嘉慶八年（1803年）以後，海盜行業發生了一些變化，這一時期海上主要首領是蔡牽和朱㸣。
蔡牽和朱㸣都是海盜行業的元老級人物，在此之前，他們是貨真價實的海盜，海上打劫，勒索綁票，無所不為。
蔡牽的勢力龐大到什麼地步呢？他已經取代了清廷水師維護海上秩序，海上商船但凡購買了蔡牽頒發的執照，就能平安無虞地到達目的地。這是官府之外另一種維護秩序的暴力，暴力集團的最終目的總是獲利。
蔡牽出洋的歷史非常早，乾隆五十九年（1794年）就在海上活動。嘉慶也很早注意到此人，在嘉慶三年（1798年）八月，他在上諭中點了蔡牽的名，把蔡牽當成江洋大盜中頭號通緝人物。蔡牽和朱㸣都是當時海盜集團的頭目。蔡牽有百來艘艦艇，朱㸣也有幾十艘，艦艇中配備有新式西洋大炮，這些裝備比當時清廷的水師還先進。
蔡牽和朱㸣通過壟斷海上秩序大發洋財，成為巨富後，他們有了新的目標——將巨資投入到反清活動中。這個轉變對嘉慶來說是非常嚴重的一件事，以前他認為這些人不過是求財，現在才發現這些人根本目的還是推翻清王朝，這些海盜的犯罪活動也由「盜」變成「逆」。
蔡牽和朱㸣不約而同地選擇了跟內地反清會黨聯合，並在台灣和沿海一帶攻城略地。嘉慶對此非常擔心，讓吉慶等人一定要盡最大努力切斷海盜與內地反清會黨的聯繫。
嘉慶七年（1802年）五月，蔡牽率領部隊襲擊了廈門附近的大擔山和二擔山炮樓，搗毀炮樓，搶走大炮。這是蔡牽第一次向清軍主動出擊，這次出擊的目的不是攻城略地，僅僅是搶奪大炮，但也暴露出了清廷海防的廢弛。事情發生後，照例是上面對下面一通責備，要求下面要加強訓練、搜捕盜賊，等等。
嘉慶八年（1803年）正月，蔡牽又進攻香普沱山。水師提督李長庚匆匆趕來禦敵，蔡牽兵力不足，敗走而去。李長庚一路追到福建省三沙洋面，將蔡牽圍住。蔡牽眼看就要全軍覆沒，突然靈機一動，利用閩浙總督玉德貪功的弱點，向玉德詐降，請求玉德不要讓浙江水師把自己趕盡殺絕。玉德居然相信了他的話，讓浙江水師回港。
然而，當玉德派人前去招降蔡牽時，蔡牽早已逃之夭夭。玉德被耍後，後悔莫及。
蔡牽死裡逃生，不敢再心存僥倖，立即耗費巨資打造更先進、更高大、火力更猛的戰艦，他打造的巨艇甚至比清廷最大的艦艇還大。總之，這一階段，蔡牽以加強自己的海上力量為主要任務。
遭受巨大挫折後，蔡牽也意識到盟友的重要性，這次失敗也促成了蔡牽和朱㸣的結盟。蔡、朱聯合後的第二年六月，首次襲擊了清軍。其時，溫州總兵胡振聲率領二十四艘運輸船，裝載木料送往福建造船。蔡牽和朱㸣襲擊胡振聲後，玉德讓胡振聲全力迎敵，打賊眾一個落花流水。可惜，福建水師卻不支援，不知是不是被蔡牽收買了。
胡振聲孤軍作戰，在蔡牽剛猛的火力之下，船隻全部被擊沉，八十一名清軍包括胡振聲本人全部光榮犧牲。
勝利之後，蔡牽和朱㸣又領著水軍進攻浙江水師。李長庚帶領水師主動迎敵，對面是蔡、朱龐大的艦隊，一百一十艘艦艇一字排開，整裝待發。面對黑洞洞的炮口，李長庚並沒有畏懼，親自指揮作戰。李長庚的戰術是將敵艦一分為二，自己帶隊親自攻擊蔡牽的部隊，部將則圍攻朱㸣的艦隊。
最後，李長庚終於擊敗了蔡牽和朱㸣。這兩人敗退後，產生了矛盾，蔡牽責怪朱㸣指揮不力，朱㸣很不服氣，帶著自己的隊伍離開，蔡、朱首次同盟宣告破裂。
李長庚不愧是清廷水師一個出色的將領，嘉慶九年（1804年）冬，李長庚又在甲子洋擊敗了朱㸣；嘉慶十年（1805年）夏，在青龍港大敗蔡牽。
經過這些打擊，蔡牽並沒有一蹶不振。嘉慶十年（1805年）十一月，他傾巢出動，在台灣登陸，發動了起事以來規模最大的一次戰爭。也就是在這次進攻中，蔡牽打出了「鎮海王」的旗號，換句話說，他不再滿足於做一個打家劫舍的盜賊，想當王了。在台灣登陸後，蔡牽立即聯絡天地會等一些反清的會黨，由此形成裡應外合的局面，清軍防不勝防。
攻克洲仔尾後，蔡牽全殲陳廷梅的部隊。隨後又攻入鳳山，擊斃清軍千總蘇明榮。此時，蔡牽可以說與清廷徹底決裂了，不是你死就是我亡，絕對沒有第三種選擇。敢造反的人首先要具備的條件是不怕死，其次要有相當的領導能力，還要有非凡的膽識和謀略，否則的話，造反就是活膩了。
蔡牽多少有些膽識，考慮到現在對自己威脅最大的是清軍從內陸調來的援兵，所以他命人火速砸沉港口附近的清軍大船。一切安排妥當後，蔡牽帶著萬餘人圍攻台灣府外圍屏障安平鎮和嘉義城，這兩城的清軍選擇死守，等待大陸方面的援兵。嘉慶接到台灣方面的急報後，立即調集重兵支援台灣。李長庚率先出動，抵達鹿耳門後，被沉船阻住，未能登陸。李長庚只好繞道登陸，蔡牽退守到洲仔尾。接著，許松年和王德祿在洲仔尾擊敗蔡牽，此時蔡牽陷入了困境，由於被沉船所阻，他的戰艦不能出去，被困在出海口。
到了這個地步，嘉慶也不得不給李長庚施壓了。嘉慶給李長庚發了一道諭旨：如果將軍能一戰抓捕蔡牽，公、侯、伯都不在話下，但如果讓蔡牽逃走，恐怕革職審問未必打得住。這等於是逼迫李長庚下軍令狀，提不到蔡牽的頭就提自己的頭。嘉慶當然不會真的要李長庚的人頭，這是領導的一個手段而已。
蔡牽這次論理是死定了，然而老天暫時還不想讓他死。在這個生死存亡的關頭，海口處突然漲潮，颳起了大風，沉船被風浪掀起颳走，蔡牽感慨老天有眼，居然飄然而去。官兵們當然是緊追不捨，可惜哪裡找得到蔡牽的影子。
蔡牽攻台的計畫雖然失敗，但是撿回了一條性命，也沒有損失主力部隊，真是幸運至極。
嘉慶氣得直跺腳，將李長庚等人革職。台灣穩定後，閩浙總督玉德被押到京城議罪，他是這次事件所有官員中處罰最重的。事實上，嘉慶早就看玉德不順眼了，玉德上次被忽悠，致使蔡牽逃走，他尸位素餐，將海防和水師治理得一塌糊塗。