1912年8月，同盟會、統一共和黨、國民公黨、國民共進會、共和促進會正式合併為國民黨，孫中山擔任國民黨的理事長，宋教仁和黃興等人擔任理事。
在國民黨中，宋教仁是一個理想主義者，他擔任國民黨理事時才三十一歲。宋教仁最大的夢想就是把中國建設成一個像西方那樣的民主國家，他充分發揮自己的演講天賦，組織政黨內閣。在國民黨內部，宋教仁對孫中山幾乎形成了功高震主之勢。正是在宋教仁的一手努力下，國民黨在眾議院和參議院中才佔據近一半的席位，形成了一黨獨大的局面。
根據《臨時約法》的規定，國會第一大黨應當組閣，身為國民黨的黨魁，宋教仁理應出任內閣總理。
眼看著宋教仁的聲望一天比一天高，很多人心裡不滿。當時，宋教仁正在南方各省演說，號召民眾覺醒。袁世凱也很擔心，他怕宋教仁想跟他搶總統寶座。
宋教仁這個人道德是非常高尚的，在他遇刺之前，有人提醒他要小心。他卻說自己身正不怕影子斜，光明正大地參加競選，有什麼好怕的。
袁世凱幾次催促宋教仁進京會談，宋教仁也答應了他。宋教仁打算在上海坐火車去北京，好友于右任建議他坐船，說坐車的話很容易引人注目，有可能招致暗殺。宋教仁不以為然，果然在火車站被人開了三槍。
宋教仁臨死前發了一封電報給袁世凱，從電報中看出宋教仁絲毫不認為袁世凱派人暗殺自己。但大多數人還是認為是袁世凱授意趙秉鈞乾的，持有這種觀點的認為袁世凱把宋教仁看成是個威脅，擔心他一旦成為總理會限制自己的權力。
宋教仁被殺後，全國都沸騰了，大家怒不可遏，要袁世凱查出兇手。袁世凱也下令不惜一切代價找出兇手。
不久，有兩個學生向警方提供線索，他們住的隔壁有一個叫武士英的人，這個人昨天還向他們借錢，今天回來忽然變成大款，全身西裝革履。兩個學生還說，宋教仁被刺的當天，武士英一夜未歸。上海是陳其美的地盤，所以這個案子也就由陳其美來審。不過說句公道話，陳其美就是嫌疑人之一，讓他負責這個案子，想要得到真相幾乎是不可能的。
警方在武士英住的地方發現了應桂馨的名片，應桂馨是一個黑幫老大，後來加入同盟會，曾經擔任滬軍都督府諜報科的科長。應桂馨跟孫中山和陳其美的關係都比較密切，查到他頭上是件非常危險的事情，很容易戳破我們對革命的幻想。
應桂馨供出幕後主謀是內務部秘書洪述祖，洪述祖曾當過台灣巡撫劉銘傳的幕僚，採購時收了兩千兩銀子的回扣，事發後被判處三年有期徒刑。但洪述祖是個厲害的人，在獄中居然買通了獄卒，逃出獄後，洪述祖回內地發展，投奔趙秉鈞，當上了趙秉鈞的秘書。
案子到這裡，矛頭直指趙秉鈞，而眾所周知趙秉鈞是袁世凱的心腹，所以袁世凱很難洗脫嫌疑。宋教仁遇刺時，孫中山正在日本，為修建鐵路的事籌款。聽說宋教仁被殺，孫中山立即抓住機會，向袁世凱發難。
二次革命一觸即發。
宋教仁之死至今還是一個謎案，很多人都有嫌疑，但主要觀點還是認為不是袁世凱集團乾的，就是國民黨內部陰謀。孫中山等人認為袁世凱是兇手，袁世凱集團認為孫中山和陳其美等人是兇手。
上海是國民黨的地盤，宋教仁北上赴京身邊沒有一個衛士保護，案發後也沒有任何警察來保護，兇手輕鬆逃離現場。這些事都很難解釋，國民黨人在國民黨的地盤裡竟然連自己的領導人都保護不了，這是什麼道理。
兇手武士英被捕後，沒多久就在獄中暴斃。應桂馨在監獄裡呆幾個月後，居然成功越獄。案子調查到洪述祖那裡時，洪述祖表示認罪，說自己就是看宋教仁不慣，就是要殺了他。
殺宋教仁的嫌疑人主要有這麼幾個：
No.1：袁世凱
持有這種觀點的人認為袁世凱極力想籠絡宋教仁，曾送給宋教仁五十萬大洋，但是沒有收買成功，所以袁世凱想殺掉宋教仁，以免將來宋教仁對自己構成威脅。
歷史學家唐德剛認為袁世凱不可能刺殺宋教仁，因為宋教仁是國民黨內的親袁派，而且宋教仁與袁世凱的私交甚好，袁世凱視宋教仁為自己的子侄。如果宋教仁死後，國民黨仍然會要求一個人來出任總理，換了一個人可能更難處理。
袁世凱自己也說，如果他要殺了宋教仁，完全不必等他北上之前刺殺，這明顯是授人以柄，即使要殺，也要等他到北京，然後給他定罪。
No.2：趙秉鈞
趙秉鈞是袁世凱的代理總理，如果宋教仁當上了總理，趙秉鈞就要失勢，所以有人認為是趙秉鈞殺害了宋教仁。
No.3：國民黨內部
這個就不好評論，只能讀者自己去猜測。