第一次金川之戰受惠最大的是岳鍾琪，他不僅重新獲得了三等公爵封號，還得到「威信」的賜號，獲得兵部尚書頭銜。在雍正朝，岳鍾琪因為作戰失利，罰款七十萬兩銀子，乾隆全部免掉。
莎羅奔年老後，他的侄子朗卡接替了他的位子，朗卡跟他叔叔是一個性格——也許這就是朗卡得以繼承叔叔衣缽的原因。朗卡是一個野心勃勃，進攻性特彆強的人，他屢次攻擊和劫掠其他土司。
乾隆三十一年，四川總督阿爾泰為了調解各個土司之間的關係，居然出面讓朗卡的女兒嫁給澤旺的兒子僧格桑。阿爾泰沒有料到的是，自己好心辦了壞事。阿爾泰本來的目的是讓各個土司和平共處，防止一方坐大。沒想到大小金川的土司聯姻之後，居然合起來欺負其他的土司。就這樣，大小金川的土司連番掠奪其他土司。
乾隆三十五年，朗卡病故，他的兒子索諾木繼承職位，而此時小金川的澤旺也因年老將土司事務交給兒子僧格桑。
乾隆三十六年，索諾木和僧格桑相互勾結，攻打革布希咱，殺害了土司色楞敦多布，接著進攻沃克什和明正兩個土司。阿爾泰奉命派兵鎮壓，其辦事非常拖沓，就像他肥胖的身體一樣，辦事效率相當低。乾隆實在受不了他，免掉其職務，讓雲貴總督德福接替他處理四川事務。
然而，德福來到以後，比阿爾泰還不如。阿爾泰好歹是準備辦事的，但德福卻上奏說，這地方環境怎麼怎麼糟糕，我軍在這裡如何不適應，還說土民雖然刁鑽，但是沒有妄念。乾隆看了，非常生氣，仍命阿爾泰署理四川總督。可惜，人的毛病是很難改的，阿爾泰歸位之後，還是非常拖沓，經常找各種理由推遲用兵，估計是不敢打，畢竟張廣泗、訥親的前車之鑒還不遠。不打的話最多是降職和丟官，如果打的話可能就是丟命了。
乾隆很失望，也只能失望，總不能把他斬了吧！只好革掉他大學士和總督的職位。
隨後，乾隆讓大學士溫福和戶部侍郎桂林前去四川。為了平定金川，乾隆可以說出手非常大方，他從陝甘調兵一萬七千，從貴州調兵八千，再加上四川的兵力，總共有六萬兩千五百多人。至於撥款就更龐大了，合計兩千九百萬兩白銀，乾隆甚至說，只要盪除賊寇，就是再多花一千萬兩，朕也沒有怨言。當時清朝的庫銀也不過八千多萬兩，乾隆一出手這麼豪放，讓人震驚。
到達四川後，溫福和桂林擬訂了作戰計畫，溫福率軍從汶川出發，桂林領軍從打箭爐出發。溫福和桂林還算給力，先後攻破巴朗拉和穆巴宗堡寨，接著直逼小金川。僧格桑仗著地勢險要，極力堅守抗拒。清軍經過兩個多月的狂轟濫炸才打開小金川的門戶。不久，溫福攻克了阿喀木雅，乾隆三十六年十月，桂林攻破五座碉堡，二十多座石卡。乾隆三十七年三月到四月，桂林戰果更加輝煌，一路擊破，直逼小金川的咽喉僧格宗。
看到前方捷報頻傳，乾隆非常高興，誇獎前方將領，讓他們儘快捉拿賊首。可惜好景不長，就在大家高興之時，前方忽然傳來戰敗的消息。桂林部將薛琮帶領三千人在墨壟溝被小金川軍隊圍住，薛琮向桂林求援，桂林卻沒有營救，導致薛琮全軍覆沒，僅有兩百人泅水逃回。
乾隆一氣之下，解除桂林的職務，調任阿桂接替他。此後，清軍又取得了一些勝利。然而在乾隆三十八年，清軍卻遭遇了一次慘敗，主帥溫福陣亡。溫福陣亡後，乾隆任命阿桂為定西將軍，全權負責剿匪事務。為了確保阿桂能贏得戰爭的勝利，乾隆向前線派送了大量的軍餉、彈藥和援兵。阿桂是一個身經百戰的優秀將領，手下有一大批猛將，如海蘭察、明亮、福康安、豐紳額。在阿桂的指揮下，清軍很快攻克了小金川，隨後以雷霆萬鈞之勢攻向大金川。中途，僧格桑病死，索諾木獻出僧格桑的頭顱向阿桂乞降，阿桂不理他，繼續進攻。
乾隆四十一年二月，索諾木自知山窮水盡，捧著印信，帶著全家和部眾兩千多人到清軍大營投降。第二次金川之戰就此畫上了句號。這場戰爭歷時五年，耗資七千多萬兩白銀，調兵十多萬，終於結束了，百姓可以喘一口氣了。
戰爭結束後，乾隆為了永絕後患，廢除了金川的土司制度，設置流官，加強對金川的控制。從此以後，金川就變成帝國的直接轄區。如果要給乾隆這次武功打分的話，可以打五分，雖然代價很大，但畢竟解決了國家內部的分裂和割據問題，將整個國家納為一個有機的整體，也將金川人民從水深火熱中解救出來。