朱元璋篡奪了元末農民戰爭的勝利果實做了皇帝，成為地主階級政治利益的代表。他當然是尊重、維護地主階級的利益的。但是，事情並不如他所想望的那樣。大地主們也有兩面性，一面同樣尊重、維護他的統治，另一面，隨著農業經濟的恢複和發展，大地主們家裡有人做官，倚仗政治力量，用隱瞞土地面積、蔭庇漏籍人口等手段來和皇家統治集團爭奪土地和人力，直接影響到皇朝的財政、稅收和人力使用。「國家存在的經濟體現就是指稅。」 「賦稅是政府機器的經濟基礎。」 由於觸犯他的利益的大地主們的強佔、舞弊，皇朝的經濟基礎發生問題了，地主階級內部矛盾發展了，激化了，為了保障自己的經濟基礎，非對觸犯他的利益的大地主加以狠狠的打擊不可。
朱元璋從渡江以後，就採取了許多保護地主階級利益的措施。例如龍鳳四年（公元1358）取金華，便選用金華七縣富民子弟充宿衛，名為御中軍。 這件事一方面表示對地主階級的尊重和信任，另一面也是很重要的軍事措施，因為把地主們的子弟徵調為禁衛軍人，隨軍作戰，等於作質，就不必擔心這些地區地主的軍事反抗了。洪武十九年（公元1386）選取直隸應天諸府州縣富民子弟赴京補吏，凡一千四百六十人， 也是同樣作用。對地主本身，洪武三年做的調查，以田稅多寡比較，浙西的大地主數量最多，以蘇州一府為例，每年納糧一百石以上到四百石的四百九十戶，五百石到一千石的五十六戶，一千石到二千石的六戶，二千石到三千八百石的二戶，共五百五十四戶，每年納糧十五萬一百八十四石。 三十年又做了一次調查，除雲南、兩廣、四川以外，浙江等九布政司，直隸應天十八府州，地主們田在七頃以上的共一萬四千三百四十一戶。編了花名冊，把名冊藏在內府印綬監，按名冊以次召來，量才選用。 應該看到，田在七頃以上，在長江以南的確是大地主了，但在長江以北，就不一定是大地主，而是中小地主了。
地主對封建統治集團和農民來說，也是有兩面性的。一面是他們擁護當前的統治，依靠皇朝的威力，保身立業。朱元璋說過，孟子曰：有恆產者有恆心。今郡縣富民，多有素行端潔，通達時務者。叫戶部保薦交租多的地主，任命為官員、糧長。 一面他又指出：「富民多豪強，故元時此輩欺凌小民，武斷鄉曲，人受其害。」 以此，他對地主的政策也是兩面性的，雙管齊下。一是選用做官僚，加強自己的統治基礎；一是把他們遷到京師，繁榮首都，同時也削弱了地主在各地方的力量。在科舉法未定以前，選用地主做官，叫作稅戶人才，有做知縣、知州、知府的，有做布政使以至朝廷的九卿的。 例如浙江烏程大族嚴震直就以稅戶人才一直做到工部尚書，後來浦江有名的鄭義門的鄭沂競從老百姓任命為禮部尚書。 又以地主為糧長。以為地方官都是外地人，不熟習本地情況，容易被黠胥宿豪蒙蔽，民受其害。不如用有聲望的地主來徵收地方賦稅，負責運到京師，可以減少弊病。 洪武四年九月，命戶部計算土田租稅，以納糧一萬石為一區，選佔有大量土地納糧最多的地主為糧長，負責督收和運交稅糧。 如浙江布政司有人口一百四十八萬七千一百四十六戶，每年納糧九十三萬三千二百六十八石，設糧長一百三十四人。 糧長下設知數（會計）一人，斗級（管斗斛秤量的）二十人，運糧夫千人。 並規定對糧長的優待辦法，凡糧長犯雜犯、死罪和徒流刑的可以納鈔贖罪。 三十年又命天下郡縣每區設正副糧長三名，編定次序，輪流應役，周而復始。 凡糧長按時運糧到京師的，元璋親自召見，談話合意的往往留下做官。 元璋把征糧和運糧的權力交給地主，以為這個辦法是「以良民治良民，必無侵漁之患」 ；免地方官「科擾之弊，於民甚便」 。他把地主也當作良民了。但是事實恰好相反，不少地主在做了糧長以後，在原來對農民剝削的基礎上，更加上了皇朝賦予的權力，如虎添翼，肆行額外剝削，農民的痛苦也就更深更重了。例如糧長邾阿乃起立名色，科擾民戶，收舡水腳米、斛面米、裝糧飯米、車腳錢、脫夫米、造冊錢、糧局知房錢、看米樣中米，等等，通共苛斂米三萬二千石，鈔一萬一千一百貫。正米止該一萬石，邾阿乃個人剝削部分竟達米二萬二千石，鈔一萬一千一百貫。農民交納不起，就強迫以房屋准折，揭屋瓦，變賣牲口，以及衣服、段匹、布帛、鍋灶、水車、農具，等等。 又如嘉定縣糧長金仲芳等三名，巧立名色征糧附加到十八種。 農民吃夠了苦頭，無處控訴。 朱元璋也發覺糧長之弊，用嚴刑制裁。儘管殺了不少人，糧長依然作惡，農民也依然被額外剝削，改不好，也改不了。
除任用地主做官收糧以外，朱元璋還採用漢高祖徙天下豪富於關中的政策。洪武三年移江南民十四萬戶於鳳陽（這時鳳陽是中都），其中有不少是地主。洪武二十四年徙天下富戶五千三百戶於南京。 三十年又徙富民一萬四千三百餘戶於南京，稱為富戶。元璋告訴工部官員說：「從前漢高祖這樣做，我很不以為然。現在想通了，京師是全國根本，事有當然，確實不得不這樣做。」
江南蘇、松、杭、嘉、湖一帶的地主被迫遷往鳳陽，離開了原來的鄉里田舍，還不許私自回去。這一措施對於當時東南地主階級是絕大的打擊。舊社會的地主階級離開了原來佔有的土地，也就喪失了社會地位和政治地位。相對的，以朱元璋為首的新地主階級卻可以因此而加強對這一地區人民的控制了。這些地主從此以後，雖然不敢公開回到原籍，卻偽裝成乞丐，以逃荒為名，成群結隊，老幼男婦，散入江南諸州縣乞食，到家掃墓探親，第二年二三月間又回到鳳陽。年代久了，也就成為習慣。五六百年來鳳陽花鼓在東南一帶是婦孺皆知的民間歌舞。歌詞是：
家住廬州並鳳陽，鳳陽原是好地方。
自從出了朱皇帝，十年倒有九年荒。
地主們對做官、做糧長當然很高興，感激和支持這個維護本階級利益的政權。但是，地主階級貪婪的本性是永遠也不能改變的，他們決不肯放棄任何一個可以增加佔領土地和人力的機會，用盡一切手段逃避對皇朝應納的賦稅和徭役。例如兩浙地主所使用的方法，把自己的田產詭寄（假寫）在親鄰佃仆名下，叫作「鐵腳寄詭」，普遍成為風氣，鄉里欺騙州縣，州縣欺騙府，奸弊百出，叫作「通天詭寄」。 此外，還有灑派、拋荒、移丘換段等手段。元璋在處罰了這些地主以後，氣憤地指出：
民間灑派、拋荒、詭寄、移丘換段，這等都是奸頑豪富之家，將次沒福受用財賦田產，以自己科差灑派細民；境內本無積年荒田，此等豪猾買囑貪官污吏及造冊書算人等，其貪官污吏受豪猾土財，當科差之際，作包荒名色征納小戶，書算手受財，將田灑派，移丘換段，作詭寄名色，以此靠損小民。
地主把自己的負擔通過舞弊手段轉嫁給「細民」「小戶」「小民」，也就是貧苦農民，結果是富的更富，窮的更窮了。 地主階級侵佔了皇家統治集團應得的租稅和人力，貧苦農民加重了負擔。皇朝一方面田賦收入和徭役徵發都減少了，一方面貧苦農民更加窮困飢餓，動搖和侵蝕了統治階級的經濟基礎。階級內部發生矛盾，鬥爭展開了，地主不再是良民，而是「奸頑豪富之家」，是「豪猾」了。
朱元璋鬥爭的對象是地主階級中違法的大地主。辦法有兩條，一條是用嚴刑重法消滅「奸頑豪富之家」，一條是整理地籍和戶口。
洪武時代大地主被消滅的情況，據明初人記載，如貝瓊說：
三吳巨姓享農之利而不親其勞，數年之中，既盈而覆，或死或徙，無一存者。
方孝孺說：
時嚴通財黨與（胡惟庸黨案）之誅，犯者不問實不實，必死而覆其家……當是時，浙東、西巨室故家，多以罪傾其宗。
吳寬說：
吳……皇明受命，致令一新，富民豪族，剗削殆盡。
長州情況：
（城）東……遭世多故，鄰之死徙者殆盡，荒落不可居。
洪武之世，鄉人多被謫徙，或死於刑，鄰里殆空。
有的大地主為了避禍，或則「晦匿自全」 ，或則「悉散所積以免禍」 ，或則「出居於外以避之」 ，或則「攀附軍籍以免死」 ，但是這樣的人只佔少數。浙東西的「富民豪族，剗削殆盡」。統治階級內部的鬥爭是十分殘酷的。
另一方面，經過元末二十年的戰爭，各地田地簿籍多數喪失，保存下來的一部分，也因為戶口變換，土地轉移，實際的情況和簿籍不相符合。大部分田地沒有簿籍可查，大地主們便乘機隱匿田地，逃避皇朝賦役；有簿籍登載的田地，登記的面積和負擔又輕重不一，極不公平合理。朱元璋抓住這中心問題，對大地主進行了長期的鬥爭。方法是普遍丈量田地和調查登記人口。
洪武元年正月派國子監生周鑄等一百六十四人往浙西核量田畝，定其賦稅。 五年六月派使臣到四川丈量田畝。 十四年命全國郡縣編賦役黃冊。二十