準噶爾的叛亂剛剛平定，回部又發生內亂。乾隆有的忙了。
回部是居住在新疆天山南部信奉伊斯蘭教的維吾爾族，在當時，伊斯蘭教又被稱為回教，所以清朝稱當地人為回部。回部與準噶爾鄰近，長期受其奴役，準噶爾為了控制回部，將回部首領都弄到伊犁作人質。馬罕木特是回部一個深得人心的首領，噶爾丹策零為了控制回部，將他軟禁在伊犁。馬罕木特死後，他的兩個兒子大小和卓兄弟也被噶爾丹策零圈禁起來。
和卓在伊斯蘭語里是「聖裔」的意思，也就是穆罕默德的後代，可惜在強大的武力面前，祖宗穆罕默德也幫不了他們。準噶爾對回部的欺壓是非常沒有人性的，回部種植的東西，不論是谷麥還是蔬菜，到了收割季節，先一分為二，一半歸準噶爾，一半歸回部，然後再從回民的另一半里徵收十分之一。準噶爾派到回部的頭目，所到之處，一定要用酒肉和婦女好好款待。
清軍將回部民眾從準噶爾的奴役中解救出來，長期受囚禁的大小和卓兄弟也獲得了自由。乾隆對這兩兄弟深表同情，想藉助他們的威望和宗教影響力來安定回部民眾，命大和卓管理葉爾羌回部，小和卓管理伊犁回教。
可惜，小和卓不但不知感恩圖報，反而得寸進尺，想擺脫清廷，自立為王。小和卓不僅想自己單幹，還慫恿大和卓跟自己一起擺脫清廷。乾隆二十二年，乾隆拿出少有的好脾氣，派使者前來招撫這對反骨兄弟，然而這兄弟倆是鐵了心要反，居然把乾隆的使者給幹掉了。
乾隆氣得吹鬍子瞪眼，怒道：「決不能任由使臣被殺，一定要為他們報仇。」
乾隆任命雅爾哈善為靖逆將軍，征討大小和卓。說實話，乾隆實在低估了回部的力量，乾隆心想，不可一世的準噶爾都被我制服，昔日準噶爾的奴才居然敢跟我叫板，這不是找死也是找抽。雅爾哈善原本是文官出身，因為屠殺沙克都爾曼濟受到乾隆賞識，其實乾隆也清楚，這個人並不擅長用兵，但他武斷地認為，對付回部這些烏合之眾，像雅爾哈善這樣的人已經足夠了，如果用像阿桂、兆惠這樣的一流將軍，反而是殺雞用牛刀。
雅爾哈善率領一萬八旗兵和綠營兵，一路打到回部北方重鎮庫車城下，將城池包圍。然後，雅爾哈善作出諸葛亮羽扇綸巾的樣子，整天和人下棋，也不出擊，坐等大小和卓自動投誠。部將阿奇木建議他應儘快出擊，因為敵人有兩條路可以逃遁，但雅爾哈善根本不理睬，自信和卓兩兄弟一定會送上門來。
終於有一天，雅爾哈善無法再淡定了，士兵聽到城中有駝鈴之聲，告訴雅爾哈善，敵人可能正準備逃走。雅爾哈善仍然不相信，但是心裡已經在打鼓，沒法像以前那樣羽扇綸巾悠閑下棋了。
兩和卓在夜晚時分，從西門潛走，沿著北山口逃之夭夭。把守西門的順德納聽到士兵報告認為夜晚不適合發兵，到了第二天白天才派兵去追，刻舟求劍的故事我們都知道，如果這時能追到敵人那就怪了。事後，雅爾哈善把責任全都推到順德納身上。乾隆將順德納革職，同時責備雅爾哈善也有責任，讓他儘快攻下庫車城，並追擊大小和卓。
庫車城依山而建，城堅牆厚，易守難攻。提督馬得勝帶著綠營兵挖地道，可惜過於急躁，被敵人發現，結果用乾柴堵住地道，將六百多清軍活活燒死。雅爾哈善再次把責任全部推給下屬馬得勝，寫到這裡，我們可以看到雅爾哈善是一個推卸責任的能手，一有問題就讓別人來扛。乾隆讓這樣的人做主帥確屬用人失當。
庫車之戰從五月打到八月，沒有半點成效。雅爾哈善再次上奏彈劾他人，把戰事進展不順的責任全都往別人身上推。收到雅爾哈善的奏章，乾隆終於發作，痛斥雅爾哈善作為主帥，不但沒有引咎自責，反而往別人身上潑髒水，完全沒有主帥的樣子。隨後，乾隆讓兆惠去軍中，將雅爾哈善押到京城，最後雅爾哈善在京城被正法，正應了當初殺降不祥的預言。
兆惠再次擔任了主帥，可惜兆惠還沒到庫車，回人已經放棄了庫車城，退到薩克蘇，等待他們的是一座空城。兆惠又挺軍到薩克蘇，回部許多小頭目紛紛請降。聽到回部許多部落受撫的消息，乾隆以為征討回部將要馬到功成，不需繼續派遣援兵。兆惠帶領四千兵士進攻薩克蘇，沒想到後面援兵中斷，很快就陷入了困境。
兆惠在黑水營被數倍於己方的回兵圍困三個月，與回軍五次激戰，雙方都傷亡慘重，兆惠也幾欲喪命。乾隆得知前方戰況，緊急調撥援兵，終於，清軍兩路夾擊，擊敗了大小和卓。
乾隆二十四年六月，兆惠和福德率領大軍對大小和卓的大本營葉爾羌和喀什噶爾進剿。黑水營大敗之後，大小和卓已經失去了作戰的信心。而此時回部的人民早已對他們的統治不滿，不想跟著他們一起沉淪。大小和卓於是脅迫幾千回人跟自己一起逃亡，在逃亡途中受到清軍無情的追擊，大小和卓在逃亡的途中被巴達克山汗素勒坦沙擒獲。素勒坦沙割下兩人首級獻給清廷，至此回部叛亂平定。
如果給乾隆這次武功評分的話，可以給個五分。小小的回部居然耗費兩年才搞定，跟乾隆用人失誤有很大關係。後來任命兆惠是對的，但中途停止增援又犯了大錯，差點導致兆惠全軍覆沒。之所以給五分，是因為乾隆雖然犯了一系列錯誤，但畢竟知錯能改。