高度集中的以中小地主階級為基礎的朱元璋封建統治政權，通過龐大的常備軍和嚴密的特務網，起著鎮壓人民反抗和保衛國防的作用。
在洪武一朝中，除掉秘密宗教徒和少數民族的多次起義以外，不帶宗教色彩的農民起義比過去任何一個歷史時期都多。
據史料記載，在朱元璋稱帝之前，農民已經起來反抗了。龍鳳十一年（公元1365）七月湖廣辰州沅陵，十一月江西信州，十二年二月浙江處州青田，十二月永寧酃縣，都曾發生農民起義。稱帝以後，洪武元年浙江昌國州，溫州南溪，三年山東沂、邳山民，浙江龍泉，福建泉州惠安，湖廣綏寧，六年福州府山民，溫州府，福建羅源、古田，廣東廉州，湖廣房州，儋州宜倫，廣西永福，十年宿州靈壁，福建泉州，十二年廣東潮州海陽，福建漳州龍岩，廣東清遠，十四年漳州南靖、古田，浙江衢、處、溫三府山民，潮州海陽、程鄉，福建福安，廣州海「寇」，漳州龍岩，十五年惠州龍川河源，潮州海陽，海南會同文昌，萬、崖二州，十九年潮州程鄉，二十年惠州博羅，二十一年韶州英德，潮州海陽，惠州龍川，二十二年廣東韶州，二十六年廣東東莞，二十八年廣東崖州，二十九年廣東連山，都發生了農民暴動。值得注意的是這一系列農民反抗的武裝鬥爭，除洪武三年山東沂、邳山民暴動之外，其餘的全部發生在經濟比較發達的長江以南地區，其中，浙江溫、處州各三次，廣東海陽三次，程鄉兩次，龍川兩次，福建龍岩、古田各兩次。如以省區計，則廣東一省就發生了二十次以上。規模較大的如洪武十四年的廣州海「寇」，曹真自稱萬戶，蘇文卿自稱元帥，會合山「寇」單志道、李子文、李平尺據險立寨，攻掠東莞、南海及肇慶、翁源諸縣，被官軍鎮壓，斬殺五千餘人，俘擄二萬餘人，家屬八千餘人。十五年十月南雄侯趙庸鎮壓廣東剷平王的起義，斬殺八千八百多人，俘虜一萬七千八百五十人，家屬一萬六千餘人，降民一萬三千二百六十七戶。起義的原因，主要有兩條，一是官吏貪污，一是守御官軍擾害，也就是官逼民反。 起義的結局，都以被封建皇朝龐大的常備軍所血腥鎮壓而失敗。
常備軍在國內的任務是鎮壓人民起義。
朱元璋所建立的常備軍是和農業生產密切結合，逐步建成的。在攻克集慶以後，厲行屯田政策，廣積糧食，供給軍需。他和劉基研究古代的兵制，總結歷史經驗：徵兵制的好處是全國皆兵，有事召集，事定歸農，兵員素質好，來路清楚，平時軍費開支少；缺點是兵員都出自農村，如有長期戰爭，便影響到農村的生產。募兵制的好處是應募的多為無業游民，當兵是職業，訓練的時期較長，作戰能力較高，兵員數量和服役時間，不受農業生產的限制；缺點是平時要維持大量的軍隊，軍費負擔很重，而且募的兵大部分來路不明，沒有宗族家庭的牽掛，容易逃亡，也容易叛變。較好的辦法是折中於兩者之間，吸收其好處，避免其缺點。主要的原則要做到武裝力量和生產力量結合起來。既可以靈活指揮，又避免財政上過重的負擔。
劉基根據實際情況，經過討論研究，創立的辦法是衛所制度。
衛所的兵源有四種：一種是從征，即起事時所指揮的部隊，也就是郭子興的基本隊伍和他自己所招收的各地地主武裝；一種是歸附，包括削平群雄所得的部隊和元朝投降軍隊；一種是謫發，指因犯罪被罰當軍的，也叫作恩軍；一種叫垛集，即徵兵，按人口比例，一家有五丁或三丁出一丁為軍。前兩種是建立制度時原有的武裝力量，後兩者則是補充的武力，特別是垛集軍在數量上佔了很大的比例。這四種來源的軍人都是世襲的，為了保障固定員額的滿員，法律規定軍人必須娶妻，世代繼承下去，如無子孫繼承，則由其原籍家屬壯丁頂補。種族綿延的原則被應用到武裝部隊來，兵營成為武裝的集體家庭了。
軍有特殊的社會身份。在明代戶籍中，軍籍和民籍、匠籍是主要的戶口。軍籍屬於都督府，民籍屬於戶部，匠籍屬於工部。軍人不受普通地方行政官吏的管轄，在身份上、法律上、經濟上的地位，都和民戶不同，軍和民是截然地分開的。民戶有一丁被垛為軍，可以優免一丁差役，作為補償。軍士到戍地時，由宗族替他治裝。在衛所的軍士除本身為正軍外，其子弟稱為余丁或軍余，將校的子弟則稱為舍人。軍士的生活費用概由皇朝就屯田所得糧食支給，按月發米，稱為月糧。規定馬軍月支米二石，步軍總旗一石五斗，小旗一石二斗，步軍一石。守城的照數支給，屯田的支一半。恩軍家四口以上一石，三口以下六斗，無家口的四斗。衣服歲給冬衣棉布棉花，夏衣夏布，出征時依例給胖襖鞋褲。
元璋渡江以後，降附的將領都用原來的稱號，有叫樞密、平章的，有叫元帥的，有叫總管、萬戶的，形形色色，名不稱實，高下不一。龍鳳十年四月，立部伍法，根據所帶的隊伍人數來定將領稱號。經過點編，有兵五千的做指揮，滿千人的做千戶，百人的做百戶，五十人為總旗，十人為小旗。 在這個基礎上，常備軍的組織分作衛、所兩級：大體上以五千六百人為一衛，衛的長官是指揮使。衛又分五個千戶所，每千戶所一千一百二十人，長官是千戶。千戶所下分十個百戶所，每百戶所一百十二人，長官是百戶。百戶下有總旗二，小旗十。一個總旗領五個小旗，小旗領軍士十人。大小聯比以成軍。衛所的分布，根據地理險要，小據點設所，關聯若干據點的設衛，集合一個軍事地區的若干衛、所，設置都指揮使司，作為軍區的最高軍事統率機構，長官是都指揮使。衛所陸續建置，到洪武二十五年，全國共有十七個都指揮使司，京師和外地共有三百二十九個衛，六十五個守御千戶所。京師和地方的軍力分配如下：
全國衛所軍總數為一百二十萬人。十七都指揮使司分別隸屬於皇朝的五軍都督府。
軍食出於屯田，大略學漢朝趙充國的辦法，在邊境開屯，一部分軍士擔任守御，一部分軍士受田耕種。目的在於開墾荒地，增加生產，充裕軍食，省去運輸費用，減輕財政負擔。邊地開屯有了成績以後，內地衛所也先後開屯耕種，以每軍受田五十畝作一分，官給耕牛農具，開頭幾年免納租稅，到成為熟地後，每畝收稅一斗。規定邊地守軍十分之三守城，七分屯種，內地則二分守城，八分屯種。全國各地共有軍屯田八十九萬三千多頃，相當於全國墾田總數十分之一左右。
除軍屯外，還有商屯。邊地守軍遇有意外，糧食發生困難的時候，朝廷用「開中法」來接濟。封建皇朝控制著大量糧食和食鹽。但從糧食產地運糧到邊境，運費往往為所運糧食的五六倍，費用太大，極不經濟。商人有資本，販賣食鹽利潤很大，但是食鹽是由皇朝專賣的，商人得不到手。「開中法」責成商人運一定數量的糧食到邊境，拿到收據就可到產鹽地領到等價的食鹽，自由販賣，從而獲取厚利。商人是最會打算盤的，邊境有的是荒地，索性僱人在邊境開立屯田，就地交糧。這樣就可以省去幾倍的運費。 在這種特定的交換過程中，邊軍糧食就夠吃了；封建皇朝不但省去大量運費，也省了事；商人發了財；邊境荒地開墾得多了，增加了生產，也建立了許多居民點。
在作戰時，雖然派有大將軍做統帥，但朱元璋還親自指導攻取方略，根據所得軍事情報和實際經驗決定前方的行動，即使對最親信的將領徐達、李文忠也是如此。例如，吳元年四月十八日給徐達的手令，在處分軍事行動以後，接著說：「我的見識只是如此。你每（們）見得高強便當處，隨你每意見行著，休執著我的言語，恐怕見不到處，教你每難行事。」洪武三年四月：「說與大將軍知道。……這是我家中坐著說的，未知軍中便也不便，恁只揀軍中便當處便行。」給李文忠的手令：「說與保兒、老兒：……我雖這般說，計量中不如在軍中多知備細，隨機應變的勾當，你也廝活落些兒也，那裡直到我都料定。」 洪武元年北伐軍出發後，他親自畫了征進陣圖，派使送給徐達。 提出自己的意見給前方統帥，說明只是參考性質，如不符合軍中實際情況，可以揀軍中便當處行著。但是在涉及有關原則性問題的時候所下的命令就很堅決，不能改變的了。例如，處理降將降官降兵的原則，龍鳳十一年十一月初五日令旨：「吳王親筆：著內使朱明前往軍中，說與大將軍左相國徐達、副將軍平章常遇春知會：十一月初四日捷音至京城，知軍中獲寇軍及首目人等陸萬餘眾，然而俘獲甚眾，難為囚禁。今差人前去，教你每軍中將張（士誠）軍精銳勇猛的留一二萬。若系不堪任用之徒，就軍中暗地除去了當，不必解來，但是大頭目，一名名解來。」十二年三月且嚴厲責備徐達不多殺敵軍頭目：「吳王令旨：說與總兵宮徐達，攻破高郵之時，城中殺死小軍數多。頭目不曾殺一名。今軍到淮安，若系便降，系是泗州頭目青磨黃旛招誘之力，不是你的功勞。如是三月已里，淮安未下，你不殺人的緣故，自說將來者。依奉施行者！」 對元朝降將的處理，更是十分注意，再三囑咐，吳元年十二月十天內接