嘉慶是一個非常悲劇的皇帝，他努力想做一個好皇帝，但是不幸的事卻偏偏全讓他攤上。「苗事」「教事」和「海事」平定之後，嘉慶原本以為可以過上幾天安穩日子了，可惜老天偏不讓他安生。
這次攪得嘉慶不得安寧的是天理教，天理教是白蓮教的一個分支，原名是榮華會和龍華會。教義和白蓮教大同小異，創造出一個類似於佛教西方極樂世界的「真空家鄉」，在那裡沒有苦難，人可以得到解脫。這給當時許多處於水深火熱的人一種精神上的慰藉，只要能給人們想要的東西，哪怕是虛幻的，也可以流傳得很廣，深受百姓歡迎。
天理教根據八卦分成八支，相當於天地會的堂主，當時林清就是這樣一個身份，擔任一個卦的卦主。後來，林清逐漸控制了各卦，並正式將榮華會改名為天理教。
嘉慶十六年（1811年），林清三次進京摸清情況，回來後與李文成商量，認為是時候舉事了。為了方便起事，林清對最高層進行了一些改革，作出了「八卦九宮，林李共掌」的決定，林清為「天皇」，馮克善為「地皇」，李文成為「人皇」。而且他們把「蛋糕」都分劃好了，起義成功後，林清得直隸，馮克善得河南，李文成得山東。
嘉慶十六年八月，彗星出現在西北方，林清等人抓住天象大做文章，說是天意讓他們起兵。最後大家商定在嘉慶十八年（1813年）九月十五日起義，主意敲定以後，大家便開始布置，李文成在河南滑縣舉事，林清在北京城內起義。李文成囑咐林清，一定要等到滑縣的起義軍到達北京才能發動起義。
嘉慶十八年七月十八日，嘉慶照慣例到木蘭圍場秋獮，臨走前，對許多人叮囑要搞好京城防衛工作，決不允許陳德之事再次發生。這些人口頭上答應得很好，嘉慶一走，他們馬上鬆懈下來。
就在這千鈞一髮的時刻，李文成也出了岔子，他派遣的牛亮臣帶領幾百人到大伾山趕製武器，結果被縣裡的巡檢劉斌發現。劉斌認為事關重大，立即抓住鐵工，訊問之後得知李文成要起事，便緊急密報河南巡撫高杞，請求立即派兵緝拿逆賊。但上層卻不當回事，認為不過是本地的一些尋常盜匪，劉斌也不過是為了邀功，故意把事情說得很嚴重。
不過滑縣的知縣強克捷不敢怠慢，利用縣裡有限的差役，將李文成、牛亮臣等人逮捕起來。可惜這兩人都是硬骨頭，死活不肯招供，哪怕被打得渾身潰爛也不肯說出一個字。
就在知縣準備將李文成和牛亮臣押到省里時，滑縣的天理教徒決定提前起事，黃興宰、黃興相和宋元成等首領認為事情已經敗露，如果再不動手，就只能受制於人。九月七日，滑縣三千天理教徒攻破滑縣縣城，擊殺了知縣強克捷，從獄中救出李文成和牛亮臣。
滑縣起義消息傳出後，直隸和山東的許多地方紛紛響應，天理教徒們圍城殺官，一場叛亂又在這塊古老的土地上燒了起來。
嘉慶，你真是不幸，什麼好事都讓你趕上了。
嘉慶進入木蘭圍場之後，兆頭就不太好，接連三天陰雨綿綿，河水暴漲，泥沙俱下，人馬很難前行。九月初一，嘉慶不得不下令減圍，幾天後，嘉慶草草結束圍獵。回京的路上，就收到天理教徒起義的消息。嘉慶親政以後，經歷的叛亂也不少了，他並不認為這些人能掀起什麼大浪，但是也沒有大意，作出了周密的部署，另外也避免事態擴大，弄得人心惶惶。
地方大員雖然在剿匪事情上仍然沒有多少長進，但至少堵住了天理教徒北上的路，這在嘉慶看來已經多少過得去了，自從上次被行刺時一百多人無動於衷，嘉慶就不敢對這些吃皇糧的人抱有太多的幻想。
林清在北京里對於滑縣提前起義一事完全不知道，由此可見，清軍多少還是發揮了一些作用。九月十五馬上就要到了，林清召集眾人商議起義之事，正黃旗曹福昌被林清收買，他向林清透露嘉慶將在十七日抵達白澗。曹福昌說，到時候文武大臣一定會出迎，大家誰也不會想到有人起義，可以趁著這個機會打嘉慶一個措手不及。
曹福昌的建議很好，可惜偏偏碰上了林清這個死腦筋，他認為九月十五是天意制定的日子，絕對不可以更改。
林清決定十五日派幾百人攻入內宮，但是「間諜太監」認為內宮不是很大，容不下太多人，何況天理教有神術護體，一定可以取勝的。最後，林清決定派兩百人攻入內宮，由「間諜太監」引路。
進宮的人約好用「白帕」為標誌，化裝成小商販在菜市口、珠市口和前門一帶彙集。等到十五日午時一到，立即向內宮進攻。林清像個總司令一樣坐鎮黃村指揮，等待來自滑縣的援兵。
說來諷刺，林清起義的消息很早就泄露出去了，在豫王府當差的祝海慶在八日就知道林清起事的消息，甚至知道是在九月十五日午時動手，連這麼絕密的消息都走漏了風聲，由此可以想像林清的組織能力。祝海慶掌握這個絕密消息後，立即上報，可惜豫王裕豐對此無動於衷，只是敷衍說查明後再作定奪，但是一轉身裕豐就將此事忘在腦後。
起事之前，盧溝橋巡檢陳紹榮也發現了異樣，立即申報宛平縣縣令，可惜縣令也根本不當回事。隨後，他又上報步軍統領吉綸，吉綸聽了後，不僅沒有重視，反而有厭煩的情緒，竟然痛罵報告之人：「這太平盛世，你在這裡瘋言瘋語，腦子出了毛病嗎？」總之，各級官員玩忽職守，致使本來可以提前撲滅的叛亂最終還是發生了。
九月十五日午時一到，天理教徒們立即分批衝進宮內，不過宮廷禁軍也不完全是木偶，看到這麼多人往裡沖，也知道絕不是集體馬拉松。東華門禁軍立即下令關閉城門，結果只有很少一部分教徒沖了進去，下場很明顯，關門打狗，這些衝進去的天理教徒很快就被擒殺乾淨。
西華門那邊情況貌似好點兒，衝進去了幾十個人，這些人先進攻尚衣監文穎館，接著向隆宗門進攻。當時，皇子綿寧（清宣宗愛新覺羅·旻寧，原名綿寧，即位後改為旻寧）聽說有變，立即讓人準備好武器前去攔截。這麼點兒人就想攻下皇宮，當然是春秋大夢，天理教徒們很快就被撲滅，全部被捕殺乾淨。
我們再來看看那個林清，他坐在黃村貌似一個運籌帷幄的總司令，正痴心妄想李文成帶兵支援自己。就在林清想入非非的時候，清軍已經沖了進來，將他捆綁得嚴嚴實實。
這次起義雖然被輕鬆撲滅，但給嘉慶的精神刺激相當大。嘉慶想，這些人太欺負人了，我又不是一個壞皇帝，竟然衝進紫禁城裡造反。收到這個消息時，嘉慶正在白澗前往京城的路上，當時他就驚呆了，他不知道自己究竟做錯了什麼事，竟會招致這種千古難遇的奇恥，作為一個皇帝，他覺得自己太失敗了。一種受傷的情緒在心裡蔓延，但他仍不忘誇獎皇次子綿寧等有功之人。
嘉慶對失職官員非常氣憤，尚未回到京城，就對失職官員進行懲罰。步軍統領吉綸和左翼總兵玉麟被革職，嘉慶命內大臣托津提前回京，對失職官員進行查辦，還叮囑他一個都不要放過。
追究失職官員是情理之中，這件事最值得注意的是，嘉慶並沒有一味地諉過他人。他意識到自己的治理出了問題，懷著沉痛的心情，下了一道罪己詔：
我嘉慶德行本來就不深，謬受皇考託付，十八年來兢兢業業，不敢有絲毫懈怠。剛繼位的時候，白蓮教在四省肆虐，用了近九年的時間，才平定這場動亂。本以為從此以後可以和百姓普天同樂，沒想到天理教徒偏偏要破壞這和諧盛世，居然攻入大內。幸虧皇次子綿寧臨危不亂，平定了這場叛亂。大清開國已經一百七十多年了，列祖列宗，仁德深厚。我嘉慶雖然沒有列祖列宗那樣深厚的德行，但也自信沒有做什麼害民的事。遇到這樣的事情，我簡直無法理解，只能自責。災禍雖然起於一時，但「由」來已久。我雖然再三告誡群臣要忠心為國、勤政愛民，可惜他們都當成了耳邊風，終於釀成了這種從漢唐宋明以來從來沒有的事情，丟人的不只是我，也是整個帝國的官僚集團啊！說到這裡，我已經說不下去，只能以後躬身自省，知錯即改，上報天恩，下慰黎民。
在罪己詔中，嘉慶含蓄地批評了皇考和列祖列宗，認為這種事情雖然發生在自己的任上，但其實是長期以來的一個矛盾積累。嘉慶當然不敢直接批評列祖列宗和乾隆，只能採取這種婉轉的說法。當然，嘉慶更多地認為是自己的過失，而嘉慶的過失主要體現在「吏治」的失敗上。
吏治問題是乾隆中後期遺留下來的，嘉慶能不能治好我們不敢說，但顯然他並沒有達到整肅吏治的目的。
罪己歸罪己，林清卻難逃一劫，被凌遲處死。豫王裕豐是這個案子中處罰最重、級別最高的一個官員，嘉慶本想革掉裕豐的王爵，但考慮到這個爵位是豫親王多鐸憑藉軍功獲得的，就此作罷，最後罰了他十年俸祿。後來裕豐又窩藏天理教徒，嘉慶忍無可忍之下，終於革去他的王爵。
天理教事件雖然過去了，但是這一連串的衝擊波不僅衝動了清朝統治的根基