李鴻章原本已退居幕後，八國聯軍攻入北京後，慈禧再次起用他，讓他擔任直隸總督兼北洋大臣，代表清廷與列強談判。所以說，李鴻章是一個非常可悲的人，別人搞出事來，總讓他去收拾爛攤子，結果必然是做賣國賊背黑鍋。
也就是在這個時候，許多有識之士懇請李鴻章就任中國大總統，支持者不乏像張之洞、劉坤一這樣的實力派。李鴻章也不是沒考慮過，但是他始終還是一個傳統的士大夫，始終不敢挑起大梁。
接下來，李鴻章與列強簽訂了《辛丑條約》，這個條約是非常不平等的，中國要賠償十億兩白銀，據說李鴻章簽字的時候當場吐血。
《辛丑條約》簽訂後，只有慈禧一個人是高興的，全國人民都陷入了巨大的悲痛中，都在罵李鴻章是賣國賊。
不久，李鴻章就在悲憤中離開人世，臨死前李鴻章反覆念叨著：「毓賢誤國。」
據說李鴻章臨死前，給慈禧和光緒上了一道奏摺，在奏摺中他給慈禧推薦了自己的接班人，李鴻章說：「環顧宇內人才，無出袁世凱右者。」
慈禧接受了李鴻章的意見，讓袁世凱擔任署理直隸總督兼北洋大臣。此時，袁世凱儼然成為大清國的脊樑柱。在當時的中國，只有兩個人是真正的實力派，一個是張之洞，另外一個就是袁世凱了。張之洞把湖南、湖北經營得不錯，給自己的軍隊自強軍裝備了德國新式武器；袁世凱的新軍比張之洞的軍隊更強，不僅配備了新式武器，還接受了嚴格的西式訓練。
1901年10月，慈禧決定返回京城。到達直隸境內時，袁世凱聽說慈禧進入直隸，立即準備了盛大的歡迎儀式。他將保定的行宮布置得極為奢華，慈禧離開直隸的時候，袁世凱為她準備了當時中國最豪華的專列，慈禧和光緒各用一節車廂，車廂內用豪華黃緞鋪飾，慈禧用的瓷器和杯盤都是精心製作的。
就這樣，袁世凱讓慈禧無限風光地坐上了駛往北京的列車，慈禧很高興，回到北京後賞給袁世凱一件黃馬褂，允許他在紫禁城裡騎馬。
慈禧回京後，表示對義和團絕不姑息，袁世凱奉命征剿義和團，義和團大股勢力基本被撲滅。後來，一個叫景延賓的人收攏義和團的殘餘勢力，又打出「掃清滅洋」的口號，將清政府和洋人都當成敵人。袁世凱命令段祺瑞搜捕景延賓，一個月後，景延賓領導的義和團被撲滅，景延賓本人被凌遲處死。
袁世凱辦事確實很利索，慈禧很滿意，1902年6月，正式授予袁世凱為直隸總督兼北洋大臣。
經過這次劫難，慈禧也知道必須推行新政了，她讓奕劻、劉坤一、袁世凱等人推行新政。新政的內容包括整頓吏治、改革官制、改定刑律、興辦學校、派遣留學生、成立警局、獎勵實業、軍隊改革等等。