9月21日，慈禧正式對光緒下手了。慈禧以光緒的名義發布了一道諭旨，稱皇帝生病不能理政，自己將再度臨朝訓政。
接著，從宮裡就傳來消息，光緒被囚禁在中南海瀛台，慈禧當著文武大臣的面說道：「工部候補主事康有為結黨營私，胡言亂政，立即革職。即刻派人緝拿康有為和他弟弟康廣仁，交由刑部治罪。」
聽到光緒被囚禁，康有為和梁啟超在第一時間逃到海外。
9月23日，光緒帶著文武大臣在勤政殿賀喜慈禧訓政，慈禧在大殿上反覆質問光緒，康有為所說的「圍園捕後」究竟是怎麼回事。光緒不敢如實回答，只好說是維新派不懂事，胡亂說的。慈禧很憤怒，下令將張蔭桓、徐致靖、楊銳、楊深秀、林旭、譚嗣同、劉光第等人革職，交由刑部審訊。
譚嗣同聽說自己被捕，非常淡定，當時很多人讓他趕快出逃，他卻鎮定地說：「每個國家變法都會流血，不流血怎麼可能變法成功呢？現在中國要變法，又沒人願意流血，這就是為什麼我們變法失敗的原因。這第一滴血就從我譚嗣同身上開始吧！」
9月28日，慈禧下令將譚嗣同、楊銳、劉光第、林旭、楊深秀、康廣仁六人斬首示眾。
在獄中，譚嗣同寫下了一首流芳百世的絕命詩：
望門投止思張儉，忍死須臾待杜根；
我自橫刀向天笑，去留肝膽兩崑崙。
戊戌六君子都是愛國志士，行刑時神色坦然，面無懼色。圍觀的人為他們灑淚，他們卻意氣高昂，深信自己的鮮血會喚起沉睡的國人。
此後，政權完全掌握在慈禧的手中，光緒的政治前途完全毀掉。慈禧撤去那道帘子，跟光緒一併坐在大殿上臨朝。大臣上奏時，光緒不準說話，除非慈禧示意他說話。退朝之後，自有人送光緒到瀛台，這個可憐的皇帝一天二十四小時都處在嚴密的監視中。
至此，光緒已經完全變成了一個木偶，有事的時候慈禧會讓他出來撐個檯面，以示皇帝一切都好，無事的時候就回到瀛台。
慈禧本來也準備收拾袁世凱的，後來袁世凱的頂頭上司榮祿為他求情，說現在國家正是用人之際，袁世凱是個不可多得的人才，還是讓他戴罪立功吧！
慈禧一聽，也好，反正現在沒有人可以動搖自己的權威了。