經濟上的豐收絲毫不能安慰政治上的困境。
嘉慶接受皇權的時候，大清江山已經走過了一半的路程，康乾盛世的高潮剛好過去。高潮之後自然就是落潮，所謂的乾隆盛世已經過去，留下的是危機四伏的帝國。
首先是吏治鬆弛、貪腐成風，各級官員利用職務之便聚斂人民財富，給百姓帶來了無盡的災難。
河工治理也是嘉慶關心的頭等大事，但是許多官員卻根本不放在心上，他們關心的是如何將治理河患的錢塞進自己的腰包里。嘉慶不是白痴，當然知道這裡面的貓膩，他就南河工程發表講話：「南河工程近年來撥款不下千萬，河患卻遲遲沒有得到解決，耗錢如此之多，一遇到河患，工程馬上坍塌，明顯有不法官員從中作假。」
對這種腐敗行為，嘉慶有切膚之痛，他寫詩罵道：「內外諸臣皆紫袍，何人肯與朕分勞？玉杯飲盡千家血，銀燭燒盡百姓膏。天淚落時人淚落，歌聲高處哭聲高。平居漫說君恩重，辜負君恩是爾曹。」
改革吏治、整頓風氣是嘉慶面前的第一道難題，頹風已經颳了這麼多年，短時間內很難改變現狀。
嘉慶認為，要改變朝野上下的頹風，必須從自己做起。嘉慶帶頭崇尚節儉，獎勵清廉。嘉慶第一道命令就是從今以後禁止呈獻寶物，這個命令似小不小，清朝有獻寶的風氣，各省督撫進京之前都會準備好寶物，每逢慶典佳節，寶物更是琳琅滿目、多不勝數，結果形成官場歪風，導致吏治腐敗，地方官拚命搜刮。
嘉慶並不是說一套做一套，而是身體力行。和珅自盡第二天，葉爾羌回部採到了一個重達上百斤的玉石，正在運往京城的途中，嘉慶下了一道旨令，不論玉石運到何處，即刻拋棄，不必運到京師，勞民傷財。
當年七月，嘉慶又下了一道「中秋節令」，說民間中秋不過是以瓜餅果肉為主，內廷也不要過於奢侈，以後中秋節貢要永遠停止。
如果說官場腐敗是乾隆留給嘉慶一個治不好的痼疾的話，那麼軍隊戰鬥力低下更是一個致命的問題。早在嘉慶當皇太子時，就跟隨乾隆到校場閱兵，當時的情景讓嘉慶記憶猶新，許多官兵剛騎上馬就從馬上掉下來，射箭的時候箭箭虛發。一場國家級閱兵差點變成了小丑鬧劇。在嘉慶看來，八旗子弟喪失了滿人尚武的傳統，這是最危險的一件事。跟努爾哈赤、皇太極時期的八旗鐵騎比起來，簡直是一個天上、一個地下。
由於武備鬆弛軍事懈怠，白蓮教起義之時，八旗兵不堪一擊，各級政府不得不徵召相對彪悍的鄉勇和團練。
到嘉慶即位時，國庫空虛，首先是乾隆揮霍了大量的錢財，六下江南、大修土木、連年戰爭，這些行為貌似很盛世，但加劇了社會矛盾。到嘉慶時，人民起義更加頻繁，是以嘉慶親政後國庫空虛，如果不是從和珅那裡找到一筆錢，嘉慶都不知道應該怎麼把大清這個公司經營下去。
與此同時，西方國家正在資本主義的道路上突飛猛進，在政治、經濟、科技和工業方面取得了重大進步。資本主義發展迫切需要開發海外市場，一再要求和中國通商，可惜閉關自守的清政府拒絕西方國家的要求，從而讓中國繼續在封建社會裡沉淪，資本主義的先進成果我們也沒法享受。
落後就要挨打，這是萬古不變的鐵律。乾隆給嘉慶留下了一個爛攤子，嘉慶將給子孫後代留下一個更爛的攤子。嘉慶無力改變清王朝衰亡的局面，所以很多人覺得作為一個皇帝他很平庸，有人也覺得他很可悲，那麼努力那麼辛苦，結果還是沒有遏止國家的下坡路。
朝鮮使臣來朝覲見後，回國說嘉慶紀律很嚴，做事不拖沓，很勤政。嘉慶經常工作到很晚，還經常叮囑大臣們，內外衙門一有陳奏之事，應最快送到朕的案桌前，不能耽擱。嘉慶四年（1799年）六月的一天，天氣非常炎熱，管理宗人府的睿親王淳穎不想嘉慶過於勞累，私自將宗人府的奏摺扣下來。嘉慶知道後非常生氣，還讓宗人府給淳穎議罪，並警告大臣，如果以後再發生這種事情，一定從嚴治罪。
嘉慶深知官員上書是治理國家的一個關鍵，如果大臣們都不敢上書，必然會導致言路堵塞，吏治不暢。所以，嘉慶頒發求言詔，表明自己歡迎官員們發表言論。為了讓官員們去掉心理包袱，嘉慶用實際行動表明了自己的立場。他為乾隆時期因為直言而獲罪的官員平反，甚至對蒙冤者公開讚揚，加官進爵。
在乾隆時期，有一個叫曹錫寶的官員曾經上書參劾和珅家奴劉全仗勢欺人，沒想到曹錫寶反而落了個誣陷栽贓的罪名，受到處罰。嘉慶親自為曹錫寶平反，說當時舉朝噤聲，曹錫寶卻能夠堅持自己的臣道，不畏強權，直言進諫，是一個鐵骨錚錚的諍臣。像這樣的臣子不僅不應該處罰，而且應該重賞。
嘉慶的誠意最終打動了朝廷群臣，許多大臣紛紛站出來解囊獻策，指出朝廷內外種種弊政。嘉慶所做的一切是因為他知道身上的責任沉重，這說明他早已看到了乾隆盛世所暗藏的危機，所以他當上皇帝之後，很多事情都以身作則，以達到上行下效的目的。為了緩解經濟問題，他主張勤勞節儉，表示終止父親南巡的傳統。
即使是乾隆，晚年也對六下江南表示後悔，曾說過：「當皇帝六十年，沒有犯什麼大錯，只有六次南巡，勞民傷財，好心辦了壞事。」
我們很難說白蓮教起義跟乾隆的奢靡之風有多大的聯繫，但乾隆治下，吏治腐敗、貪官橫行卻是不爭的事實。應該說，白蓮教起義和乾隆是絕對脫不了干係的。嘉慶用了九年的時間平定白蓮教，花去了兩億兩白銀，這些錢相當於清廷四年的財政收入。為了打贏這場戰爭，嘉慶大搞捐納，捐納可以緩解經濟窘迫，但是也會加劇官場頹風。根據雍正的說法，那些通過捐錢當上官的人不僅不知感恩，發憤報效國家，反而志趣低劣，拚命斂財收回之前捐出去的錢。
他們要斂財，就必須搜刮人民；搜刮人民，難免會影響社會的穩定。之前，他們捐錢為國家平亂，結果他們自己擾亂社會，這簡直是一個惡性循環。捐官制度只能是一種權宜之計，乾隆已經看出了其中的弊端，所以他下令子孫後代永遠取消這個制度，雖然乾隆曾因為一些特定的需要也實行過捐官制度。
根據清宮檔案的記載，嘉慶朝的捐納情況是最嚴重的。嘉慶時，國家問題特別多，財政明顯不足。為了緩解經費問題，嘉慶不得不實行捐官制度，將這些錢用在剿匪、治河、軍需等方面，甚至有時候連皇家的一些用錢也靠捐納解決，可以想見當時財政窘迫到何種地步。
許多有錢的商人紛紛出錢為國效力，其中也有像潘致祥這樣的洋商，他和鹽商溫永裕在嘉慶四年（1799年）各捐二十萬兩銀子犒賞有功的官兵。嘉慶五年（1800年），溫永裕和吳敘慈等人再次捐錢五十萬兩平定川陝一帶白蓮教。嘉慶十九年（1814年），洋商公會聯合捐錢二十四萬兩，鹽商公會聯合捐錢十六萬兩，用于軍費開支。嘉慶十年（1805年）時，黃河、淮河發生大水，徽商鮑漱芳捐米六萬石、麥四萬石救濟災民。後來，鮑漱芳還帶頭募捐了三百萬兩銀子開山歸海，修理河堤。
從這些例子中可以看出，對於捐納，嘉慶是非常歡迎的。這並不是因為嘉慶不知道捐納的壞處，只是當時國家問題太多，而且多是一些迫在眉睫的問題，從中可以看到嘉慶對富國強民的渴望。他急切地想把國家治理好，有些飢不擇食的味道。
當然，嘉慶的努力也不是完全沒有效果的，至少出現了一些表面上的轉機，但是清朝已經積重難返，嘉慶不可能從根本上扭轉清朝的危機。這些危機主要體現在三個方面：第一是吏治腐敗，第二是制度落後於時代，第三是西方的崛起。