統治階級內部矛盾的另一方面，是一部分舊地主階級的文人對新興皇朝臣屬關係的鬥爭。他們的階級立場很堅定，認為造反的窮苦農民怎能做皇帝，對地主進行統治，因而拒絕和新朝合作。
這些文人對由紅軍發跡的朱皇帝，懷有深刻的憎恨。典型的例子如貴溪儒士夏伯啟叔侄，斬斷手指，立誓不做官，被逮捕到京師。元璋問他們：「昔世亂居何處？」回答說：「紅寇亂時，避居於福建、江西兩界間。」元璋大怒：「朕知伯啟心懷憤怒，將以為朕取天下非其道也。」特謂伯啟曰：「爾伯啟言紅寇亂時，意有他忿。今去指不為朕用，宜梟令籍沒其家，以絕狂愚夫仿效之風。」特派人把他們押回原籍處死。 蘇州人姚潤、王謨也拒絕做新朝的官，都被處死刑，全家籍沒。
有的文人怕元璋的嚴刑重法，動輒挨打以至殺頭，謝絕新朝的徵召，實在推脫不了，勉強到了南京，還是拒絕做官。例如，浙江山陰人楊維禎，號鐵崖，詩名擅一時，號鐵崖體。洪武二年被征，婉辭不去。三年又被地方官敦促上路，賦《老客婦謠》明志，大意說快死的老太婆不能再嫁人了，皇帝如不見諒，只好跳海自殺。元璋因他名望很大，不好過分勉強。維禎在南京住了幾個月，便請求回家。宋濂贈詩說：「不受君王五色詔，白衣宣至白衣還。」 江陰王逢自號席帽山人，張士誠據吳，其弟士德用逢計勸士誠北降於元以拒西吳。士誠亡，逢隱居烏涇。洪武十五年以文學被征，虧得他兒子在朝廷做官，向皇帝磕頭哭求，才放回去。 也有抗拒不了，被迫非做官不可的，如大名秦裕伯避亂居上海，兩次被征不出。最後元璋寫了親筆信說：「海濱民好鬥，裕伯智謀之士而居此地，堅守不起，恐有後悔！」情勢嚴重，秦裕伯只好入朝。
也有另外一些文人曾經做過元朝或東吳的官，堅決不做新朝官吏的。例如，回族詩人丁鶴年自以家世仕元，逃避徵召，晚年學佛法，到永樂時才死。 長樂陳亮自以為曾是元朝儒生，明初屢征不出，終身不仕。 山陰張憲學詩於楊維楨，仕東吳為樞密院都事，東吳亡，憲改名換姓，寄食杭州報國寺以死。 廬陵張昱在楊完者鎮浙江時，做過左右司員外郎行樞密院判官，張士誠要他做官，辭謝不肯。朱元璋要他出來，一看太老了，說：「可閑矣。」放回去，自號為可閑老人。小心怕事，絕口不談時政，有一首詩說明他的處境：
洪武初年自日邊，詔許還家老貧賤。
池館盡付當時人，惟存筆硯伴閑身。
劉伶斗內葡萄酒，西子湖頭楊柳春。
見人斫輪只袖手，聽人談天只箝口。
總之，在明初，除了一部分大地主出身的文人如劉基等人已經參加了新興的統治集團以外，中小地主出身的文人可以分作兩類：一類是倚靠新朝保護，得到了新朝統治的好處，決心和新朝合作，有官便做，甚至想盡辦法鑽營，要升官發財，改換門庭，光宗耀祖的，這類人占極大多數，是朱元璋統治所依靠的主要力量，各級政府官員的主要來源；另一類便是對紅軍抱有深刻仇恨，對新朝當然也抱著抗拒態度，不肯合作的。這一類人人數雖不甚多，但對當時的社會和政治卻有相當影響。
朱元璋對付這些不肯合作的封建文人，採用嚴峻的刑罰，特別制定一條法律：「率土之濱，莫非王臣。寰中士大夫不為君用，是自外其教者，誅其身而沒其家，不為之過。」 寰中士大夫不為君用，辦法是殺。
一部分士大夫不肯為元璋所用，元璋便用特殊法律、監獄、死刑，以至抄家滅族一套武器，強迫他們出來做官。一方面一部分人不肯合作，另一方面新朝又非強迫他們出來合作不可，這樣便展開了統治階級內部另一方面的長期流血鬥爭。
一部分封建文人不滿意朱元璋的統治，朱元璋也痛恨這些人膽敢抗拒，用盡一切方法鎮壓，這種對立形勢越來越顯著了。在鬥爭的過程中，朱元璋特別注意文字細節和他自己出身經歷的禁忌，吹毛求疵，造成了洪武時代的文字獄。
所謂禁忌，含義是非常廣泛的。例如，朱元璋從小過窮苦的生活，當過和尚。和尚的特徵是光頭，剃掉頭髮，因之，不但「光」「禿」這類字對他是犯忌諱的，就連「僧」這個字也很刺眼，推而廣之，連和「僧」同音的「生」字，也不喜歡了。又如他早年是紅軍的小兵，紅軍在當時元朝政府和地主、官僚的口頭上、文字上，是被叫作「紅賊」「紅寇」的，曾經在韓林兒部下打過仗的人，最恨人罵他是「賊」，是「寇」，推而廣之，連和「賊」字形音相像的「則」字，看著也有氣了。
對文字的許多禁忌，是朱元璋自卑心理的一面。相反的一面卻表現為賣弄出身。歷代開國帝王照例要拉扯古代同姓的有名人物做祖先，朱元璋的父親、祖父都是佃農，外祖父是巫師，在封建社會裡都是卑微的人物，沒有什麼可以誇耀的。據說，當他和文臣們商量修玉牒（家譜）的時候，原來打算拉宋朝著名的學者朱熹做祖先的。恰好一個徽州人姓朱的典史來朝見，他打算拉本家，就問：「你是朱文公的後人嗎？」這小官不明底細，怕撒謊闖禍，只好直說不是。他一想區區的典史小官尚且不肯冒認別人做祖宗，而且幾代以來也從沒聽說和徽州朱家有過瓜葛，萬一硬認上，白給人做子孫倒也罷了，被識破落人笑話，如何使得？ 只好打消了這念頭，不做名儒的後代，卻向他的同鄉皇帝漢高祖去看齊，索性強調自己是沒有根基的，不是靠先人基業起家的，在口頭上，文字上，一開口，一動筆，總要插進「朕本淮右布衣」，或者「江左布衣」，以及「匹夫」，「起自田畝」，「出身寒微」一類的話，強烈的自卑感一反而表現為自尊，自尊為同符漢高祖，不斷地數說，賣弄他赤手空拳，沒一寸土地卻打出來天下，把紅軍大起義的功績一古腦兒算在自己名下。這兩種不同心理，看來是矛盾的，其實質卻又是一致的。可是，儘管他自己這樣經常賣弄，卻又忌諱別人如此說，一說又以為是挖他的根基了，結果又會是一場血案。
地方三司官和知府、知縣、衛所官員，逢年過節和皇帝生日以及皇家有喜慶時所上的表箋，照例由學校教官代作，雖然都是陳辭濫調，因為說的都是頌揚話，朱元璋很喜歡閱讀。他原來不是使小心眼的人，也不會挑剔文字，從渡江以後，大量收用了地主階級的文人，替他辦了不少事。建國以後，朝儀、軍衛、戶籍、學校等制度規程又多出於文人之手，使他越發看重文人，以為治國非用文人不可。文人得勢了，百戰功高的淮西集團的公侯們不服氣，以為武將流血打的天下，卻讓這班瘟書生來當家，多少次向皇帝訴說，都不理會。公侯們商量了個主意，一天又向朱元璋告文人的狀，元璋還是老一套，世亂用武，世治宜文，馬上可以得天下，不能治天下，總之治天下是非用文人不可的。有人就說：「您說得對。不過文人也不能過於相信，否則是會上當的。一般的文人好挖苦拿話諷刺人。例如，張九四一輩子寵待文人，好第宅，高薪水，三日一小宴，五日一大宴，把文人捧上天。做了王爺後，要起一個官名，文人替他起名士誠。」元璋說：「好啊，這名字不錯。」那人說：「不然。上大當了！《孟子》書上有：『士，誠小人也。』這句也可以破讀成：『士誠，小人也。』罵張士誠是小人，他哪裡懂得。給人叫了半輩子小人，到死還不明白，真是可憐。」 元璋聽了這番話，查了《孟子》，果然有這句話。從此更加註意臣下所上表箋，只從壞處琢磨，果然許多地方都有和尚賊盜，都像是存心罵他的，越疑心就越像，有的成語，轉彎抹角一揣摩，好像也是損他的。武將和文官爭權鬥爭的發展，使他在和一部分不合作的地主文人對立的基礎上，更增加了對一般文人運用文字動機的懷疑，用他自己的政治尺度、文化水平來讀各種體裁的文字，盛怒之下，叫把做這些文字的文人，一概拿來殺了。
文字獄的著名例子，如浙江府學教授林元亮替海門衛官作《謝增俸表》，中有「作則垂憲」一句話；北平府學訓導趙伯寧為都司作《賀萬壽表》，中有「垂子孫而作則」一語；福州府學訓導林伯璟為按察使撰《賀冬至表》的「儀則天下」；桂林府學訓導蔣質為布按二使作《正旦賀表》的「建中作則」；澧州學正孟清為本府作《賀冬至表》的「聖德作則」，元璋把所有的「則」都念成「賊」。常州府學訓導蔣鎮為本府作《正旦賀表》，內有「睿性生知」，「生」字被讀作「僧」；懷慶府學訓導呂睿為本府作《謝賜馬錶》，有「遙瞻帝扉」，「帝扉」被讀成「帝非」；祥符縣學教諭賈翥為本縣作《正旦賀表》的「取法象魏」，「取法」被讀作「去發」；亳州訓導林云為本州作《謝東宮賜宴箋》，有「式君父以班爵祿」一語，「式君父」被念成「失君父」，說是咒詛；尉氏縣教諭許元為本府作《萬壽賀表》，有「體乾法坤，藻飾太平」八字，就更嚴重了，「法坤」是「發髠」，「藻飾太平」是「早失太平」；德安府訓導吳憲為本府作《賀立太孫表》，中有「天下有道，望拜青門」兩句，「有道」說是「有盜」，「青門」當然是