1908年11月14日，光緒帝駕崩於中南海瀛台的涵元殿，這位多災多難的皇帝終於結束了自己悲催的一生。
然而，他的死至今仍是一個懸念，他究竟是自然死亡，還是被人謀殺，一直以來眾說紛紜。事實上，光緒自被囚禁於瀛台，就一直過著生不如死的生活。光緒是個尊嚴感很強的皇帝，也是一個有大志的皇帝，過著囚犯的生活，其心情之壓抑我們可以想像。
十幾年生活在一座孤島上，光緒曾多次感嘆自己還不如漢獻帝。光緒知道，自己雖然名義上是個皇帝，但性命隨時不保，一旦慈禧不需要自己，就可以直接把自己抹掉。光緒是慈禧的政敵，這就是為什麼有人懷疑光緒是被人謀害的。慈禧晚年，感到來日無多，很擔心光緒復出，重操大權。只要光緒掌權，慈禧在地下都不安穩，為何？
因為慈禧生前一再迫害光緒，她擔心自己死後，光緒會怠慢自己，會像伍子胥和順治那樣「鞭屍」。恰好光緒死後二十四小時，慈禧也駕崩了，所以人們有理由懷疑，慈禧在知道自己來日無多後，先讓人下手毒死了光緒。
也有人認為光緒是正常死亡，我們來看看這個觀點。
在清朝的正史中記載光緒是正常死亡，內容不外是光緒生病了，而且病入膏肓，御醫治不好。這種看法貌似有道理，因為光緒從小身體就不好，長大後也是多病，加上心情抑鬱，早逝的概率確實很大。
根據清宮檔案的記載，光緒的病狀主要是虛癆病，外加精神抑鬱，導致五臟六腑都受損，陰陽兩虛，氣血雙虧，最終神離魄散而死。用現代的醫學觀點就是，光緒有肺結核和心肺功能衰竭之病。
持有這種觀點的人主要是依據清宮史料的記載，正史從來是不可盡信的，但又不能完全不信，所以才需要後人辨析。光緒有病是真，但光緒診治的整個過程都是由慈禧監控的。慈禧讓奕劻負責為光緒治病，所以任何醫生如果沒有得到奕劻的批準是不能進入瀛台的。這就意味著光緒的生死操縱在慈禧的手中，慈禧如果想偽造病情只是舉手之勞。
持謀殺觀點的人，在兇手問題上有許多分歧。
有人認為殺害光緒的兇手是袁世凱，溥儀在自傳《我的前半生》中提到，戊戌變法時，袁世凱辜負了光緒的信任，在關鍵時候倒向了慈禧。袁世凱擔心慈禧死後，光緒掌權，自己會受到追懲，所以動手除掉了光緒。在光緒駕崩的前一天，袁世凱派人送來了藥丸。光緒恨袁世凱可能是事實，但當時袁世凱也沒有更好的辦法。
還有人說光緒臨終前囑託隆裕太后和載灃，讓他們除掉袁世凱，為自己報仇。儘管袁世凱有作案動機，而且跟奕劻的關係鐵，確實也有殺掉光緒的能力。但這個說法缺乏證據，溥儀的說法也是從一個老太監口中得知的，老太監也是聽別人說的，口口相傳的東西往往不可信。
也有人認為謀害光緒的是李蓮英。
李蓮英跟光緒的矛盾由來已久，慈禧重病之後，李蓮英惶恐不安，便同慈禧合謀害死了光緒。慈禧的女官德齡便持有這種看法，她在書中寫道：「萬惡的李蓮英眼看太后的壽命已不久，便暗自著急起來。他想與其讓光緒掌了權來跟自己算賬，不如還是自己先下手為好。經過幾度的籌思，他的毒計便決定了。『近來奴才聽許多人說，萬歲爺的身子很不好。』湊著一個機會，他就悄悄地對太后說，語氣是非常的姦猾。『奴才願意去瞧瞧看，或者可以使他的身體好起來。』他這一串說話的深意，當時太后究竟有沒有聽清楚，實在沒有人敢斷定了。但為稍存忠厚起見，我們不妨姑且說她病中精神恍惚，所以沒有窺測到李蓮英的真意。就在李蓮英說過這番話的第二天，光緒便好端端地害起了厲害的病來了。」
德齡女士的文字非常不客觀，太多渲染和主觀臆斷。雖然她的話不足為信，但李蓮英確實是有嫌疑的，李蓮英肯定與光緒有矛盾。英國人濮蘭德和白克好司在《慈禧外紀》中也認為是李蓮英害死了光緒。這種觀點仍然缺乏充足的證據。
第三種觀點認為謀殺光緒的人是崔玉貴。
崔玉貴也是慈禧非常寵信的一個太監，謀殺珍妃的就是他。本來想處死珍妃的是慈禧，但慈禧回京後卻把一切責任推到崔玉貴的身上，說崔玉貴誤解了自己的意思，自作主張處死了珍妃。試想，慈禧死後光緒上台，會不會宰了崔玉貴。如果不除掉光緒，崔玉貴就是必死了，所以崔玉貴很有作案動機，但是缺乏的仍然是證據。
第四種觀點認為殺死光緒的是奕劻。
持有這種觀點的人是晚清翰林院庶吉士胡思敬，他在《國聞備乘》中講了這樣一件事：奕劻推薦郎中力鈞進宮給光緒治病，力鈞給光緒進獻了一副藥劑，光緒吃後狂瀉不止。第二天，力鈞再進去，光緒怒目而視，後來，力鈞再也不敢去了。這個傳聞是真是假無法驗證，即使是真的，也不能完全斷定殺害光緒的人是奕劻。
第五種觀點認為殺害光緒的兇手就是慈禧。
惲毓鼎在《崇陵傳信錄》中記載過這樣的事情：得知慈禧病了，光緒面有喜色；慈禧聽說了這件事，大怒：「我不能死在你前頭。」
換句話說，慈禧擔心自己死後政權落入光緒手中，怕光緒推翻自己製造的種種冤案，更怕光緒在史書中抹黑自己，所以下手毒死了光緒。
事實上，光緒在囚禁瀛台的日子裡，仍然沒有放棄學習。他每天都在閱讀中國古典書籍和西方的一些書籍，甚至還每天跟德齡女士學習一個小時的英文，詢問西方國家的政治制度和風土人情。德齡如此回憶當年光緒向自己求學的事情：
每早見皇帝，當余有暇時光緒必問英文，所知甚多。余見皇帝，極有趣味。在太后面前，面容肅默，或有時如一獃子。若離開時，竟然又是一人。
在中國第一歷史檔案館裡還保存著光緒當年索要圖書的書單，從中可以看出，光緒求學的慾望絲毫未減。這說明，光緒對未來還是存有希望的，他現在只不過是韜光養晦，指望有天慈禧死後，自己能夠重掌朝政。聽說慈禧病重，光緒心裡肯定是高興的，他萬萬沒想到，政治太險惡了，一個表情不對就可能有性命之憂。
清宮太監在回憶錄《清宮瑣談》中有這樣的記載：「光緒本無大礙，諸醫開方藉以平和之劑為葯，然而，太監們在光緒死前已得到光緒駕崩的消息。當時在瀛台侍疾者共六名，其中兩人餓死，剩下幾人食不果腹，『因餓失血者又凡三人』。光緒死前，在床上召喚醫生周某，他兩眼瞪大，四次用手指指口，周某知帝餓極，但實在是沒有吃的，就連他本人也三天未進食了。後來，光緒帝漸無聲息了。不久，醇親王入見，周報告說皇帝已去世，醇親王用鏡子試皇帝鼻息，確信其已死亡，於是匆匆而去。一會兒，皇后趕來探視，隨後便把皇帝駕崩的消息公之於眾。」
著名金石學家、教育家啟功先生的曾祖溥良當時擔任禮部尚書，是主管禮儀的最高官員。根據溥良的回憶，慈禧臨終前，他就守候在慈禧的寢宮外面。在宣布慈禧駕崩前，溥良看到一個太監端著一個碗出來，溥良問是什麼。太監回答說是老佛爺賞給萬歲爺的酸奶。光緒服下了這碗酸奶就駕崩了。
光緒之死可以說疑雲重重，眾說紛紜，有一點是無法否認的，光緒確實死得太突然了。沒有人想到光緒會突然死去，大家都不知道該怎麼辦，甚至不知道應該把皇帝葬在哪裡。大家只好暫時把光緒的遺體停在梁各庄行宮，一個月後，才為光緒選好陵址，開始修建陵墓。到民國四年（1915年）時，光緒才正式下葬崇陵。此時，距離他去世已經有七年了。
為了解開光緒暴死謎案，考古學家聯合中央電視台、中國原子能科學研究院、北京市公安局法醫檢驗中心、清西陵文物管理處等機構組成了專題組，經過五年多時間的研究和實驗，用先進的科學技術來探尋光緒死亡之謎。
最後得出結論，光緒死於砒霜中毒。但是究竟是誰下的毒，仍然是一個謎。