朱元璋用全部精力、時間，管理他所手創的朱家皇朝。
全國大大小小的政務，都要親自處理。交給別人辦，當然可以節省精力、時間，但是第一他不放心，不只怕別人不如他的盡心，也怕別人徇私舞弊；第二更重要的，這樣做就慢慢會大權旁落，而他這個人不只是要大權獨攬，連小權也要獨攬的，以此，每天天不亮就起床辦公，批閱公文，一直到深夜，沒有休息，沒有假期，也從不講究調劑精神的文化娛樂。照習慣，一切政務處理，臣僚建議、報告，都用書面的文件——奏、疏，等等，他成天成月成年看文件，有時也難免感覺厭倦。尤其是有些賣弄學問經濟，冗長而又不中肯，說了一大堆而又不知所云的報告，看了半天還是莫名其妙，怎能使人不發火、惱怒？洪武九年刑部主事茹太素上萬言書，他叫人讀了六千三百七十字以後，還沒有聽到具體意見，說的全是空話，大發脾氣，把太素叫來，打了一頓。第二天晚上，又叫人讀一遍，讀到一萬六千五百字以後，才涉及本題，建議五件事情，其中有四件事情是可取的、可行的，元璋即刻命令主管部門施行。同時指出這五件事情有五百多字就可以講清楚了，卻啰啰嗦嗦說了一萬七千字，這是繁文之過；自己厭聽繁文，打了人，承認這是過失，並表揚茹太素為忠臣。為了教育全國官民，他把這件事情的經過親自寫成文章公布，規定了建言格式，文章說：
洪武九年，朕見災異萬端，余無措手，於是特布告臣民，許言朕過。……是以近臣刑部主事茹太素以五事上言，其書一萬七千字，聯命中書郎王敏立而誦之，至字六千三百七十，乃雲才能之士，數年以來，倖存者百無一二，不過應答辦集。又雲所任者多半迂儒俗吏。言及至斯，未睹五事實跡，意其妄言，故召問之：爾為刑部之官，彼刑部官吏二百有餘，爾可細分迂儒俗吏乎？使分之而又無知其人者，於是撲之。
次日深夜中，朕卧榻上，令人誦其言，直至一萬六千五百字後，方有五事實跡，其五事之字止是五百有零。朕聽至斯，知五事之中，四事可行。當日早朝，敕中書都府御史台著跡以行。吁，難哉！……今朕厭聽繁文而駁問忠臣，是朕之過。有臣如此，可謂忠矣。
因如是，故立上書陳言之法，以示天下。若官民有言者，許陳實奉，不許繁文，若過式者問之。
經過這番整頓以後，奏章只陳實事，從此他讀文件就省了不少精力、時間，工作效率提高了。到廢中書省以後，六部府院直接對皇帝負責，政務越發繁忙，以洪武十七年九月間的收文為例，從十四日到二十一日，八天內，內外諸司奏札凡一千六百六十件，計三千三百九十一事。 平均他每天要看或聽兩百多件報告，要處理四百多件事。
他早年過的是缺衣少食的窮苦日子，中年在軍隊里，在兵火喧天、白刃相接的戎馬生活中度過，四十歲以後，把全副精力處理國事，過分緊張疲勞，五十歲以後，體力便支持不住了，害了心跳很快的病症，宋濂勸他清心寡欲。 他又時發高熱，好幻想，做怪夢，在夢中還看到了天上神仙宮闕。 有時喜怒不常，暴怒到失去常態。 特別使他感覺痛苦，影響精神體力的是家庭之間、父子之間的矛盾。
元璋的大兒子皇太子標，生性忠厚，長期接受儒家教育，被教養成儒生型的人物。老皇帝過了五十歲以後，精力有點不濟事了，就要皇太子幫著處理一般政務。一來是分勞，二來也趁此訓練這下一代皇帝辦事的能力，指望他兒子是漢文帝，不是漢惠帝。但是，父子倆出身不同，所受教育不同，生活實踐不同，一個是從艱苦鬥爭中成長的，一個是在太平環境中成長的，思想作風也就自然不同。老皇帝主張以猛治國，運用法庭、監獄、特務和死刑震懾官民，使人知懼而莫測其端，皇太子卻大講其周公、孔子之道，講仁政，講慈愛，殺人愈少愈好；老皇帝要用全力消滅內部的敵對力量，鞏固皇家統治，皇太子卻要照顧將相過去的汗馬功勞，照顧親戚情誼，兄弟友愛，向父親說情爭執，一個嚴酷，一個寬大，一個從現實政治鬥爭出發，一個從私人情感出發，父子倆的分歧日漸擴大，有時也不免發生衝突。明朝的野史家傳說，宋濂得罪，皇太子為他的老師哭救，元璋發怒說：「等你做皇帝赦他！」皇太子惶懼投水自殺，左右赴救得免。又說皇太子諫元璋：「陛下殺人過濫，恐傷和氣。」元璋不做聲。第二天故意把一條棘杖放在地下，叫皇太子拿起，皇太子面有難色，元璋說：「你怕有刺不敢拿，我把這些刺都給去掉了，再交給你，豈不是好。我所殺的都是天下的壞人，內部整理清楚了，你才能當這個家。」皇太子說：「上有堯舜之君，下有堯舜之民。」意思是說有怎麼樣的皇帝，就有怎麼樣的臣民。元璋大怒，拿起椅子就朝他摜，皇太子只好逃走。 這兩個故事雖然不一定是真實的，但是卻反映了一部分他們父子之間矛盾情況。
元璋費盡心機，製造了多次大血案，把棘杖的刺都弄乾凈了，卻又發生意外，皇太子於洪武二十五年病死。六十五歲的老皇帝受了這嚴重的打擊，傷心之至，身體一天天軟弱下去，頭髮鬍子全變白了。
皇太子死後，立允炆為皇太孫，才十六歲。
皇太孫的性格極像他的父親，元璋擔心他應付不了這個局面，諸將大臣將來會不服他的調度。只好再一次斬除荊棘，傅友德、馮勝這幾個僅存的元勛宿將，也給殺光了。
元璋學習了元朝的歷史教訓，認定皇位繼承是維持皇朝安全的根本制度，必須規定嚴密的法則，才不會引起家族間的紛爭，造成宮廷政變，最好的辦法是封建宗法制度下的嫡長承襲制。在立了皇太子以後，為了要使諸王安分，保護和維持大宗，洪武五年命群臣采漢、唐以來藩王善惡事迹可為勸戒的，編作一書，名為《昭鑒錄》，頒賜諸王，進行宗法教育。立皇太孫後，又編了一部書，叫作《永鑒錄》。二十八年又頒布《皇明祖訓》條章，把一切皇帝、藩王和臣下所應遵守的、不該做的事，都詳細列舉，並定製後代有人要更改祖訓的，以奸臣論，殺無赦。 希望用政治教育的方法，用制度、法律的約束，使藩王大臣都能忠心服從這未來的小皇帝，朱家皇朝的族長。
但是，元璋失敗了，他的安排和苦心的教育並不能發生作用，權力的爭奪引起兄弟之間和父子之間更深刻的矛盾。第二子秦王在藩多過失，「不良於德」，二十四年召還京師。第三子晉王為人多智數，性驕，在國多不法，有人告發他有異謀，元璋大怒，皇太子力救，二人才得免罪。二王都靠不住，元璋才特派皇太子到關、陝巡視，帶晉王回朝，痛加訓戒以後，二王答應改過，才許回藩。 太子死後，二十八年秦王死，三十一年晉王死，都死在元璋之前。皇太孫即皇帝位後不久，用種種方法削減藩王的權力，展開了皇朝和藩王之間的鬥爭，元璋第四子燕王棣就起兵南下，援引祖訓，以靖難為名，建文四年（公元1402年）佔領南京自立為皇帝，是為明成祖。離老皇帝之死，還不到五年。
洪武三十一年，元璋已經七十一歲了。五月間病倒，躺了三十天，離開他手創的皇朝，安靜地死去。葬在南京城外鐘山山下，名曰孝陵，謚曰高皇帝，廟號太祖。
遺囑里有一段話：「朕膺天命三十一年，憂危積心，日勤不怠，務有益於民，奈起自寒微，無古人之博知，好善惡惡，不及遠矣。」 「憂危積心，日勤不怠」這八個字寫出了他辛勤的一生，也寫出他在統治階級內部激烈鬥爭中的心境。
元璋的相貌不很體面，曾經找了許多畫工，畫像十分逼真，愈是逼真，他就愈不滿意。後來有一個聰明的畫家，畫的面貌輪廓有點像，卻是一臉和氣，看著很仁慈，這才傳寫了很多本子，分賜給諸王。 這兩種不同的畫像，到現在都有傳本。
和歷史上所有的封建帝王比較，朱元璋是一個卓越的人物。他的功績在於統一全國，結束了元末二十年戰亂的局面，使人民能夠過和平安定的生活；在於能夠接受歷史教訓，對農民做了一些讓步，大力鼓勵農業生產，興修水利，推廣棉花和桑棗果木的種植，在北方地多人少地區，允許農民儘力開墾，即為己業，大大地增加了自耕農的數量；在於解放奴隸，改變了元朝貴族官僚大量擁有奴隸的落後局面，增加了農業生產的勞動力；在於大力清丈田畝，製成圖冊，相應地減少了一些賦稅負擔不均的情況；在於保護商業，取消了書籍和田器的徵稅，繁榮了市場；在於規定了對外政策，吸取元朝對外戰爭失敗的教訓，總結為一面必須抗擊外國侵犯，一面也不許可輕易犯人；在於嚴懲貪官污吏，改變了元朝後期的惡劣政治風氣；在於改變元朝匠戶制度，住坐、輪班的匠戶有大部分時間可以自由生產，部分地解放了匠戶的勞動力，推進了民間手工業的生產；在於不信符瑞，不求長生，講究節儉，不搞一些像秦始皇、漢武帝、宋真宗搞過的糊塗事；在於限制僧道的數量，減少了不勞而食的寄生蟲，也相應地增加農、工業的勞動力，這些措施都是有利於農業生產的發展的，有利於社會的前進的，是為明朝前期的