元璋的妻子馬氏，原來是紅軍元帥郭子興的養女，後來元璋做了鎮撫、總管、元帥、丞相、吳國公、吳王，一直到了做皇帝，馬氏妻以夫貴，從夫人成為皇后。但是，在元璋剛結婚時，情形相反，是夫以妻貴的，做了元帥養婿以後，軍中才稱為朱公子。
馬皇后的父親馬公的名字無人知道。 馬皇后的名字也是一樣。在歷史文獻上記她嫁人後的稱呼是馬夫人，丈夫稱帝後的名號是馬皇后，死後被謐為孝慈高皇后。
兩人結婚時的年齡，男的二十五歲，女的二十一歲，照那時候的習俗說，都已經過了結婚的年齡了。
馬皇后雖然沒有上過學，長得也不很好看，由於是元帥的養女，對朱元璋的早期事業起了不少的作用。
郭子興性情暴躁，忌才護短，不能容人，又好聽閑話，做事遲疑少決斷。朱元璋精細耐心，有魄力有擔當，做事果決，說話有分量，翁婿兩人性格、作風都不對頭。子興和同僚、部下都傷了和氣，互相猜忌；元璋卻處事周到，上上下下都誇他，人緣很好。也正因為元璋的人緣好，子興越發不喜歡。又有人在他們中間播弄是非，郭子興對這乾女婿更加不放心，成天挑錯處，呼來喝去，沒有好臉色。軍情緊急的時候，子興擺布不開，元璋就一刻也離不得身，比親兒子還親。到了情勢好轉，子興的臉孔又拉長了，乾女婿也就變成童養媳，成天得挨罵、受氣。元璋身邊幾個能幹親信的將校和幕僚，一個接一個被調走，帶的部隊也另派了指揮官。元璋知道子興犯了疑心病，越發小心謹慎，加意侍候，逆來順受。馬夫人出主意巴結小張夫人，把私房錢帛拿出來孝敬，求她在子興面前替她丈夫分解、說好話。 一天，子興發怒禁閉元璋在空屋裡，不許送茶飯進去，馬夫人背著人偷剛出爐的炊餅給他，揣在懷裡，把胸口都燙紅了。平時總準備些乾糧腌肉，寧願自己挨餓，想法子讓丈夫吃飽。 渡江時領著將士家眷留守和州，長江交通線被元軍切斷，和州孤立，她鼓勵將士，撫慰眷屬，穩定後方。打下集慶以後，帶著婦女們替戰士縫戰衣，做鞋子。陳友諒兵臨城下，應天的官員居民有的人打算逃難，有的人忙著窖藏金寶，有的人在囤積糧食，她毫不驚慌，拿出宮中金玉布帛，犒勞有功將士。
在軍中她見有文書就求人教認字，暗地裡照樣子描寫。做了皇后，要女官每天教讀書，記得許多歷史上有名婦女的故事。元璋有寫札記的習慣，每天隨時隨地，甚至在吃飯的時候，想起什麼事該辦的，什麼事該怎樣辦，用小紙片記錄下來，省得忘掉，到了晚上，馬皇后替他細心整理，等查問時，立刻檢出，省了元璋許多精力。 元璋嘗時對臣下說皇后的賢德，提起當年的炊餅，比之為蕪簍豆粥、滹沱麥飯。又比之為唐太宗的長孫皇后。回宮後當家常話提起，她說：「我怎能比長孫皇后。但是，常聽說夫婦相保易，君臣相保難。陛下不忘和我貧賤時過的日子，也願不忘和群臣過的艱難日子，常時這樣想，有始有終，才是好事呢！」
元璋親侄朱文正被猜忌得罪，幕僚多人被殺，部下隨從行事頭目五十多人割斷腳筋，元璋當面審訊，要殺文正，她苦勸說：「這孩兒縱然驕慣壞了，也該看在渡江以來，取太平、破陳也先、下集慶，有多少功勞的分上，也虧他堅守洪都，擋住陳友諒的兵鋒；況且只有這一個親骨肉，縱然做了些錯事，也該看他年輕，饒他一次。」文正雖然免死囚禁，禁不住發牢騷，又被告發，她又勸說：「文正只是性子剛直，說話不檢點，造反是決不會的。」 李文忠守嚴州，楊憲告發他有不法的行為，元璋要立時召回。馬皇后以為嚴州和敵人接境，輕易掉換守將，于軍事不便。況且文忠向來小心謹慎，楊憲的話也不可輕信。學士宋濂的孫子宋慎被告發是胡黨，宋濂連坐要處死刑。她又求情說：「百姓家替子弟請先生，對待極恭敬，好來好去，何況是皇家的師傅？而且宋濂一向住在原籍，一定不知情。」元璋不許。到用餐時，發覺皇后不喝酒，也不吃肉，驚問是不舒適還是不對口味？回說是心裡難過，替宋先生修福。元璋也傷感了，放下筷子。第二天特赦宋濂，免死安置茂州。吳興財主沈萬三（秀）多年來在海外做買賣，是全國第一富戶，被迫捐獻家財助修南京城牆三分之一，城修好了，檢校們還是不時尋事。又忍痛出錢犒勞軍隊，不料反而觸犯忌諱，元璋大怒，以為平民要犒賞皇帝的軍隊，是何居心？這般亂民不殺，還殺誰來？經馬皇后勸解，沈萬三才免死充軍雲南，家產籍沒。 諸王傅李希顏脾氣古怪，教鄉下孩子慣了，諸小王有頑皮不聽話的，常用體罰懲治。一天，把一個小王的額角打了一下，小王哭著到父親處告狀，元璋一面用手撫摸孩子，變了臉要發作，她又勸解：「師傅拿聖人的道理管教孩子，怎麼可以生氣呢？」元璋才釋然，不把這事放在心上。
洪武十五年八月，馬皇后病死，年五十一歲。病時怕連累醫生得罪，不肯服藥。元璋慟哭，不再立皇后。
多妻是封建統治階級特權之一，元璋的妃繽很多，生有二十六個兒子，十六個女兒。
妃繽中有高麗人 、蒙古人 。來源有陳友諒的妃子，有從元宮接收來的，有從民間徵選的。內中胡妃是濠州人，守寡在家，元璋要娶她，胡妃的母親不肯。隔一些時，知道胡家避兵在淮安，元璋寫信給平章趙君用，叫把母女二人一起送來。龍鳳元年娶青軍馬元帥的義女孫妃。 關於陳友諒的妃子，他在《大誥》中曾經自白：
朕當未定之時，攻城略地，與群雄並驅十有四年余，軍中未嘗妄將一婦人女子。唯親下武昌，怒陳友諒擅以兵入境，既破武昌，故有伊妾而歸。朕忽然自疑，於斯之為，果色乎？豪乎？知者監之。
這一件不光彩的事情，後來衍變成一個故事。說是陳友諒妻闍氏入宮後不久，生遺腹子潭王。到成年就國時，闍氏哭著吩咐：「兒父是陳友諒，兒父被殺，國被滅，我被俘辱，忍死待兒成年。兒他日當為父報仇，為母雪恥。」後來潭王果然起兵造反，元璋派徐達之子統兵征討，潭王緊閉城門，在銅牌上寫著：「寧見閻王，不見賊王！」擲於城外，闔宮舉火自焚，抱著小兒子投惶塹而死。其實這故事是捏造的，因為第一潭王是達定妃所生，和齊王同胞，生母並非闍氏；第二陳友諒死於龍鳳九年，潭王生於洪武二年，前後相隔六年；第三潭王因妃父於顯攀入胡黨被殺，奉詔入朝，疑懼自殺，和陳友諒全不相干。 另一關於代王生母的故事，說代王母親是邳人，元璋有一次戰敗，逃到民家躲避，這家的女人問：「你是朱某人嗎？人家說你要做皇帝呢！」留住了一晚。第二天臨別時說：「將來有孩子怎樣辦？」元璋留下一個舊梳子作憑證，她也拿首飾贈行。到元璋做皇帝後，這女人帶著長成的孩子和木梳來認夫認父，元璋叫工部替她蓋一座木頭房子居住，不讓進宮。代王出封后，和生母一同就國。這故事也是假的，因為代王的生母是郭子興的女兒郭惠妃，代王生於洪武七年，這時元璋已經做了七年皇帝了，從何戰敗落荒逃走？
諸妃中蒙古妃和高麗妃都生有子女，傳說明成祖即蒙古妃所生。 元璋子孫中有蒙古、高麗血統，是毫無問題的。
元璋深恨自己年輕時沒有機會上學，因此，他對諸子的教育特別重視。在宮中特建大本堂，貯藏古今圖籍，徵聘四方名儒教育太子和諸王，輪班講課，挑選才俊青年伴讀。常時賜宴賦詩，談古說今，討論文字。師傅中最著名的人物是宋濂，前後十幾年，專負教育皇太子的責任。一言一動都以封建禮法諷勸，講到有關政教和前代興亡事迹，拱手剴切說明，指出某事該這樣做，不該那樣，皇太子也盡心受教，言必稱師父。 博士孔克仁奉命為諸王講授經書，功臣子弟也奉詔入學。 元璋特地對儒臣指出對皇子們的教育方針說：「有一塊精金，得找高手匠人打造。有一塊美玉，也要有好玉匠才能成器。人家有好子弟，不求明師，豈不是愛子弟反不如愛金玉？好師傅要做出好榜樣，因材施教，培養出人才來。我的孩子們將來是要治國管事的，諸功臣子弟也要做官辦事。教的方法，要緊的是正心，心一正萬事都辦得了，心不正，諸欲交攻，大大的要不得。你每要用實學教導，用不著學一般文士，光是記誦辭章，一無好處。」
學何要緊，德性尤其要緊。皇太子的教育，除了儒生經師而外，又選了一批有封建德行的端人正士，做太子賓客和太子諭德，任務是把「帝王之道，禮樂之教，和往古成敗之跡，民間稼穡之事，朝夕講說」 。
到皇太子成年後，溫文儒雅，儼然是個儒生。接著第三步的教育是政事實習。洪武十年令自今政事，並啟太子處分，然後奏聞。面諭太子：「從古開基創業的君主，經歷艱難，通達人情，明白世故，辦事自然妥當。守成的君主，生長於富貴，錦衣肉食，如非平時學習練達，辦事怎能不出毛病？我所以要你每日和群臣見面，聽斷和批閱各衙門報告，學習辦事，要記住幾個原則：一是仁，能仁才不會失於疏暴；一是明，能明才不會惑於奸佞；一是勤，只有勤勤懇懇，才不會溺於安逸；一是斷