百日維新就這樣開始了，發布了維新詔書，光緒就跑到頤和園裡向慈禧報喜。
慈禧似乎沒有太多的喜悅，只是面帶微笑地點頭，悠悠地說：「變法固然是好事，但是有三件事千萬不能忘了。一、變法不能操之過急，任何事任何決策要深思熟慮之後才能行動；二、萬變不能離其宗，再變也不能變天，不能變了江山；三、要多用那些老成持重的老臣，不要輕信那些嘩眾取寵的小臣。」
光緒唯唯諾諾地點頭，心裡卻很反感那些守舊的老臣，特別是像李鴻章這種。光緒很明白，自己要站穩腳跟，必須提拔一批自己的人，除了康有為之外，還有後來的戊戌六君子。
光緒得到慈禧的允准，將康有為的冊子複印多份，每個大臣發一份。這次改革可以說是非常激進的，幾乎涉及國家的方方面面。經濟改革有七十多項，政治改革有九十多項。
說實話，這麼多新政接二連三地出台，就是連光緒自己都覺得眼花繚亂。看到這麼多新政同時出台，慈禧感覺越來越懸，她擔心的就是光緒的莽勁。
做一個有實權的皇帝就是爽，四天後，光緒罷免了對新政說三道四的禮部官員。要知道，慈禧在此之前叮囑過光緒，二品以上官員的任免權必須由自己裁決。聽說光緒敢私自罷免二品以上官員，慈禧很憤怒，光緒心裡開始感到害怕。
慈禧決定給光緒一點顏色看看，慈禧首先免去帝師翁同龢軍機大臣和內閣大臣的職務，讓榮祿取代翁同龢。這一招非常陰狠，翁同龢是帝黨的核心人物，罷免翁同龢等於是給光緒來個釜底抽薪。
慈禧此舉給光緒心理造成了極大的震懾，他很擔心慈禧接下來會搞掉自己。光緒緊急召見譚嗣同，讓他將自己的困境轉告康有為，讓康有為出謀劃策。康有為對光緒很是忠心，聽說皇帝的困境，立即想辦法，最後想出了四個主意：一、學習日本的明治天皇，皇帝應該在全國選一些忠心耿耿的勇士，由皇帝親自統領，這些勇士既可以保護皇帝，在非常時期又能成為先發制人的武器；二、改戊戌年為維新元年，以此彰顯朝廷變法之決心；三、減掉頭髮，更改服飾，以此動搖守舊派的心志；四、以巡幸的名義先到上海避避風頭，防止慈禧出手。
這四條主意完全是一個書生的餿主意，根本是紙上談兵，沒有可行性。
眼看康有為也不能想出什麼良策，光緒心情一天比一天焦躁，他彷彿預感到變法會流產，而自己也將失敗。這段時間，光緒經常無緣無故地發脾氣。
當時一個外國人這樣描述光緒：「大清國皇帝陛下的容貌看上去要比他的實際年齡衰老許多，額部凹陷，臉色發黃。他的嘴角流露出的是悲傷的、疲憊的和帶有孩子氣的笑容。當他咧開雙唇時，嘴裡露出的是參差不齊的長長的黃牙齒，兩側臉頰上都出現了深深的凹坑。他的表情並非缺乏同情心，不過更多表現出的是麻木不仁。從他的容貌上看，我們看不到一點生趣。事實上，光緒皇帝給我的印象是：剋制、冷漠、無趣、缺乏精力、疲憊不堪，整個人就像是半死不活的樣子……好像生活對他來說已成為一種負擔，這樣的人必定在走下坡路。」
其實，在當時這種激進的變法確實讓許多人感到困惑，連一向支持維新的袁世凱也覺得不妥。新政像雪花一樣分發到各地，執行起來非常困難，而且各地官員基本都是傳統的守舊派，對西方那一套根本一竅不通。官員們不懂新法，要讓他們執行可以想像有多困難。
兩江總督劉坤一的想法代表了大多數官員的思想，他說：「現在時事變幻莫測，一些思想離奇古怪，給人感覺像做夢一樣，到底是怎麼回事？可能是我年老昏聵吧，不懂其中的奧秘……」
百日維新這短短三個多月的時間裡，光緒先後發布了一百八十多條新令，可見他心情之急迫。但欲速則不達，越急迫越辦不好事情。
八月，京城裡到處流傳著謠言，說慈禧準備十月份帶著光緒去天津閱兵，並在閱兵的途中趁機發動政變，廢掉光緒。光緒聽到這個謠言，更加恐懼。
此時的光緒徹底亂了方寸，連他的心腹大臣都不知道他想幹嗎，他們經常看到光緒莫名發火，有時又一個人偷偷地哭泣。在變法最緊要的關頭，光緒急命康有為離開北京。光緒知道現在非常危險，在他心裡，康有為是一個非常重要的人，變法很有可能流產，但只要康有為活著，將來或許還有東山再起的可能性。
接著，光緒又緊急召見袁世凱，說實話，在心理上，袁世凱是同情和支持光緒的。但光緒在這個敏感時期召見自己，他已料到事情非同小可，如果被慈禧知道了，可是大事。
光緒見了袁世凱後，也沒有說套話，問他：「你的兵練得怎麼樣？」
袁世凱畢恭畢敬地回答：「士兵們已操練很久了，如果有戰事，他們一定可以為皇上效力。」
光緒一聽，面色稍有舒展，便問袁世凱平時是如何練兵的，袁世凱一一作答。光緒接著又說到變法的事，問袁世凱是怎麼看的。袁世凱激動地說，皇上做的是利國利民的大好事！
看到袁世凱站在自己這邊，光緒放心了。
接著，光緒忽然提到一個讓袁世凱害怕的問題：「如果我把統領軍隊的重任託付給你，你能保證絕對效忠於我嗎？」
袁世凱一聽，知道光緒話裡有話，連忙跪地：「微臣只要一息尚存，一定誓死為皇上效力。」
光緒沒有多說，只是用一種奇怪的眼神看著袁世凱：「你明白我的良苦用心嗎？我的處境你也是理解的。」
袁世凱抹著頭上的汗水：「微臣一定見機行事，皇上的意思微臣完全明白。」
康有為聽說袁世凱支持光緒，又給光緒上了一道奏摺，請求光緒殺伐決斷，乾脆來個宮廷政變，包圍頤和園，將慈禧轟下台。
沒多久，朝中就有人彈劾康有為等人，光緒一聽知道大禍臨頭了，他知道自己暫且不會有事，康有為只怕難逃一劫。光緒讓人密告康有為，讓他先逃到上海，康有為聽到光緒的密諭，頓時眼淚流了出來，和愛國青年們抱頭痛哭。
康有為說：「皇上處境這麼艱難，還不忘關心微臣的安危，像這樣的曠古明君世間少有，如果我這時候逃走了，我還算什麼維新導師。大家一起來商量商量，看看怎麼營救皇上。」
在這些青年中，有一個實力派人物，就是徐世昌，他是袁世凱的心腹好友。
幾個熱血青年說道：「我們也很想干一票，可惜我們手中沒兵啊！」
康有為得意地拿出一封信，說道：「這是袁世凱給我的信，上面寫著赴湯蹈火在所不辭，這不就有兵了嗎？現在最關鍵的是找一個可靠的人去聯絡袁世凱。」
譚嗣同一聽，立即站出來：「這個任務就交給我了。」
譚嗣同雖然是官僚家庭出身，但渾身上下有一股任俠豪邁之氣，他找到袁世凱後，直接開門見山：「現在皇上處境危險，只有閣下手中有兵，你干還是不幹？」
袁世凱雖然很吃驚，但心裡是支持光緒的，他表示這個計畫過於冒險，不如選擇一個更穩妥的政變計畫。根據袁世凱的意思，最好是等到慈禧和光緒到天津閱兵的時候再動手，自己到時以保護皇帝為名，當場誅殺榮祿，然後再囚禁慈禧，到時朝政就由光緒一人說了算。
譚嗣同一聽，覺得袁世凱的話確實有道理，便將他的意思轉告給康有為，康有為也同意了。
袁世凱那時是真心效忠光緒的，他回到天津後立即準備彈藥和武器，準備大幹一場。但袁世凱低估了對手的實力，光緒秘密召見他的事早已傳入慈禧的耳中。
袁世凱在天津的所作所為似乎也為慈禧所知，慈禧給榮祿下了四道命令，讓直隸提督聶士成帶領一萬七千人駐紮在陳家溝，如果袁世凱有異動，這支軍隊將第一時間進行阻撓袁世凱的行動。前後，慈禧調集了四萬八千人拱衛京城，加上從山海關到北京的駐軍，共計有十三萬人。而袁世凱的新軍不過七八千人，袁世凱看到慈禧的舉動，明白了這個女人為什麼穩坐江山幾十年了。
光緒雖然授予了袁世凱直接殺榮祿的權力，還容許袁世凱殺完榮祿後直接取代榮祿為直隸總督兼北洋大臣。但袁世凱已經沒有擊敗慈禧和榮祿的希望了。