朱元璋在稱帝建國之後，擺在面前的問題是，第一怎樣建立一個有效能的政治中心地區，即首都建在何處？第二用什麼方法來維持朱家皇朝子子孫孫的統治？
遠在初渡江攻克太平時，陶安便建議先取金陵，據形勢以臨四方。 馮國用勸定都金陵，以為根本。 葉兌上書請定都金陵，然後拓地江廣，進則越兩淮以北征，退則畫長江以自守。 謀臣策士一致主張定都應天。經過長期考慮之後，龍鳳十二年六月，擴大應天舊城，建築新宮於鐘山之南，到次年九月完工，這是吳王時代的都城。
洪武元年元璋稱帝，北伐南征，到洪武二十年遼東全定，南北統一。在這二十年中，元璋的地位由王而帝，所統治的版圖由南方一部分地區擴大為全國，吳王時代的都城如何適應這擴大以後的局面，便成為問題了。因為元順帝及其子孫雖然北走沙漠，卻仍然稱為北元，保有政府機構和強大的軍事力量，時時有南下復辟，捲土重來的企圖；同時沿海一帶倭寇侵擾，也是國防上的重大問題。國都的確定和國防計畫的安排是密切相關的。是當時朝野所最關心的兩件大事。
自然環境是這樣，從遼東半島直到廣州，沿海漫長的海岸線，處處時時都有被倭寇侵掠的危險。東北、北面和西北面，長城以外便是北元的勢力，如不在險要處屯駐重兵，一旦北元鐵騎賓士南下，黃河以北就很不容易守住。防邊要用重兵，如把邊境軍權付託給異姓諸將，邵榮、謝再興的教訓已經夠深刻了，而且，即使不出什麼問題，邊將擁兵過多，尾大不掉，也很可能造成歷史上藩鎮跋扈的覆轍，如以重兵直隸朝廷，則國都必須設在國防前線，才便於統轄指揮，在應天距離北邊前線太遠，是指揮不了的。東南地區是全國的經濟中心，糧餉所出，北方為了邊防安全，又必須建立為軍事中心。國都如建設在東南，和經濟中心結合，則北邊空虛，無力阻止北元的南侵；如建立在北邊，和軍事中心合一，則糧食仍須依靠東南供應，運輸費用太大，極不經濟。
皇朝都城問題之外，還有皇朝制度問題，是郡縣制呢？還是封建制呢？就歷史上的經驗教訓說，秦、漢、唐、宋之亡，沒有強大的親藩支持屏衛，是原因之一。可是周代封建子弟，又鬧得枝強幹弱，天王威令不行。這兩種制度的折中方案是西漢前期的郡國制，一面立郡縣，設官分治，集大權於皇朝；一面又建藩國，封建子弟，付以精兵，使為皇家捍禦。把皇朝建都和制度問題一起解決，設國都於東南財賦之區，封子弟於北邊邊防據點，這樣，在經濟上，在軍事上，在皇家統治權的永久維持上，都可以圓滿地解決了。
明初定都於應天的重要理由是從經濟上出發的：第一因為江浙富庶，不但有長江三角洲大穀倉，而且還是紡織工業、鹽業的中心，應天是這些物資的集散地，所謂「財賦出於東南，而金陵為其會」 。第二是吳王時代所奠定的宮闕，也不願輕易放棄，而且如另建都城，則又得再加一番勞費。第三是朱元璋的左右文武重臣都是江淮子弟，也不願意遠離鄉土。第一個理由是主要的，後兩個是次要的。雖然如此，朝廷上下又覺得不是十分妥當，因為從照應北方軍事的觀點來說，這個都城的地理位置偏在東南，顯然是不合適的。洪武元年取下汴梁以後，朱元璋曾親自去視察，認為這地方雖然地位適中，但是在軍事上卻無險可守，四面受敵，論形勢還不如應天。 只是為了西北未定，要運送糧餉和補充軍力，不能不設置一個軍事上的補給基地，於是模仿古代兩京之制，八月以應天為南京，開封（汴梁）為北京。次年八月，陝西平定，北方全入版圖，形勢改變了，國都重建問題又再次提出。廷臣中有人主張關中險固，金城天府之國；有人建議洛陽為全國中心，四方朝貢距離相等；也有人提出開封是宋朝舊都，漕運方便，又有人以為北平（元大都）宮室完備，建都可省營造費用。各種各樣的意見都引史論今，提出討論。朱元璋批評這些建議都有片面的理由，但都不全面，都不能夠適應當前局勢。長安、洛陽、開封過去周、秦、漢、魏、唐、宋都曾經建過都，但從今天的情況說，打了幾十年仗，人民還未休息過來，如在這些地方新建都城，供給力役都出於江南，百姓負擔不了。即使是北平吧，雖然有元朝的舊宮室，總得有些改變，還是費事。還不如仍舊在南京，據形勢之地，長江天塹，龍蟠虎踞，可以立國。次之，臨濠（濠州）前長江，後淮水，地勢險要。運輸方便，也是一個可以建都的地方。 就決定以臨濠為中都，動工修造城池宮殿，從洪武二年九月起手，到八年九月，修建工程還在進行。劉基堅決反對，以為臨濠雖然是皇帝鄉里，但就種種條件說，都不適宜於建都，方才停工。 洪武十一年下詔改南京為京師，躊躇了十年的建都問題，到這時才下了決心。
決心雖然下了，但是為了防禦北元，控扼北方邊防，朱元璋還是有遷都西北的打算，選定的地點仍是長安和洛陽。洪武二十四年八月特派皇太子巡視西北，比較兩地的形勢。太子回來後，獻陝西地圖，提出意見。不料第二年太子病死，遷都大事只好擱下不談了。
京師新宮原來是燕尾湖，填湖建宮，地勢南面高，北面低，就堪輿家的說法是不合格的。太子死後，老皇帝很傷心，百無聊賴中把太子之死歸咎於新宮風水不好，這年年底親撰《祭光祿寺灶神文》說：
朕經營天下數十年，事事按古有緒。唯宮城前昂後窪，形勢不稱。本欲遷都。今朕年老，精力已倦。又天下新定，不欲勞民。且廢興有數，只得聽天。唯願鑒朕此心，福其子孫。
六十五歲的白髮衰翁，既迷信，又失去勇氣，只好求上天保佑，從此不再提遷都的話了。
分封諸王的制度，決定於洪武二年四月初編《皇明祖訓》的時候，三年四月封第二子到第十子為親王。但是，諸王的就藩，卻在洪武十一年決定以南京為京師之後。 從封王到諸王就藩前後相隔九年，原因是諸子有的沒有成年，和國都未定，牽連到立國制度也不能決定。到京師決定後，第二子秦王建國於西安，第三子晉王建國於太原。十三年第四子燕王建國於北平。出鎮在沿長城一線的邊防重鎮。十四年第五子周王建國於開封，第六子楚王建國於武昌。十五年第七子齊王建國於青州，十八年潭王到長沙，魯王到兗州。以後其他幼王先後成年就國，星羅棋布，分駐在全國各軍略要地，鎮壓人民的反抗。
就軍事形勢而論，諸王國的建立分作第一線和第二線，或者說是前方和後方。第一線諸王的任務是防止北元入侵，憑藉天然險要，建立軍事重點，有塞王之稱。諸塞王沿長城線立國，又可分作外內二線：外線東渡榆關，跨遼東，南接朝鮮。北聯開原，控扼東北諸部族，以廣寧為中心，建遼國；經漁陽（今河北薊縣）、盧龍，出喜峰口，切斷北元南侵道路，以大寧為中心，包括今朝陽、赤峰一帶，建寧國；北平地勢險要，建燕國；出居庸，蔽雁門，以谷王駐宣府（今河北省宣化），代王駐大同；逾河而西，北保寧夏，倚賀蘭山，以慶王守寧夏；又西向控扼河西走廊，扃嘉峪，護西域諸國，建肅國。東從開原，西到瓜、沙，聯成一氣。內線是太原的晉國和西安的秦國。後方諸王是對內的，開封有周王，武昌有楚王，青州有齊王，長沙有潭王，兗州有魯王，成都有蜀王，荊州有湘王，桂林有靖江王等國。
諸王在其封地建立王府，設置官屬。親王的冕服車旗僅下皇帝一等，公侯大臣見親王都要俯首拜謁，不得鈞禮。地位雖然極高極貴，卻沒有土地，也不能統治人民，不能干預民政。王府之外，便歸朝廷所任命的各級官吏治理。另一方面，諸王卻有統兵和指揮軍事之權，每王府設親王護衛指揮使司，有三護衛，護衛甲士少者三千人，多的到一萬九千人。 塞王的兵力尤其雄厚，如寧王所部帶甲八萬，革車六千，所屬朵顏三衛蒙古騎兵，驍勇善戰。 秦、晉、燕三王的護衛特別經朝廷補充，兵力也最強。 《皇明祖訓》規定：「凡王國有守鎮兵，有護衛兵。其守鎮兵有常選指揮掌之。其護衛兵從王調遣。如本國是險要之地，遇有警急，其守鎮兵護衛兵並從王調遣。」而且守鎮兵的調發，除皇帝的御寶文書以外，並須得親王令旨，方得發兵。《祖訓》規定：「凡朝廷調兵，須有御寶文書與王，並有御寶文書與守鎮官。守鎮官既得御寶文書，又得王令旨，方許發兵。無王令旨，不得發兵。」 這一項規定使親王成為地方守軍的監視人，是皇帝在地方的軍權代表。平時以護衛軍監視地方守軍，單獨可以應變；戰時指揮兩軍，獨當一面，朱元璋把軍權付託給親生兒子，這樣就可以放心了。諸塞王每年秋天勒兵巡邊，遠到塞外，練兵習武，叫作「肅清沙漠」。 凡塞王都參與軍務，內中晉、燕二王屢次受命將兵出塞，和築城、屯田，大將如宋國公馮勝、潁國公傅友德都受其節制，軍中小事專決，大事才報告朝廷，二王軍權獨重，立功也最多。
以親王守邊，專決軍務。內地各大都會，也都以親王出鎮，每一個王國都是軍事中心，這樣，國都雖然遠在東南，也不會有什麼問