1904年，在徵得朝廷同意後，袁世凱開始了擴軍計畫。他先在山東、河南、安徽招募了幾千壯丁，練就了一鎮的兵馬。後來，袁世凱又盯上了張之洞的自強軍，通過各種手段將自己之前的武衛右軍一部分人馬和張之洞的自強軍合編為一鎮，並接管軍事領導權。
至此，北洋軍已有六鎮的兵馬。袁世凱很清楚，這點兵力跟西方列強相比仍然不值一提，所以他不斷派遣留學生到國外去學習西方先進的軍事科學技術。
1906年，袁世凱在保定成立了陸軍軍官學堂，後來的民國「總統」蔣介石就是畢業於這個學堂，由此可見這個學堂對於近代中國軍事的影響力。
袁世凱不滿足於北洋新軍的稱號，請求朝廷將自己的六鎮兵馬改名為陸軍一鎮、二鎮、三鎮、四鎮、五鎮、六鎮。為了向全國人民展示自己軍隊的戰鬥力，袁世凱決定找個時間來演習，演習取得了空前的成功，國內外很多軍事家都在一旁觀看，紛紛誇獎陸軍六個鎮的戰鬥力。
這次演習讓袁世凱名聲大噪，成為了國際軍事界明星。隨之而來的是軍隊的擴大，他的軍隊很快就擴展到九萬人。由於這些軍隊很像是袁世凱的私人衛隊，所以引起了朝中一些守舊派的不滿，很多人向慈禧進言，說袁世凱已經威脅到大清的江山，最好是除掉。
不過，當時朝中第二把手奕劻是袁世凱的好友，他早已被袁世凱買通，所以使勁為袁世凱說好話。一時半會兒，袁世凱倒也沒有什麼危險。
袁世凱是個聰明人，他知道慈禧對自己的崛起是很不放心的，他很想知道慈禧的態度，但是怎樣才能知道呢？最好的辦法就是通過慈禧身邊的太監來了解，李蓮英是慈禧最信任的太監，袁世凱首先想到賄賂李蓮英。不過，李蓮英權傾天下，跟慈禧的關係太近了，一個不慎，可能就會好心辦壞事。
所以，袁世凱把收買對象重點鎖定在馬賓廷的身上，馬賓廷也是一個太監，地位比李蓮英要低很多，跟慈禧的關係不是特別近，但是也能跟慈禧說上一些話兒。為了籠絡住馬賓廷，袁世凱甚至和這個太監做拜把子兄弟。由此可見，袁世凱這人做人做事真是無所不用其極。
袁世凱畢竟是一個能力很強的人，慈禧就算懷疑他，也不敢拿他怎麼樣。再說了，袁世凱處處小心，也算是個識時務的人吧！就這樣，袁世凱做了五年安穩的總督。
1906年，社會又開始動蕩起來，以孫中山為首的革命黨人宣傳「驅除韃虜」的思想在全國各地得到響應，同時西方的君主立憲思潮開始湧入中國，越來越多的有識之士對君主專制感到不滿。
排滿潮流的出現引發了滿族貴胄的恐懼感，袁世凱是當時最有勢力的一個漢人，他們很擔心袁世凱最後會成為端掉清朝的那個人。而且，袁世凱也是主張君主立憲的，他曾上書實行君主立憲制和責任內閣制，還要求清廷撤銷軍機處。
袁世凱的做法引起了慈禧的反彈，君主立憲制想也別想，撤銷軍機處也不可能。慈禧不僅沒有按照袁世凱的要求去做，還將兵部改為陸軍部，任命鐵良擔任陸軍部尚書，此舉等於是用鐵良來限制袁世凱的權力。
很多傳統保守的漢人官僚也對袁世凱很不滿，最典型的莫過於軍機大臣瞿鴻機。瞿鴻機是一個非常傳統的士大夫，他是一個清官，信奉忠君愛國的思想。袁世凱想要拉攏他，幾次給他送上厚禮，都被他拒絕。
除了瞿鴻機之外，朝中還有很多大臣指責袁世凱位高權重，已對君權構成威脅。
袁世凱看到自己終於引起了清廷的不滿，也算是識時務，主動請求朝廷撤去自己身上八個兼差，還請求清廷收回自己陸軍一鎮、三鎮、五鎮和六鎮的兵權。袁世凱這麼做本是以退為進，希望慈禧信任自己的忠心，並繼續讓自己掌握兵權。他萬萬沒有想到，慈禧居然連客套話都沒說，直接接受了他的「請求」。
就這樣，袁世凱一下子就失勢了，不過他根基深厚，隨時都有可能東山再起。