咸豐駕崩時，懿貴妃只有二十六歲，鈕祜祿氏比她還小。這兩個年輕的女人能夠駕馭龐大的大清國嗎？很顯然是不能的，所以她們必須仰賴恭親王奕的經驗。
1861年10月4日，桂良上奏請求給太后上徽號，東宮太后為慈安皇太后，西宮太后為慈禧皇太后。此前兩天，內閣就太后垂簾聽政之事展開討論。名為討論，實際是讓大家舉手贊同。根據大臣們的觀點，在現在這種情況下，太后聽政是必需的。現在的問題是如何聽政，換句話說就是確立聽政的程序。
11月7日，內閣發出上諭，將新皇帝的年號由「祺祥」改為「同治」，所謂「同治」就是讓兩個太后一同治政，同時也有太后和小叔子一起分享大權的意思。
垂簾聽政的程序基本上是這樣的：兩個太后聽政的地點是養心殿東暖閣，小皇帝坐在龍椅上，兩個太后坐在後面，中間隔著一道帘子，跟武則天當年所作所為一模一樣。
除了聽政之外，大臣奏摺和緊急軍情也要交給兩宮太后審閱，太后審閱之後，再下發給議政王和軍機大臣。
太后垂簾聽政是清朝歷史上的大事件，因為在此之前還沒有太后聽政的先例，孝庄雖然很有頭腦，也只是通過自己的想法影響順治和康熙，從沒有直接干預朝政。古人說，牝雞司晨，國之不祥。從後來的歷史看，確實是這樣，同治和光緒接連早逝，而且沒有留下子女。甲午戰爭，中國海軍全軍覆沒，戊戌變法百日維新即宣告破產。袁世凱崛起後，逼退清廷，自己稱帝，旋即退位，一命嗚呼，隨後便是軍閥混戰。一個字：亂。
雖然名為兩個太后聽政，實際上是由慈禧一人聽政，慈安是個沒主見的人，再加上本性懦弱，一切都聽慈禧的。
在慈禧攫取大權的過程中，奕是最給力的一個幹將，慈禧提出賞其一個鐵帽子王，奕是聰明人，當然拒不接受。慈禧說：「既然六叔堅持不受，那這事就暫時緩一緩吧，將來等同治親政後，讓他來辦也行。」
這一階段，大清的實際政權掌握在奕的手中，他相當於一國丞相，兩宮太后是名義上的最高領導者，而同治呢，只是帝國的一個象徵。
這時候的奕權勢熏天，朝中大臣多是他的黨羽，地方督撫很多也是支持他的，就連西方勢力也挺他，把他看成是中國未來的希望。在西方國家眼裡，奕是一個頭腦開明的人，非常適合做清政府的代理人。有奕在，他們與中國的商貿合作將更順利。
英國領事羅伯遜甚至建議大英帝國扶植奕為皇帝，所以奕在後人眼裡又是一個投降派、賣國派。這種看法顯然是不公平的，奕跟列強妥協是事實，但妥協跟賣國完全是兩碼事，不妥協的下場我們已經看到了，如果單純從效果來說，不妥協反而造成了「賣國」的結果。
面對一個強盜，你打不過他，這時候硬碰硬是一種非常愚蠢的行為。幸好老外的想法跟我們不太一樣，他們沒有說趕走了皇帝自己當皇帝，只是搶些金銀珠寶。但也不是所有的洋人都沒有「彼可取而代之」的想法，美國人白齊文就是劉邦項羽式的人物，他是洋槍隊的隊長，看到清軍被擊潰，政府近乎崩潰，他忽然產生了自己當皇帝的想法。當然，憑他的力量還不能做到這點，所以他找英國人戈登商量。
幸虧白齊文的想法不是歐美的主流思潮，戈登覺得這個人完全是個無賴，是個瘋子，毫不猶豫地拒絕了他。還別說，如果白齊文真得到了支持，然後組織一支兩萬人的軍隊，說不定還真能當上皇帝。
戈登雖然反感白齊文，但很看好李鴻章，他曾對李鴻章說：「中國現在沒希望了，以後恐怕無法在世界上立足，除非老兄你能夠取而代之啊！老兄如果想當皇帝，跟兄弟我說一聲就行了，我手下的洋槍隊必定唯老哥你馬首是瞻啊！」
李鴻章一聽，當然嚇壞了。老李有才，但沒有膽，稍微有膽的話，可能後來就不會被貼上賣國賊的標籤了，反而是民國的國父了。人這一退縮成啥樣了，在以成敗論英雄的社會裡，不存在什麼公平的，大家只看結果。
說這麼多，無非是說恭親王不是一個賣國賊，他是有自己難處的。你不能指望他變出一支現代化的軍隊，把洋人們都趕盡殺絕。雖然他不能變出一支現代化的軍隊，但他確實很努力，知道中國只有自強一條出路，這是他跟洋人打交道過程中的實踐總結。
實際上，恭親王掌權以後也確實做了不少好事，對內對外都是如此。內有「長毛」之患，恭親王要搞定他們，必須重用曾國藩、左宗棠、李鴻章這些人。曾國藩雖為兩江總督，但是管理四省軍務，分別為浙江、江蘇、江西、安徽四省，奕還授他為協辦大學士。此外，奕提拔左宗棠為浙江巡撫，李續宜為安徽巡撫，曾國荃為浙江布政使，李鴻章為署理江蘇巡撫。這些安排無非是希望儘快平定內亂，為國家的自強和發展製造一個良好的內部環境。
在跟外國人打交道的過程中，恭親王更是忍辱負重，如履薄冰，方方面面都要考慮到。好在他天性聰明，很多問題能夠處理得恰到好處。一方面，大清的政權是一定要保住的；另一方面，盡量以最小的代價換取洋人支持。要把洋人伺候舒服又不能讓他們獅子大開口，外交就是這麼練出來的。
奕認為：英國人是最霸道的，俄國人居心叵測，法國人貪財，美國人相對來說性情要淳樸一些。他這個看法大體是正確的，美國的獨立原本就是反抗霸權和控制的結果，所以美國在建國時很注重自由與民主。自由的一個最重要的內涵是不侵犯別人的自由，這個別人也可以升級為別國，只要你不把美國惹毛了，他一般都可以跟你有話好好說。
奕還提出，國家要自強，首先靠練兵。而練兵首先要有利器，不能拿著長矛亂舞，得有先進的洋槍洋炮。要有先進的洋槍洋炮，必須花錢買，錢從哪裡來？奕說，從海關的稅收中來，用洋人交的稅購買洋人的槍。史載奕聰明看來一點不假，他當然也知道買別人的東西始終是下策，最好的辦法是自己能夠製造，但是洋人太狡猾了，把那些好技術都捂得緊緊的。