貪污腐化是封建社會官僚政治的正常現象。念書識字，做八股，參加科舉，僥倖得了一官，便千方百計弄錢，買田地，蓄家奴。官做得越大，弄的錢也就愈多。升官發財，是封建社會知識分子的人生哲學。「萬般皆下品，唯有讀書高」，這兩句話是有其深刻的社會根源的。
另一面，官吏貪橫，無止境地剝削，也就不能不迫使饑寒交迫的人民起而反抗，「官逼民反」，從進入封建社會以來，數以百次計的農民起義，官吏的貪污剝削是其原因之一。
為了緩和封建統治階級和廣大人民的矛盾，鞏固統治基礎，朱元璋對地方官貪污害民的，用極嚴厲的手段懲處，進行了長期的殘酷的鬥爭。
對朝廷和地方的官僚奸貪舞弊，嚴重地損害了皇朝的利益的，朱元璋集中力量，全面地、大規模地加以無情的打擊。洪武十五年的空印案，十八年的郭桓案，兩案連坐被殺的達七八萬人，其中主要是各級官員，追贓牽連到各地許多大地主，都弄得破家蕩產，舊地主階級的力量更進一步地被削弱了。
按照規定，每年各布政使司和府、州、縣都得派計吏到戶部，報告地方財政收支賬目，為了核算錢糧、軍需等款項，必需府報布政司，布政司報部，一層層上報，一直到戶部審核數目完全符合，准許報銷，才算手續完備結了案。錢穀數字如有分、毫、升、合對不攏，整個報銷冊便被駁回，重新填造。布政使司離京師遠的有六七千里，近的也是千里上下，重造冊子還不要緊，問題是重造的冊子必需蓋上原衙門的印信才算合法，因為要蓋這顆印，來回的時間就得用上個把月以至好幾個月。為了避免戶部挑剔，減省來回奔走的麻煩，上計吏照習慣都帶有事先預備好的蓋過官印的空白文冊，遇有部駁，隨時填用。這種方法本來是公開的秘密，誰都認為是合情合理、方便省事的。不料到了洪武十五年，朱元璋忽然發覺這秘密，大發雷霆，以為一定有嚴重弊病，非嚴辦不可，就下令各地方衙門長官主印的一律處死，佐貳官杖一百充軍邊地。其實上計吏所帶的空印文冊蓋的是騎縫印，不能作別的用途，預備了也不一定用得著。全國各地方衙門的人都明白這道理，連戶部官員也是照例默認的，成為上下一致同意的通行辦法。但是案發後。正當胡推庸黨案鬧得很緊張，朝廷上誰也不敢分辯。有一個老百姓拼著死命上書把事情解釋清楚，也不中用，還是把地方上的長吏一殺而空。當時最有名的好官方克勤（建文朝大臣方孝孺的父親）也死在這案內，上書人也被罰做苦工。
郭桓官戶部侍郎。洪武十八年有人告發北平二司官吏和郭桓通同舞弊，從戶部左右侍郎以下都處死刑，追贓糧七百萬石，供詞牽連到各布政使司官吏，被殺的又是幾萬人。追贓又牽連到全國各地的許多大地主，中產以上的地主破家的不計其數。宣布的罪狀是：
戶部官郭桓等收受浙西秋糧，合上倉四百五十萬石。其郭桓等只收（交）六十萬石上倉，鈔八十萬錠入庫，以當時折算，可抵二百萬石，余有一百九十萬石未曾上倉。其桓等受要浙西等府鈔五十萬貫，致使府、州、縣官黃文通等通同刁頑人吏邊源等作弊，各分入己；
其應天等五府州，縣數十萬設官田地夏稅秋糧，官吏張欽等通同作弊，並無一粒上倉，與同戶部官郭桓等盡行分受；
其所盜倉糧，以軍衛言之，三年所積賣空。前者榜上若欲盡寫，恐民不信，但略寫七百萬耳。若將其餘倉分並十二布政司通同盜賣見在倉糧，及接受浙西等府鈔五十萬張賣米一百九十萬不上倉，通算諸色課程魚鹽等項，及通同承運庫官范朝宗偷盜金銀，廣惠庫官張裕妄支鈔六百萬張，除盜庫見在金銀寶鈔不算外，其賣在倉稅糧及未上倉該收稅糧及魚鹽諸色等項，共折米算，所廢（吞沒）者二千四百餘萬（石）精糧。
等等。據一些同時人和地主子孫的記錄，三吳一帶、浙東西的故家巨室，不是「多以罪傾其宗」，便是「豪民巨族，剗削殆盡」。這些記載雖然有些誇大，但是反映了一部分舊地主階級分子被消滅的情況，則是無可置疑的。這樣嚴重的打擊，當然會引起地主階級和官僚的恐慌和不滿，他們當然不敢申說買賣官糧這一嚴重犯法行為是合法的，應該的，只能指斥、攻擊、告發處理這個案件的御史和法官，議論沸騰，情勢嚴重。朱元璋也覺得這個矛盾如繼續發展下去，對自己的統治十分不利，便一面以手詔公布郭桓等人的罪狀，分析是非，一面把原審法官也殺了，作為對地主階級和官僚們的讓步，結束了這件大案。
除了空印案和郭桓案兩次大屠殺以外，還有洪武四年錄（甄別）天下官吏，十三年連坐胡黨，十九年逮官吏積年為民害者，二十三年罪妄言者，四次有計畫的誅殺。
四十年中，據朱元璋的著作：《大誥》《大誥續編》《大誥三編》《大誥武臣》的統計，所列凌遲、梟示、種誅有幾千案，棄市（殺頭）以下有一萬多案。《三編》所定的案件算是最寬大的了，如「進士監生三百六十四人，愈見奸貪，終不從命，三犯四犯而至殺身者三人，三犯而誹謗殺身者三人，姑容戴斬、絞、徒流罪在職者三十人，一犯戴死罪、徒流罪辦事者三百二十八人。」 戴死罪和徒流罪辦事是朱元璋新創的辦法，有御史戴死罪，帶著腳鐐坐堂審案的，有打了八十大棍仍回原衙門做官的。戴是判刑的意思。他創立這種辦法的主要原因是，把這些官都殺了就沒有人替他辦事了，又判刑，又讓他們回去辦事，封建法紀確立了，各種事務工作也戶不致於因為缺官而廢弛。
凌遲是最野蠻、最殘酷的刑法。 梟示也叫梟令。種誅就是族誅，一人犯罪，就按家按族的殺。此外有刷洗，有秤竿，有抽腸，有剝皮，還有黥刺、剕、劓、閹割、挑膝蓋、錫蛇游種種名目的非刑。 野蠻殘暴的程度超過了歷史上任何帝王。這種種酷刑，造成了朝官中的極度恐怖氣氛，人人提心弔膽。據說在上朝時，朱元璋是否下決心大批殺人，很容易看出來。要是這天他撳玉帶在肚皮底下，便是大風暴的信號，准有大批官員被殺，滿朝官員都嚇得臉無人色，個個發抖；要是這一天他的玉帶高高貼在胸前，大概殺人就不會多。 朝官按制度每天黎明就得上朝，天不亮起身梳洗穿戴。在幾件大案發作以後，許多朝官在出門以前，就和妻子訣別、吩咐後事，要是居然活著回家，便闔家慶賀，算是又多活一天了。
用重刑懲治違法官僚，儘管殺死了多少萬人，效果還是不大。洪武十八年朱元璋慨嘆說：「朕自即位以來，法古命官，布列華、『夷』。豈期擢用之時，並效忠貞，任用既久，俱系奸貪。朕乃明以憲章，而刑責有不可恕。以至內外官僚，守職維艱，善能終是者寡，身家誅戮者多。」 郭桓案發後，他又說：「其貪婪之徒，聞桓之奸，如水之趨下，半年間弊若蜂起，殺身亡家者人不計其數。出五刑以治之，挑筋、剁指、刖足、髠發、文身，罪之甚者歟！」 他沒有也不可能懂得封建專制的寡頭獨裁政治、地主階級專政的殘酷統治、官僚政治和貪污舞弊是分不開的，封建統治是以剝削人民為基礎的，不推翻封建統治、封建制度，單純地用嚴刑重罰、流血手段來根絕貪污，是根本不可能有任何效果的。
誅殺以外，較輕的犯罪官員，罰做苦工。洪武九年，單是官吏犯笞以下罪，請發到鳳陽屯田的便有一萬多人。
朝官被殺有記載可查的，有中書省左司都事張昶，禮部侍郎朱同、張衡，戶部尚書趙勉，吏部尚書余熂，工部尚書薛祥、秦逵，刑部尚書李質、開濟，戶部尚書茹太素，春官王本，祭酒許存仁，左都御史楊靖，大理寺卿李仕魯，少卿陳汶輝，御史王朴，員外郎張來碩，參議李飲冰，紀善白信蹈等。 外官有蘇州知府魏觀、濟寧知府方克勤、番禺知縣道同、訓導葉伯巨、晉王府左相陶凱等。 茹太素性情剛直，愛說老實話，幾次為了說話不投機被廷杖、降官，甚至鐐足治事。一天，在便殿賜宴，元璋寫詩說：「金杯同汝飲，白刃不相饒。」太素磕了頭，續韻吟道：「丹誠圖報國，不避聖心焦。」元璋聽了倒也很感動。不多時還是因事被殺。李仕魯是朱熹學派的學究，勸元璋不要太尊崇和尚道士，想學韓文公闢佛，發揚朱學。元璋不理會，仕魯著急，鬧起迂脾氣，當面交還朝笏，要告休回家。元璋大怒，當時叫武士把他摜死在階下。陶凱是御用文人，一時詔令封冊歌頌碑誌多是他寫的，做過禮部尚書，參加制定軍禮和科舉制度。只因為起了一個別號叫「耐久道人」，元璋恨他：「自去爵祿之名，怪稱曰耐久道人，是其自賤也。此無福之所催，如是不期年，罪犯不公。」又說他：「忘君爵而美山野，……忘君爵而書耐久。」借題目把他殺了。 員外郎張來碩諫止取已許配的少女做宮人，說「於理未當」，被碎肉而死。參議李飲冰被割乳而死。
朱元璋對內外官僚的殘酷誅殺和刑罰，引起官僚集團的反對。洪武七年便有人抗議，說是殺得太多了，太過分了，「才能之士，數年來倖存者百無一二」 。九年葉伯巨以星變上書，論用刑太苛說：
臣觀歷代開國之