剛開始的時候，慈禧什麼都靠奕，兩人之間的合作看起來也比較愉快。奕權勢熏天，頂著這麼多的職位：議政王、首席軍機大臣、宗人府宗令、總管內務府大臣、總理各國事務衙門大臣。地位之隆在當時無出其右。在浩蕩的皇恩中，奕並沒有昏頭，他知道這是一種階段性的榮耀，他時刻牢記著「進退自如」四個字。
同治四年（1865年）三月初四，慈禧太后開始對恭親王奕發難。慈禧召見奕，對他說：「有人彈劾你，這是奏章。」
奕：「誰？原來是蔡壽祺，他……」
慈禧：「他怎麼了？」
奕：「沒什麼，有人彈劾也很正常嘛！」
蔡壽祺是四川人，以前是勝保的好朋友，後來擔任起居注官，也就是說他有更多的機會接觸內廷，接觸皇帝和慈禧太后，能夠在第一時間內掌握皇帝和太后的心理和情緒。如果不是看到太后對奕不滿，他就是吃了豹子膽也不敢彈劾恭親王。他這麼做，很顯然是背後有太后撐腰，奕也不是傻子，對此心知肚明。
奕無力地說：「蔡壽祺這個人人品不行，希望太后不要相信他，他以前就招搖撞騙，應該繩之以法。」
慈禧怒目說道：「打住，現在究竟是誰有罪，恭親王，你不要血口噴人，為了逃避責任，不惜信口潑污水。」
奕在心裡大罵：慈禧，你想整死我就直說啊，玩這些下三濫的把戲。
果不其然，隔日，慈禧召集內閣大臣，當著這些元老的面，一把鼻涕一把淚地說：「恭親王這個人要不得啊，以前我們孤兒寡母相信他，沒想到現在擅權作威，欺負我們母子，大家說說，我們還要不要活下去了？」
大臣們比猴還精，現在形勢還不明朗，自然不便表態。奕手握重權，慈禧心機很深，這兩人如果真斗得你死我活，未必能分出勝負。所以最好的對策是讓他們去斗，自己保持中立，誰贏了就支持誰。
慈禧一看這架勢，母老虎的脾氣上來了：「大家想想先帝吧，好好想想先帝吧，你們現在這個態度對得起先帝嗎？任何一個正直的大臣都不應該畏懼權勢，應該仗義執言，以國家大局為重。再說了，恭親王又不是老虎，難不成他會把你們吃了？」
周培祖是最圓滑的一個人，慈禧說完，他笑眯眯地說：「哎，太后啊，這種事只有你們兩宮才能決斷，我們這些臣子曉得什麼呢？大事還得太后自己拿主意啊！」
慈禧生氣地說：「那要你們這些大臣們幹嗎呢？國家需要你們的時候你們退縮，像話嗎？」
周培祖還算鎮定，整理整理情緒，說道：「太后，讓臣等給恭親王治罪也得有真憑實據，所以這事還得從長計議。」
周培祖和倭仁開始審問蔡壽祺，讓他拿出證據，蔡壽祺說：「我也是聽別人說的，哪裡有什麼證據？」倭仁：「你拿我們消遣啊，沒證據也得拿出證據，否則卸掉你兩條胳膊。」蔡壽祺：「憑啥啊？」倭仁：「就憑你誣告。」周培祖：「行了行了，蔡壽祺，你先回吧！」
蔡壽祺走後，倭仁問：「這下咋辦呢？」
周培祖：「我看這次太后是有備而來，證據這些東西都是次要的，現在關鍵是太后已經有了心思了。」
倭仁：「你是說？」
周培祖點頭：「所以我們一定要給恭親王定罪，削弱他的權力。」
周培祖上了一道奏摺，大意是說恭親王在理政過程中有一些不規範的地方，可以適當考慮削弱他的職權，一切聽候太后裁斷。
恭親王是個性格比較高傲的人，所謂理政不規範就是不夠低調，總是出風頭，不能謙抑自己的本性。就拿用人來說，奕重用漢人，慈禧很不高興，曾對他說：「乾脆我們把這愛新覺羅的江山拱手讓給漢人，你說好嗎？」
奕跪在地上說：「太后不必說氣話，現在國家有難，正是需要人才的時候，幹嗎管他是滿是漢呢？」
慈禧：「好你個恭親王，你處處跟哀家作對，你以為哀家不敢革了你嗎？」
奕聽了也上火，咸豐一個小小的妃子，竟敢教訓道光最愛的兒子，說道：「臣是皇考的第六子，你就算革了我的職，也不能革去我的皇子身份，你看著辦吧！」
慈禧第一步就是革掉恭親王的議政王職位，想當年韓信被呂后所殺，曾發出「兔死狗烹」的感慨。現在輪到恭親王了，恭親王為慈禧奪取政權，最終也難逃被烹的下場。
惇勤親王奕誴趕緊站出來，說恭親王是被人誣陷的，所參不實。慈禧已經下定決心要拿掉恭親王了，硬是罷免了恭親王議政王、軍機大臣的職位。後來軍機大臣文祥等人建議恭親王服軟，向太后認錯，並讓出內務府大臣的職位，這個職位是用來限制慈禧的，讓出這個職位等於是表明以後不管你慈禧怎麼花錢了。
還別說，這兩招還真管用，慈禧是個有仇報仇有恩報恩之人，你給了她好處，她也會讓你三分。再說，恭親王堂堂一個大男人，在太后面前痛哭流涕，尊嚴掃地，確實讓太后心情舒暢了許多。恭親王是真哭還是假哭我們就不知道，不過這一招真的很奏效，不是慈禧心軟，而是她看到恭親王認輸。
慈禧玩弄著指甲，漫不經心地說：「好了，別哭了，你繼續在軍機處上班吧！議政王這個職位就免了吧！」
慈禧這麼做無非就是想告訴恭親王：看清楚了，這裡誰說了算。
慈禧這麼一整，把恭親王的銳氣全整沒了。他算是懂得了一個道理，一個人再有本事再有能力，在領導面前也得像個奴才，這畢竟不是跟外國人打交道。奕這麼一畏縮，影響的還不只是他個人的生活，還影響了整個洋務運動，以後做啥事他都瞻前顧後的，簡直不像個男人了，跟以前判若兩人。
玩弄權術，遺禍無窮。
就在慈禧弄權之時，曾國藩跟幕僚趙烈文說了一番意味深長的話。
曾國藩：「我聽從京城裡過來的人說，現在皇城裡氣象不怎麼好啊，有人在街上明目張胆地搶劫，城市裡乞丐扎堆，好多婦女都裸著身子，沒衣服穿啊，看來國家民窮財盡了，以後怎麼了得啊？」
趙烈文：「您就別操這個心了，國家有國家的命運，我們這些凡夫俗子管得了嗎？清朝統一了這麼多年，肯定會分裂的。不過，清朝也算是出了幾個明君，仗著餘威估計不會在瞬間土崩瓦解。所以，我覺得災難肯定不會率先在中樞機構發生，倒是可能在地方督撫那兒，等各省各自為政時，大清就玩完了，而且不出五十年就能看到這一切。」
曾國藩：「那是不是還得像宋朝皇帝一樣南遷？」
趙烈文：「您就別操心了，南遷不可能了，中原陸沉，改朝換代。」
曾國藩：「幸好我活不到那年頭。」
趙烈文：「您活不到才可惜，活到了沒準兒這江山……」
曾國藩：「噓，打住打住！」
奕跟曾國藩的命運差不多，兩人都是了不起的人才，但朝廷只有在碰到大事的時候才用他們，平常無事的時候奴才吃香。