現在我們該說說朱㸣的下落了，朱㸣自從和蔡牽決裂後，有傳言說他的坐船被擊沉溺亡。事後，人們在廣東發現了朱濆的下落。朱㸣也是走投無路，一度想在潮州澄海縣接受招撫。
當時新任的兩廣總督那彥成主張對海賊進行招撫，不過廣東巡撫孫玉庭強烈反對，所以，朱㸣想接受招安也不可能。
那彥成是乾隆名臣阿桂的孫子，嘉慶還是比較看重這個名臣之孫的，那彥成年輕時就擔任軍機大臣，隨後又擔任工部尚書、都統、內務府大臣等職。可惜，在做官方面，他比不上祖父阿桂，他很難容人。就任兩廣總督後，他就因為招撫的事情和孫玉庭鬧翻了。最終，孫玉庭佔上風，嘉慶將那彥成解職。
清廷的政策之所以發生轉移，是因為勢力對比發生了變化。國內的動亂已基本平定，此時沒有必要對海賊進行招撫了，招撫要花費很多錢財，征剿的話相對還要划算一些。
征剿海賊這事還是李長庚最擅長，雖然之前有人彈劾李長庚，但嘉慶不但沒有聽信讒言，反而把彈劾之人治罪，李長庚因此更加賣力效命。
嘉慶十二年（1807年）春，李長庚在大星嶼擊敗蔡牽。十一月，又在浮鷹山再敗蔡牽。最後，將蔡牽逼出近海，此時蔡牽的家當只剩下三艘大船、十艘小船，而李長庚的力量是蔡牽的幾十倍。一向沉穩善戰的李長庚產生了輕敵情緒，由此犯下了人生中最大的一個錯誤。李長庚以為穩操勝券，親自帶兵打頭陣，沖在最前面，沒想到蔡牽一個炮彈發過來，擊中了李長庚的船隻，李長庚被彈片擊中咽喉，流血不止，第二天殞命。
李長庚雖然當場倒下，但清軍在勢力上仍然佔據優勢，然而主帥重傷瀕死，副將張見陞嚇怕了，居然下令撤軍。蔡牽這人真是命大，又僥倖逃過一劫。隨後，蔡牽逃到安南港口休整。李長庚不久就咽氣了，相信彌留之際他最後悔的事情就是當時怎麼就那麼輕敵呢？
得知李長庚犧牲，嘉慶淚流滿面地說：「朕和李長庚素未相識，因為他為國效力，朕屢次嘉獎。沒想到他在大功即將告成之前就為國捐軀了，李長庚雖然犧牲了，但賊眾經過他多年征剿，已是強弩之末。」嘉慶追封李長庚為三等壯烈伯，賜號「忠毅」，並在李長庚的家鄉為他立祠。
然而，張見陞臨陣脫逃這一節卻沒有受到追究，閩浙總督阿林保一向和李長庚關係不好，蓄意庇護張見陞，瞞過嘉慶。
李長庚雖然為國捐軀，但是蔡牽不能不除。隨後，嘉慶任命李長庚的部將王得祿為浙江水師提督，專門負責搜捕蔡牽；錢夢虎為廣東水師提督，專門收拾朱㸣。
嘉慶十三年（1808年）五月，蔡牽在安南待煩了，又乘風破浪回到福建。不過今非昔比，蔡牽舊部下王鐸、王准、郭秋等人多已經投案自首，他的兩個義子也被清兵捕殺，蔡牽感到自己勢單力薄，尋思著再和朱㸣聯手。
於是，蔡牽輾轉來到浙江海域，和朱㸣在舟山海域再度聯合，可惜兩人的勢力都大不如前，聯合不久就被浙江水師擊敗。失敗之後，蔡、朱二人再次分裂，分裂之後，朱㸣再次坐船出走，在回廣東的路上，金門總兵許松年追著朱㸣不放，終於將他擊斃在海中。
朱㸣雖死，他的勢力卻依舊存在，由弟弟朱渥接管。
朱㸣死後，蔡牽的日子更加難過了，勢單力孤不說，物資也越來越匱乏。清軍採取了封鎖策略，斷絕了岸上的物資供應，與此同時，還經常派出船隊搜捕他，蔡牽不得不經常更換坐船。
嘉慶為了解決閩浙水師的派系鬥爭，提升王得祿為福建水師提督、邱良功為浙江提督，陝西巡撫方維擔任閩浙總督，而阿林保則調離福建。
閩浙水師的派系鬥爭解決後對蔡牽是一場災難，他以前還可以利用清軍的派系之爭找到縫隙生存，現在沒有這個機會了。
不久，王得祿和邱良功就將蔡牽包圍在定海漁山，激戰了兩天一夜，蔡牽彈盡糧絕，卻始終無法突圍。彈藥用光了，蔡牽居然用銀子當炮彈，而且還打斷了邱良功的肋骨。銀子的威力畢竟比不上炮彈，換作炮彈，邱良功可能已經步李長庚的後塵了。王得祿也受傷了，還好都是輕傷。
蔡牽真是一個頑敵，王得祿和邱良功都明白，此人今日不除，以後不知猴年馬月能夠再有這樣的好機會。
當銀子告罄以後，蔡牽真的是無路可退了。他知道自己這些年來運氣一直不錯，現在他明白，這些好運害苦了他，他曾經錯誤地把這些好運理解成天子之命。今天，好運氣用完，他自知難逃一死，便用大炮砸沉了自己的船，選擇自盡的方式來維護一個造反者最後的尊嚴。
這事辦得讓嘉慶很滿意，加封王得祿為二等子爵，邱良功為三等男爵。當時，很多人為邱良功打抱不平，說你們功勞一般大，憑什麼王得祿的封賞比你高。邱良功倒是一個心胸豁達的人，他笑道：「以前海患不平，全因為派系鬥爭，現在海患平了，我高興還來不及，又何必計較這些次要的東西。」
邱良功是個識大體的人，國家的利益遠遠比個人的一點利益重要，如果當官的都像邱良功這樣，像蔡牽這樣的人也就沒有機會興風作浪了。
蔡牽死後，「海賊」們知道他們橫行海上的日子已經是過去時了，朱渥看清了形勢，帶著所有的船隻人馬向清軍投降。朱渥給清軍送上了一份豐厚的禮物，艦船四十二隻，大炮八百多門。嘉慶既然廟號仁宗，自然不至於殺掉投降的人，將朱渥遣散回籍。