從後來新疆官員們不斷隱瞞軍情可以看出，對這批官員的任命是極大的失敗，客觀地說，如果不是清廷的官員胡作非為，張格爾根本就沒有興風作浪的機會。最後道光也不得不承認：「這十多年來，派往新疆的參贊、辦事大臣貪虐殘暴，致使民眾怨恨日深，從而激起反抗。」
到了道光五年（1825年），官民關係越來越緊張，雙方劍拔弩張，有一觸即發之勢。論理，新疆的辦事官員應該感到煩躁不安才是，但他們卻一副無動於衷的樣子，坐視形勢不斷惡化。
清廷一個官員帶著兩百騎兵追剿張格爾的時候，沒找到張格爾，反而殺掉回民柯勒克孜部落的許多老弱婦孺，以此冒功。張格爾趁機和柯勒克孜的首領結盟，把這兩百清軍圍在一個峽谷里，全部殲滅。
道光六年（1826年）六月，張格爾對清軍正式出手了，他以祭奠祖先的名義，率領五百人，襲擊回城。清軍前來圍剿，反而被擊潰。這個消息一傳開，在新疆引起了劇烈的反響，許多對政府不滿的人蠢蠢欲動。兩個月不到，張格爾的叛亂勢力已經達到幾萬人。
不久，張格爾帶著大部隊圍攻喀什噶爾。清軍困守孤城七十多天，最後城破人亡，參贊大臣慶祥知道接下來面對的將是張格爾的瘋狂報復，乾脆自己解決了自己。果然，張格爾的叛軍進城後，對清軍進行了瘋狂的報復，不少清軍被虐待致死。
喀什噶爾陷落之後，叛軍的氣焰更加高漲，又先後攻下了葉爾羌、英吉沙爾、和闐等城。至此，張格爾已經控制了新疆，他志得意滿，公然建國稱王。
直到此時，道光才意識到新疆問題遠遠比想像的要嚴重，遂召集各個重要的部門一起研討軍情，並讓各級官員好好檢討一下過去六年在新疆問題上的錯誤。這種檢討更多的是一種檯面功夫，大家都清楚，在新疆將會發生一場大戰，必須在全國調兵，合力圍殲張格爾的叛軍。
為此，需要一個統帥，國家衰落的當頭，能幹的人似乎也越來越少。經過精挑細選，道光選擇了楊遇春，楊遇春是一個沙場老將，在乾隆時期，就是福康安手下一個得力幹將。嘉慶年間，楊遇春在鎮壓白蓮教起義中立下巨大功勞，深得賞識和信賴。
楊遇春當時是陝甘總督，道光任命他為欽差大臣，統領陝甘兵馬前去新疆平叛。碰到軍國大事，皇帝不可能完全相信一個人，因此，他還任命伊犁將軍兼大學士長齡為揚威將軍，同赴新疆平亂。長齡是主帥，楊遇春是主將，滿漢結合，相得益彰。
到新疆平叛，最麻煩的一件事情是補給線太長。為此，必須在中途設置許多中轉站，戶部尚書經過核算，發現一年的軍費至少要一千萬兩銀子。當時全國一年的財政收入也不過四千萬，聽到這個數字，道光嚇了一跳。道光對大臣們表示，政府只拿得出四百萬兩，大家一起想想辦法吧！
大臣們提議從各省徵集一些，不過也只能拿到兩三百萬兩，還差錢啊！沒辦法，道光只好忍痛割愛，表示願意動用兩百萬內帑。內務府大臣聽到要貢獻兩百萬兩銀子，很不情願，對道光說，皇上，你這麼一弄，我們以後就得喝西北風了。
道光吝嗇歸吝嗇，但是他知道，如果大清國沒有了，就是留再多的錢也沒用。所以，還是狠下心來拿出了這筆錢。
道光為什麼突然之間這麼大方了呢？也是被逼的，現在不是大方不大方的問題，而是社稷和名譽的問題。自從順治入主中原，清朝還沒有哪個皇帝淪喪國土，道光當然不想做這個千古罪人，兩害相權取其輕。
道光對這次出征非常重視，親自過問細節問題，要求主帥嚴明軍紀，賞罰分明。當然，主要的事情吩咐完了，道光也不忘回到節省層面，要官兵們盡量就地取糧，能節省就節省。「國家有國家的難處，希望大家都能體諒。」道光還告誡官兵們，盡量少買糧食，糧食價格過高就不要買，總之，在最合適的時候買。