1894年，中日甲午戰爭爆發，之後中國戰敗。戰爭的慘敗促使光緒和一些有識之士積極圖謀變法，珍妃力挺光緒，堅決支持光緒變法。
珍妃這麼做等於是重蹈干政的覆轍，但作為一個女人她沒有其他選擇，她愛光緒，願意為他分擔憂愁。當時光緒的勢力遠遠不如慈禧，只有一些維新派支持光緒，在宮裡，光緒就更加勢單力孤，只有珍妃是可以信任的人。
光緒戊戌變法除了富國強民，也是為了跟慈禧爭權，珍妃介入此事，讓慈禧格外惱怒。
戊戌變法失敗後，慈禧大肆搜捕維新派，珍妃也未能倖免。光緒被囚禁在瀛台，珍妃被幽禁在鍾翠宮一個偏僻的地方。從此以後，光緒和珍妃再也不能見面。
被囚禁沒多久，珍妃就死了，年僅二十五歲。
關於珍妃之死，一直眾說紛紜，有人說珍妃是投井而死，有人說是被李蓮英殺死的，還有人說珍妃是被崔玉貴推入井中而死。
究竟珍妃是死於何因呢？
根據《清朝野史大觀·清宮遺聞》的記載，八國聯軍攻入北京後，慈禧挾持光緒西逃，在出逃前，慈禧忽然想起了珍妃，讓人把珍妃從北三所里釋放出來，原本想帶著她一起出逃，但是珍妃出來後，居然找到慈禧，再一次激怒了老佛爺。珍妃請求慈禧讓光緒坐鎮北京，與八國聯軍交涉。
聽到這話，慈禧當即火冒三丈。珍妃這個提議是合乎情理的，當年咸豐出逃，讓恭親王坐鎮北京，為什麼慈禧聽到珍妃的提議會如此生氣呢？
其實，珍妃的意思很明顯，她希望光緒借著這個機會將權力控制在自己手中，並在朝中樹立起自己的威望。光緒自親政後，實際上是個傀儡，現在是奪回權力千載難逢的好機會。
盛怒之下，慈禧秘密讓親信太監崔玉貴將珍妃推入貞順門的井中。
作為一個太監，崔玉貴在宮中的地位僅次於李蓮英，他是慈禧弟弟桂祥的乾兒子，跟慈禧的關係也非常近。慈禧回到京城後，為了平息謠言，將崔玉貴趕出宮去。還對眾人說，自己絕對沒有要把珍妃推入井中的意思，當時只不過是在氣頭上說說而已，崔玉貴為了討好自己，自作主張把珍妃推入井中。
光緒聽說珍妃的死訊後，渾身顫抖。在那一刻，光緒的世界在崩塌，堂堂的大清皇帝，連自己心愛的女人都保護不了，光緒的精神深受打擊。從此以後，光緒的內心世界充滿了壓抑，遭受政治和情感的雙重打擊，光緒原本脆弱的心靈已經變成碎片。
所以，光緒英年早逝也不是什麼奇怪的事情。
據說，直到臨終前，光緒身邊一直帶著一個盒子，盒子里裝著珍妃的頭髮，真是一個痴情天子。光緒經常對著珍妃的頭髮發獃，惲毓鼎目睹光緒愁怨，寫了一首詩歌頌光緒對珍妃的深情：
金井一葉墜，凄涼瑤殿旁。
殘枝未零落，映日有輝光。
溝水空流恨，霓裳與斷腸。
何如澤畔草，猶得宿鴛鴦。
1902年返京後，慈禧為了洗脫謀殺珍妃的嫌疑，對外宣稱珍妃是一個烈婦，她之所以投井是為了避免被洋人玷污。為此，慈禧恢複珍妃的名譽，還晉封她皇貴妃。
珍妃的屍體在井裡泡了一年多，恢複名譽後，她的姐姐瑾妃才敢懇請慈禧將妹妹的屍體打撈起來，慈禧恩准了。珍妃的屍體打撈上來後，被草草地埋葬於西直門外田村，這個地方有很多墳墓，主要是用來埋葬太監和宮女的。
慈禧死後，直到民國二年（1913年），瑾妃才將珍妃葬到光緒的崇陵里。