同治的病本來稍有好轉，但經過慈禧一番折騰，病情很快發生逆轉。
十一月十八日，同治的生命進入垂危狀態。第二天，同治的腰部紅腫潰爛，露出兩個潰洞，膿水源源不斷地流出。
沒多久，同治全身潰爛，大清國的皇帝已被病毒佔領，這是一個象徵，帝國被病毒佔領，處於畸形和腐爛狀態。
二十五日，同治的腰部和臀部已經連成一團腐爛的漿水，大清國的皇帝就快變成了一堆腐肉了，連太醫看到皇帝都忍不住要噁心。
二十九日，同治凝聚最後一口氣，召見諸臣。其實，也沒什麼要事，君臣之間只有一些簡單的問話，雙方心裡都很難受。誰也不希望看到皇帝這樣，當初皇帝混跡於花街柳巷，群臣們建議他保重龍體。同治不但不聽，反而責罵大臣，想到這一節，他心裡充滿了悔恨。
同治並沒有安排後事，在大臣們的安慰下，他依然相信自己的病有好轉的一天。
三十日，同治的病情進一步惡化，病毒正在侵蝕他最後一點生命。十二月初一，同治已經不成人形；到了初三，他已經是個膿狀體了。初五，病毒徹底征服了同治，他緩緩閉上年輕又死灰的眼睛，這眼睛在最後的時刻流出死氣和一絲疑惑。這疑惑是對生命的疑惑，是對人性的疑惑。同治最後的念頭是：這一切是宿命，老爸是這麼死的，自己也是這麼死的。
用我們現在的話說，基因，命運的力量，不可抗拒。
據說同治臨死之前頭腦也還清楚，他想效法老爸，搞個臨終託孤的遊戲。雖然同治沒有「孤」，但為大清國托一下也不礙事，我們姑且理解吧！同治找的人是帝王師李鴻藻，當時皇后也在身邊，同治先是問皇后：「我死後找誰來做皇帝呢？」
皇后哭道：「國賴長君，臣妾不願弄個小皇帝像當今太后一樣弄權。」
同治一聽，目光轉向李鴻藻：「愛卿啊，朕決定立載澍為儲君，讓他繼承大統吧！」載澍是康熙長子允禔五世孫，後來過繼給道光的第九子為嗣。
李鴻藻一聽，「哦哦哦」地記下了同治的遺詔。這個李鴻藻是個精明人，他知道皇帝的遺詔是無效文件，未來儲君的決策權在慈禧那兒。所以他前腳從同治那裡出來，後腳就進入西太后的大門裡，將皇帝臨終顧命之事和盤托出。
太后聽完後，將臨終遺詔撕成碎片，扔進火爐里，口裡還罵著：「這個混蛋兒子，還有那個小狐狸精，合夥來坑我。老李，你給我聽著，讓人把皇上的葯給停了。」
這個傳聞不知是真是假，不過可以肯定的是載澍當時只有五歲，並不是個長君。如果不是同治頭腦糊塗，那麼這個傳聞就是後人編造的。
同治短暫又痛苦的一生終於結束了，他的一生，可悲又可嘆，罪惡又無奈。留給皇后阿魯特氏的是地獄，暗無天日的地獄，從此她將生活在黑暗女王慈禧的黑色魔爪之下。
皇后哭成了一個淚人兒，她有太多的理由去哭，她傷的不只是情，她傷的是性命。皇后，你真的傷不起，不如吟誦元好問的《摸魚兒》吧：
問世間，情為何物，直教生死相許？天南地北雙飛客，老翅幾回寒暑。歡樂趣，離別苦，就中更有痴兒女。君應有語：渺萬裡層雲，千山暮雪，隻影向誰去？
橫汾路，寂寞當年簫鼓，荒煙依舊平楚。招魂楚些何嗟及，山鬼暗啼風雨。天也妒，未信與，鶯兒燕子俱黃土。千秋萬古，為留待騷人，狂歌痛飲，來訪雁丘處。
這首詞是元好問十六歲時寫的，當時元好問到山西太原參加科考，看到一個捕雁者捕了兩隻雁，一隻雁脫網而去，捕雁人殺掉一隻雁後，那隻脫網之雁悲鳴不已，盤旋不肯離去，竟至撞地而死。元好問是一個很敏感的詩人，大雁殉情一下子打動了他，讓他體會到愛情的永恆性。於是乎，寫下了這首千古流芳的詞作。
說實話，同治這麼一死，除了皇后，沒有人真正哀痛他。慈禧不用說，沒準兒這會兒還在偷著樂，那些后妃們，要指望他們對皇帝有感情，很難。至於大臣們，難過歸難過，畢竟相隔好多層，在他們眼裡，皇帝畢竟只是一個位子，皇帝死了，還會有人來做。
皇后難過歸難過，還不能像大雁那樣殉情，同治無後，國事交給誰來處理呢？皇后決定挑起這個擔子，皇后有責任心是好的，但這無疑是自找麻煩。
慈禧的意思是立載湉為儲君，載湉是奕譞的兒子，慈禧準備把他過繼給咸豐，自己繼續當太后。皇后聽到這個消息，那是非常悲憤的，同治死了，理應從宗族中挑選一個過繼給同治，再由他入承大統，自己當太后，慈禧當太皇太后。沒想到，慈禧直接為咸豐挑兒子，那意思就是撇開自己。
皇后找到慈禧，想做最後的抗爭，皇后的第一句話就是：「不管怎樣，不可以讓大行皇帝無後。」
慈禧一聽，冷笑道：「大行皇帝無後，你這媳婦倒有理了，如果有個爭氣的媳婦，說不定大行皇帝早就有後了。」
皇后一聽，淚如泉湧：「是……是我的錯，是我辜負了大行皇帝，但現在太后這麼做又是怎麼回事呢？」
慈禧暴怒：「立儲之事由我跟東太后說了算，你不要進來攪和，小心說了不該說的話，哀家賜死你。」
皇后：「死就死，有什麼了不起，我早就想死了，至少得為大行皇帝立嗣，我才能去死。就算死，我也是從大清門裡抬出去。」
「你……」慈禧翹起蘭花指，憤怒地說，「你敢羞辱哀家，你找死啊？來人吶，給這個賤人掌嘴。」
「慢著，」慈安趕過來說道，「姐姐不要動氣，皇后她也是為了大行皇帝好，大家各讓一步。」
皇后的父親崇綺一看女兒跟太后對著干，擔心她遺禍家族，竟然跑到慈禧面前說自己女兒這不好那不好的。慈禧冷笑道：「崇綺，我看你也是個聰明人，大行皇帝去世後，皇后悲痛欲絕，我們就遂了她的心愿，讓她跟大行皇帝一塊兒去吧！」
崇綺一聽，連忙說道：「老佛爺英明。」
崇綺回去後，讓人給女兒送去了一個食品盒，皇后打開一看，發現裡面空空如也。頓時明白，父親這是讓自己絕食而死，以免連累家人。在同治去世後七十多天，皇后絕食而死，終年二十二歲。
皇后殉夫後，慈禧對外界聲稱：「皇后跟大行皇帝的感情很深，坤儀天下，加封為嘉順皇后。」