光緒死後，遠在海外的康有為散布消息說光緒是袁世凱害死的，他接連發出《光緒帝上賓請討賊哀啟》和《討袁檄文》，指責袁世凱是謀害光緒帝的頭號兇手，請求載灃懲治袁世凱。
載灃雖然不相信光緒是袁世凱害死的，但他確實有懲治袁世凱的意思，袁世凱重兵在握，對清廷已經形成了尾大不掉的威脅。如果任其發展下去的話，將來清廷勢必受制於袁世凱。而且載灃很清楚，袁世凱一路鼓吹君主立憲，就是想搞垮清政府。
載灃攝政後，首先冷落袁世凱，重用張之洞。
不久，就有人站出來說袁世凱是個奸詐小人，讓載灃懲治他。御史趙炳麟藉機上疏，說袁世凱是曹操劉裕之流，不僅結黨營私，而且把持軍權，如果不拿掉他，勢必危及大清江山。
至於朝廷的一些元老更是主張殺掉袁世凱以絕後患，載灃確實動了殺害袁世凱的念頭。
奕劻聽說載灃想殺掉袁世凱，立即找到載灃，憤怒地說：「你要殺袁世凱不難，但是你有沒有想過，殺了袁世凱之後，北洋軍造反你能鎮壓得了嗎？」
奕劻這一說，就把載灃嚇清醒了，載灃只好放棄幹掉袁世凱的想法。不光奕劻不同意殺掉袁世凱，朝中一些元老也不同意，譬如張之洞，他認為新君繼位，維持穩定為第一要事，現在殺掉袁世凱勢必會引起國內政局的動蕩，到時候遭難的還是大清，還是天下的百姓。
袁世凱僥倖逃過一劫，不過他很清楚，自己現在是載灃的眼中釘，遲早他會除掉自己。鰲拜和肅順的例子就在眼前，這段時間，袁世凱被嚇壞了，呆在府里不敢出門。後來想來想去，還是三十六計走為上策。
一天晚上，袁世凱狼狽不堪地換上普通人的衣裳，惶恐不安地離開了北京。回到天津後還覺得不踏實，想偷渡到日本去。他的門生楊士驤知道此事，讓自己的兒子楊毓瑛去找袁世凱，轉達自己的意思：這時候千萬不能逃到日本，如果逃到日本的話就等於是叛國，說明自己底氣不足，於今之計，最好的就是立即返回北京，以不變應萬變，你本來就沒有犯罪，應該理直氣壯地待在北京。
袁世凱終於被說服了，又偷偷地跑回了北京。到了北京後，載灃給他下了一道聖旨，這道聖旨很有意思，以溥儀的名義發布：軍機大臣袁世凱為國家出力很多，是國家的棟樑，朕繼位以後很希望袁世凱繼續為國家效力，可惜袁世凱患上了足疾，行走十分困難，不能繼續為國效力，所以朕特許他回家養老，以示朝廷對大臣的體恤之情。
收到聖旨時，袁世凱大汗淋漓，他很擔心載灃會宰了自己，現在知道性命無憂，總算心裡一塊石頭落地。雖然職務全丟，但終究保住了一條性命，袁世凱還是覺得慶幸。