剛即位第一年，乾隆就效法父親雍正秘密建儲。
乾隆元年（1736年）七月初二，二十五歲的乾隆皇帝召集總理事務大臣和九卿到乾清宮西暖閣。當著大家的面，把親筆書寫的皇太子姓名秘密封好，藏在乾清宮最高處「正大光明」牌匾的後面。
大臣們只是見證人，並不知道皇太子是誰。當時乾隆有三個兒子，皇長子永璜八歲，皇二子永璉六歲，皇三子永璋一歲。都是小孩兒，看不出誰更聰明、誰更賢明。那就看他們母親吧。永璜的生母是庶妃富察氏，永璉的生母是嫡妃富察氏，永璋的生母是庶妃蘇佳氏。永璉的生母地位固然最高，但是大清國立儲的原則從來不是立嫡，事實上清朝當上皇帝的都不是嫡長子。
皇太極是第八子，庶出；順治是皇太極的第九子，庶出；康熙是順治的第四子，庶出；雍正是康熙的第四子，庶出；乾隆是雍正的第五子，庶出。皇太極是憑藉自己的實力，壓倒政敵，當上皇帝；順治是因為多爾袞和豪格兩強相爭，撿了漁翁的便宜；康熙則是因為受到了祖母孝庄皇太后的寵愛，當上皇帝；雍正是自強不息，參與爭奪，最後權智高超，將皇位握在手中；至於乾隆，則是因為他的哥哥們太沒出息，他本人能力突出，順理成章當上皇帝。
康熙深受漢文化影響，在立儲時曾經拚命想立嫡長子，可惜最後人算不如天算，心灰意冷之後，他沒再立皇太子，所以搞得雍正即位非常尷尬。
雍正發明了秘密建儲制度是基於康熙朝立儲的困境，但秘密建儲也有不完美的地方，對於秘密繼承人來說，其中的秘辛只有當事人才知道。至少，乾隆體會是非常深刻的。因為秘密建儲的最根本目的就是削奪太子的權力，所有皇子地位都是一樣的。這樣一來，很容易產生這樣一個問題，就是被選定的那個人在當上皇帝之前沒有特權，跟兄弟們平起平坐。結果他當上皇帝後，兄弟們難免適應不了，有時候會表現出對新皇帝的不尊重。
當皇子的日子是非常壓抑的，乾隆感觸很深。所以當他出頭之後，決心廢掉秘密建儲制度，這可以理解，因為乾隆無法體會康熙的那種痛苦，所以乾隆的真實想法是像康熙那樣立嫡長子，換句話說，就是重複歷史。但是，作為雍正的兒子，如果一上來就廢掉父親引以為自豪的秘密建儲制度，這無異於不孝，乾隆還不能這麼做，但他公開表示秘密建儲制度只不過是權宜之計，甚至不惜冒著父親從九泉之下跳出來的風險，說秘密建儲只是無膽無識的庸主所為，可見，乾隆當時有憤青氣息。
當時，大臣們已經看出皇帝傾向於公開立儲，但那時大家還看不出乾隆居然想模仿漢文化的嫡長子繼承製。在漢文化的傳統里，一定要立嫡子，即使不是嫡長子，也要求是皇后所生。這就是為什麼朱棣篡位之後，不惜拋棄親生母親，將自己的生母說成是馬皇后。如果沒有這種制度文化，他有必要傷親生母親的心嗎？朱元璋受這種影響更深，嫡長子死後他居然讓嫡長孫繼承，選一個嫡次子或者嫡三子也行啊，他一定要「嫡長」到底。
乾隆當時沒有預料到皇帝跟太子之間是有矛盾和衝突的，若非親歷，可能很難體會，總認為到自己身上有辦法化解，其他皇帝只是沒處理好這個關係而已。如果是這樣想，就錯了，皇帝與太子的衝突是勢力本身的衝突，跟父子關係沒有太大聯繫。
皇帝是最高統治者，太子是未來儲君。帝國的權力掌握在皇帝手中，但是太子是潛力股啊，許多在皇帝面前不得志的人肯定想到投資太子，就算太子不想結黨，其周圍也難免形成一個黨派。對於太子黨的人來說，如果皇帝剛立完太子就兩腳一蹬，那就最好不過了，最少的投資可以換來最大最快的回報。可是，大多數時候，皇帝要活很多年，有的是十幾年，有的是幾十年。太子和他身邊的人難免天天盼望皇帝死去，有這種想法，你說皇帝和太子還能和平共處嗎？皇帝自然擔心太子黨謀害自己，而太子也會覺得皇帝猜忌自己，將來是不是有一天把自己給廢掉？
互相猜忌之後，後果就是康熙朝發生的事情，康熙朝太子事件絕不是偶然的。
乾隆秘密立儲之後，大臣們紛紛猜測誰是密定繼承人，一般認為是皇長子和皇二子，但誰也不能斷定究竟是誰。
直到乾隆三年（1738年），謎底才揭曉。皇二子永璉得了傷風，當時大家覺得是小感冒，也沒在意。沒想到，十天之後，永璉居然病逝了。乾隆聞訊，悲痛不已，痛哭流涕，將密詔公布出來，大家才知道密定人選是永璉。
乾隆選擇永璉為繼承人有兩個理由，一是永璉為皇后嫡生，還有一個原因是雍正生前也似乎看好永璉，理由是永璉這名字就是雍正取的，大有讓他連續帝國之意。
這道上諭發出來後，永璜和永璋非常受傷，他們終於明白自己在父皇心中的地位是次要的。如果乾隆這時候能夠剋制，不將密詔公布，而是等時機成熟再遴選一個合格的繼承人，可能對永璜和永璋就不會有太大的打擊。
永璉逝世後，乾隆很長時間沒有再立太子。
乾隆十二年（1747年）十二月二十九日，正是除夕。就在全國人民沉浸在喜慶氣氛之時，一個重大的噩耗再次降臨在乾隆頭上，皇七子永琮出痘而死，年僅一周歲零八個月。
這次，乾隆沒有像第一次那樣痛哭，但他還是公布了內心的秘密，也就是永琮是他內定的繼承人。永琮是皇后所生的第二個兒子，這樣一來大家知道了，原來這乾隆挑繼承人只會從嫡子中選。
永琮夭折後，乾隆沉痛地說：「本來從來沒有立元後嫡子繼承大統的先例，朕打算走先人沒有走過的路，求先人不能獲取的福分，這是朕的錯誤啊！」
乾隆堅持要立嫡子，恐怕還是一種思想的偏見吧！在他看來，只有嫡子繼承大統才功德完滿。當然，乾隆的元配富察氏確實是一個母儀天下的皇后，富察氏的曾祖是大清的開國功臣，家世顯赫。身為皇后，她不崇尚奢侈，反而非常節儉，喜歡用花草作飾品，不喜歡珠光寶氣的東西。她將後宮管理得井井有條，連皇太后鈕祜祿氏也對她讚揚有加，甚至對其他妃嬪生的孩子，富察氏也極為愛護。有這樣一個賢惠的皇后，乾隆非常滿意，讚揚說：「朕能夠專心於國事，全賴皇后的幫助和支持。」
兩個嫡子夭折，乾隆非常悲痛，欣慰的是，富察氏仍然年輕，身體也還好。正所謂，青山就在宮裡，還怕沒柴燒嗎？富察氏，你一定要再接再厲，朕是不會改變立嫡決心的。
乾隆公開說過這話：「選擇繼承人第一考慮的要素是嫡出，而不是年長。在嫡子原則上是立嫡長，而不是嫡賢。」
兩個兒子先後夭折對富察氏打擊非常大，在乾隆十三年（1748年），她一病不起，溘然長逝。
對於富察氏之死，乾隆自然是痛不欲生，悲痛的還有很多人，但也有一些人非常高興，譬如乾隆的長子永璜。永璜認為，皇后去世後，也就沒有嫡子了，在所有兄弟中自己居長，皇位理當屬於自己。永璋的想法跟永璜很接近，只是沒有永璜那麼快樂而已，畢竟永璜才是長子，估計皇后死了，也輪不到自己。但是，永璋對皇后之死漠不關心，這一點跟永璜倒是相似的。
兩個皇子的心理應該說是正常的，可惜城府不深。
乾隆看到他們對皇后之死不哀且樂，將他們狠狠地臭罵了一頓。皇后喪期過後，乾隆對兩人的憤怒不但沒有平息，反而逐步升級。乾隆罵他們的行為不堪入目，如果將他們的不孝行為公之於眾，在世人眼裡他們簡直是人渣（「伊尚可忝列人世乎？」）。
如果乾隆只是痛罵他們，事情還有挽回的餘地，他們的政治前途還是未知。但乾隆徹底斷了他們的前途：「大阿哥是長子，三阿哥也稍長，如果能夠安分守己，至少也能做個賢王或者貝勒。可惜，你們懷有異心，不自量力，日後必定兄弟相殘。」
說到這裡，乾隆想起雍正年間兄弟相殘的事件，突然變得歇斯底里，吼道：「與其將來讓你的兄弟殺你們，不如朕現在就親手解決你們！」
乾隆當然說的是氣話，但是兩個皇子早已嚇得渾身發抖。乾隆的這番話不僅斷送了兩個皇子的政治前途，也給他們的人生蒙上了一層陰影，他們擔心將來隨時有可能被新君殺害。
永璜受此沉重打擊後，很快就病倒了，最後一病不起。乾隆親自過去探望，永璜流著淚說：「兒子不孝，不能送父皇。」乾隆也悲痛萬分。不久，永璜去世了。乾隆知道，永璜之死自己是有責任的。
乾隆悲痛之餘，追封永璜為定親王，以親王之禮安葬。隨即對群臣下了一道死命令：「今後誰若提立儲之事，立即正法。」