二月山西平。二年八月陝西平，南北一統。四年夏明升降，四川平。十五年平定雲南。二十年元納哈出降，遼東歸附，天下大定。在這一長時期中，個人的地位由王而帝，所統轄的疆域由東南一隅而擴為全國。元人雖已北走，仍保有不可侮的實力，時刻有南下恢複的企圖。同時沿海倭寇的侵襲也成為國防上的重大問題。在這樣的情形之下，帝都的重建和國防的設計是當時朝野所最矚目的兩大問題。
基於天然環境的限制，東南方面沿海數千里時時處處有被倭寇侵犯的危險，東北方面長城外即是蒙古人的勢力，如不在險要處屯駐重兵，則黃河以北便非我有。防邊須用重兵，如以兵權付諸將，則恐尾大不掉，有形成藩鎮跋扈的危險。如以重兵直隸中央，則國都必須扼駐邊界，以收統轄指揮之效。東南是全國的經濟中心，東北為國防關係，又必須成為全國的軍事中心。國都如建設在東南，則北邊空虛，不能防禦蒙古人的南侵；如建設在北邊，則國用仍須仰給東南，轉運勞費，極不合算。
在政治制度方面，郡縣制和封建制的選擇，也成為當前的難題。秦、漢、唐、宋之亡，沒有強藩屏衛是許多原因中之一。周代封建藩國，則又枝強幹弱，中央威令不施。這兩者中的折中辦法，是西漢初期的郡國制。一面設官分治集大權於中央，一面又分封子弟，使為國家捍禦。這樣一來，設國都於東南財賦之區，封子弟於東北邊防之地，在經濟上、在軍事上、在統治權的永久維持上都得到一個完滿的解決。這就是明太祖所採用的折中政策。
二 定都南京
明太祖定都南京的重要理由是受經濟環境的限制。第一是因為江、浙富饒為全國冠，所謂「財賦出於東南，而金陵為其會」。 第二是因為吳王時代所奠定的宮闕，不願輕易棄去。且若另建都邑，則又須重加一層勞費。第三是因為從龍將相都是江、淮子弟，不願輕去鄉土。洪武元年四月取汴梁後，他曾親到汴梁去視察，覺得雖然地位適中，可是四面受敵，形勢還不及南京。 在事實上，則西北未定，為轉餉屯軍計，不能不有一個軍事上的後方重地，以便策應。於是仿成周兩京之制以應天（金陵）為南京，開封為北京。二年八月陝西平。九月以臨濠（安徽鳳陽）為中都，事前曾和廷臣集議建都之地：
上召諸老臣問以建都之地，或言關中險固，金陵天府之國。或言洛陽天地之中，四方朝貢道里適均。汴梁亦宋之舊京。又言北平元之宮室完備，就之可省民力。上曰：「所言皆善，唯時有不同耳。長安、洛陽、汴京實周、秦、漢、魏、唐、宋所建國。但平定之初，民力未蘇息，朕若建都於彼，供給力役悉資江南，重勞其民。若就北平，要之宮室不能無更，亦未易也。今建業長江天塹，龍蟠虎踞，江南形勝之地，真足以立國。臨濠則前江後淮，以險可恃，以水可漕，朕欲以為中都。何如？」群臣稱善。至是始命有司建置城池宮闕，如京師之制焉。
在營建中都時，劉基曾持反對的論調，以為「鳳陽雖帝鄉，非建都地」。 八年四月罷營中都。
洪武十一年（1378）以南京為京師。 太祖對於建都問題已經躊躇了十年，到這時才決定。可是為了控制北邊，仍時時有遷都的雄心。選定的地點仍是長安、洛陽和北平。當時獻議遷都長安的有鬍子祺：
洪武三年以文學選為御史，上書請都關中。帝稱善，遣太子巡視陝西。後以太子薨，不果。
他的理由是：
天下形勝地可都者四。河東地勢高，控制西北，堯嘗都之，然其地苦寒。汴梁襟帶河、淮，宋嘗都之，然其地平曠，無險可憑。洛陽周公卜之，周、漢遷之，然嵩、邙非有崤函、終南之阻，澗、瀍、伊、洛非有涇、渭、灞滻之雄。夫據百二河山之勝，可以聳諸侯之望，舉天下莫關中若也。
皇太子巡視陝西在洪武二十四年。則太祖在十一年定都南京以後仍有都長安之意。皇太子巡視的結果，主張定都洛陽：
太祖以江南地薄，頗有遷都之意。八月命皇太子往視關、洛。皇太子志欲定都洛陽，歸而獻地圖。明年四月以疾薨。
鄭曉記此事始末，指出遷都的用意在控制西北：
國朝定鼎金陵，本興王之地。然江南形勢終不能控制西北，故高皇時已有都汴、都關中之意，以東宮薨而中止。
《明史》記：
太子還，獻陝西地圖，遂病。病中上言經略建都事。
是則假使太子不早死，也許在洪武時已遷都到洛陽或長安了。又議建都北平：
逮平陝西，欲置都關中。後以西北重地非自將不可，議建都於燕，以鮑頻力諫而止。
何孟春記鮑頻諫都北平事說：
太祖平一天下，有北都意。嘗御謹身殿親策問延臣曰：「北平建都可以控制邊塞，比南京何如？」修撰鮑頻對曰：「元主起自沙漠，立國在燕今百年，地氣天運已盡，不可因也。南京興王之地，宮殿已完，不必改圖。傳曰：『在德不在險也。』」
明太祖晚年之想遷都，次要的原因是南京新宮風水不好。顧炎武記：
南京新宮吳元年作。初大內填燕尾湖為之，地勢中下南高而北卑。高皇帝後悔之。二十五年祭光祿寺灶神文曰：「朕經營天下數十年，事事按古有緒。維宮城前昂後窪，形勢不稱，本欲遷都。今朕年老，精力已倦。又天下新定，不欲勞民，且興廢有數，只得聽天。惟願鑒朕此心，福其子孫。」
由此看來，從洪武初年到二十四年這一時期中，明太祖雖然以南京作國都，可是為了控制北邊的關係，仍時時有遷都的企圖。遷都到北邊最大的困難是漕運艱難，北邊磽瘠，如一遷都，則人口必驟然增加，本地的糧食不能自給，必須仰給東南，煩費不資。次之重新創建城地宮闕，財力和人力耗費過多。懿文太子死後，這老皇帝失去勇氣，就從此不再談遷都了。
三 封建諸王
洪武二年四月編《祖訓錄》，定封建諸王之制。 在沿邊要塞，均置王國：
明興，高皇帝以宋為懲，內域削弱，邊圉勿威，使胡人得逞中原而居閏位。於是大封諸子，連亘邊陲。北平天險，為元故都，以王燕。東歷漁陽、盧龍、出喜峰，包大寧，控塞葆山戎，以王寧。東渡榆關，跨遼東，西並海被朝鮮，聯開原，交市東北諸夷，以王遼。西按古北口，瀕於雍河，中更上谷、雲中，鞏居庸，蔽雁門，以王谷代。雁門之南，太原其都會也，表裡河山，以王晉。逾河而西，歷延、慶、韋、靈，又逾河北，保寧夏，倚賀蘭，以王慶。兼殽、隴之險，周、秦都圻之地，牧垧之野，直走金城，以王秦。西渡河領張掖、酒泉諸郡，西扃嘉峪，護西域諸國，以王肅。此九王者皆塞王也，莫不敷險陿，控要害，佐以元戎宿將，權崇制命，勢匹撫軍，肅清沙漠，壘帳相望。
在內地則有：
周、齊、楚、潭、魯、蜀諸王，護衛精兵萬六千餘人，牧馬數千匹，亦皆部兵耀武，並列內郡。
洪武五年置親王護衛指揮使司，每府設三護衛。 護衛甲士少者三千人，多者至一萬九千人。 王國中央所派守鎮兵亦得歸王調遣：
凡王國有守鎮兵，有護衛兵。其守鎮兵有常選指揮掌之。其護衛兵從王調遣。如本國是險要之地，遇有警急，其守鎮兵、護衛兵並從王調遣。
守鎮