清廷對海上活動有很多限制，這是閉關鎖國維護統治的一種手段。為了一家的江山，而將全國人民都與世隔絕起來，這顯然是一種非常自私，而且違背客觀規律的做法。
乾隆末年，海上洋盜勢力猖獗，這些活動可能跟安南的新任統治者阮氏家族有關係。當時清廷高層將「海事」「苗事」和「教事」稱為對帝國有威脅的三件大事。
這些海洋盜賊的背景複雜，但有一點清政府幾乎可以肯定，那就是這些活動背後有安南國王阮光平和阮光纘父子的支持。這些海盜跟今天的海盜沒啥區別，他們對海上來往的商船進行打劫獲利。海盜的活動嚴重地損害了清政府的利益，嘉慶剛即位不久，就著手打擊海盜活動。
嘉慶任命福州將軍魁倫、廣東巡撫朱珪、浙江巡撫吉慶緝拿海盜。當時清廷的水師並不足以遠洋出行，只能在近海進行搜捕，同時切斷海盜岸上的補給。
不久，魁倫緝拿了一百三十名海盜，其中有五十人是無照出海捕魚的漁民，嘉慶發現這事後，對魁倫進行了嚴厲的譴責，認為他將無照漁民和海盜混為一談，分明是冒功。
元月過後，嘉慶諭示軍機大臣：海盜長期生活在船上，油鹽柴米從哪兒來的？一定是靠沿海的漁民接濟，這些漁民賣給海盜食物雖然是為了謀生，但勢必助長海盜的氣焰，所以一定要對漁民嚴加盤問。
魁倫後來抓住了一個海上販子藍三世，最後雖然查明他並沒有向海盜販賣物品，但為了殺一儆百，魁倫還是把藍三世處以絞刑。嘉慶獲知此事，不但沒有責備魁倫，反而誇獎他辦事有方法。
由於當時國家危機四伏，嘉慶叮囑魁倫對海盜採用剿撫並用的手段。盜賊首領紀培投誠之後，嘉慶決定「以盜制盜」，利用紀培緝拿海盜。海盜熟悉海盜，嘉慶用海盜來制服海盜，在當時的情況下是成本最低的一種選擇，國家內憂太重，分不出太多的力量對付海盜。儘管如此，在治理海患方面嘉慶還是嚴格要求的。
嘉慶的老師、兩廣總督朱珪曾經抓獲了一個海盜頭目何玉理，發現此人在乾隆五十八年（1793年）就在海上打劫。這本來是應該獎勵的，但是嘉慶卻降旨責備朱珪，說這個海盜猖獗這麼長時間直到現在才抓住，充分說明各級官員辦事不力，要求刑部對朱珪嚴加議處。
朱珪是嘉慶非常尊敬的一個老師，嘉慶應當不至於吃飽了沒事去為難自己的老師。當然，很有可能是和珅在乾隆面前說了什麼，嘉慶不得不做出一種姿態。由此也足以說明嘉慶對海盜一事的重視。
當時的海盜不僅打劫中國的商船，遠洋來華的外國商船也未能倖免。
嘉慶元年（1796年）九月，兩廣總督吉慶發現了一個英國商人，根據這個英國商人的說法，他乘坐的商船在兩個月前被劫持，船中共有十人，其中六人被害，三人被劫走，他僥倖抱著木板漂流逃走。類似的事件經常在中國近海附近發生，以至於英國政府幾次提出派遣軍隊協助清政府征剿海盜。嘉慶當然不能接受這個建議，清政府的主權意識是相當強的，決不允許外國艦船開進中國海域。
不過，英國提出這個問題，足以說明當時海盜情況之嚴重。海盜的活動，嚴重地損害了中國的海上貿易。
對於安南阮氏幕後支持海盜的行為，嘉慶當然是非常反感的，不過嘉慶不便公開譴責安南，甚至讓下面的人不要張揚。這是從大局來考慮，國內局勢很不穩定，不宜跟安南結仇。
嘉慶二年（1797年）正月，兩廣總督吉慶又上奏發現安南的海盜，請示要不要照會安南國王。雖然已經掌握了一定的證據，但謹小慎微的嘉慶還是主張不聲張，他認為不能輕易挑起國家之間的矛盾。
嘉慶五年（1800年）六月，發生了一件特別的好事，這件好事用瞎貓碰死耗子來形容一點都不過分。安南有三十艘海盜船，糾合中國水澳幫、鳳尾幫海盜船六七十隻，在浙江沿海彙集，準備進逼台州。恰好當時海上雷電交加，風雨大作，海盜船隻覆沒殆盡。一些抱著浮木，或者泅水上岸的海盜都被定海鎮總兵李長庚俘虜。在這些俘虜中，有安南的四個總兵，這足以證明安南政府跟此事脫離不了關係。
這四個總兵被處以極刑，嘉慶把他們的官印歸還安南國王——這一招非常厲害，看你臉往哪兒擱，看你如何解釋這事。當時安南內戰一觸即發，安南新舊勢力爭權奪利呈白熱化。新阮代表阮光纘為了討好清廷，抓住六十多名海盜送往廣東，這些海盜可能都是舊阮操控的，阮光纘做出這種姿態，絲毫不能改變他是海盜幕後頭頭的事實。
但阮光纘討好清廷的自作聰明的做法，引來了一系列災難性的後果。許多海盜因此不再相信他，紛紛投降清政府，表示願意配合清廷消滅海盜。
嘉慶七年（1802年）八月，阮福映打敗了阮光纘，為了得到清廷的支持和冊正，阮福映抓住海盜首領莫觀扶等三人，送到廣東正法。經過審訊得知，莫觀扶等人本系內地盜犯，後來投靠了阮光纘，阮光纘封他們為總兵，讓他們從事海上盜竊。
阮光纘政權覆滅後，海盜問題終於告一段落。新任的阮福映政權在嘉慶的軟硬兼施之下，不敢再肆意妄為。