領教了乾隆的「兩手政策」（一手施恩，一手施威）之後，我們再來看看乾隆是如何對待民間那些秘密宗教的。對於皇帝來說，宗教只有兩種，一種是正教，一種是邪教。所謂正教就是對統治有利，或者至少是無害的，所謂邪教則是禍害國家、危及社會穩定的宗教。
乾隆前期，天下雖然太平，但遠遠沒有達到聖王統治下四海昇平的境界，人民的反抗也一直沒有消停過。這些反抗組織大多偽裝成宗教形式，我們知道朱元璋就是依靠明教發家的，宗教是一種很有煽動性的組織，對乾綱獨斷的乾隆來說，這是需要格外警惕的。
當時，比較流行的地下宗教有大乘教、羅教、宏陽教、收元教、長生道等，這些地下教派跟白蓮教和明教有許多相似之處，組織嚴密，主張偏激，帶有濃重的神秘色彩。其中，以大乘教的傳播最為廣泛，這個大乘教跟佛經原義中的大乘教完全是兩碼事。
乾隆十一年三月，貴州總督張廣泗密奏乾隆，妖人張保太的黨徒流入貴州、四川，請求下令緝拿。張保太是雲南大理雞足山人，大乘教的創始人。康熙年間，張保太就開始在雞足山上傳教，自取法名「道岸」。康熙二十年，張保太創立大乘教，自稱「西來教主」。張保太創立大乘教的時候，正值平定三藩之後，當時中原百姓飽受戰亂之苦，紛紛渴望「明主」出現，所以說張保太從創教開始就是不懷好意的。
作為一個教主，張保太是成功的，他很快就把大乘教「發揚光大」，全國各地都有信徒。終於，他引起了雍正的注意。雍正八年，張保太被逮捕，本來是準備把張保太等人處以絞刑的。後來乾隆登基，天下大赦，張保太悔罪回鄉，繼續在暗地裡從事傳教活動。
乾隆六年，張保太西去，教主的職位由繼子張曉接掌。不過，張保太的再傳弟子劉奇能力更強，很快就取代張曉成為教主。劉奇當上教主後，以雲南、貴州、四川為大本營，開始向全國蔓延滲透，由此形成了一個龐大的組織。
張廣泗上奏之時正逢大乘教呈燎原之勢，這個奏章引起了乾隆高度的重視，他批示張廣泗，對這種事一定要嚴懲不貸，儘快抓住禍首，永除禍患，脅從的人不要追究。
隨後，乾隆下了九道諭旨，指示雲南、貴州、四川、江蘇、直隸、湖廣、江南、江西、山西等地通緝大乘教的大小首領。雲南總督張允隨首先發力，逮捕了張曉和劉奇的徒弟劉鈞、楊聲等六個重要的人犯，張曉和劉鈞被凌遲處死，楊聲斬立決。
張廣泗是取締大乘教的發起人，辦事更為賣力，他緝拿了張保太的弟弟張二郎。通過審訊從張二郎的口中得知大乘教的聚會時間和地點，結果將大乘教的一些重要人物一網打盡，逮住了貴州大乘教的首領魏明璉。張廣泗接著對魏明璉進行審問，得到了大乘教內部信息以及各地掌教人的資料。隨後，張廣泗上奏，其他的人都好抓，只有一個叫朱牛八的首領很難通緝，因為朱牛八顯然不是真實姓名，牛八合起來是個朱，這個名字隱含著懷念朱明的深意，似有反清復明之意。
當時，朱牛八是一個非常神秘的人，朝中沒人知道他的真實身份。大乘教可以算是白蓮教的分支，而朱牛八似乎是白蓮教的首領，在邪教的宣傳中提到：「清朝氣數已盡，四方正佛出自王門。胡人滅亡之後，何人登基？牛八原來是土星。」直接指明朱牛八是未來的皇帝。
朱牛八的線索一度中斷，直到有一天，一個教徒來到四川巡撫衙門口，案情才有了突破。根據教徒胡恆的口供，朱牛八是貴州羅貢生家裡的女婿。張廣泗立即展開緝拿，可惜沒有抓到此人，更蹊蹺的是根據胡恆提供的信息，貴州仁懷縣安羅里雖然有一家姓羅的，但這個人不是什麼貢生，而且在這一帶根本沒有傳教的痕迹。
四川巡撫紀山由於追查大乘教不力，多次受到乾隆的責罵，乾隆甚至罵自己沒有知人之明，讓紀山很沒面子。其實，紀山也不是完全沒有收穫，在四川時抓住了大乘教骨幹129人，只是一些首領沒有被抓住。後來，紀山加大追查力度，抓住了首領李奇和蘇君賢。
各省搜捕大乘教都取得了豐碩的成果，值得一提的是北京的情況。北京雖然貴為帝都，大乘教的活動卻非常猖獗，首領是一個叫呂齋婆的人。四川巡撫紀山審問劉奇時，劉奇不知道呂齋婆的情況。湖廣總督審問金友瑞，他也不知道呂齋婆的下落。呂齋婆的女婿張天序在貴州被抓獲，但也沒有供出呂齋婆的下落。
這場全國範圍內的血腥大捕殺持續了近九個月，一些主要案犯紛紛被緝拿歸案，一一正法。雖然像朱牛八和呂齋婆這樣神秘的人物逃脫法網，但已經興不起什麼風浪了。
乾隆十一年十一月，乾隆宣布結案，所有邪書收繳焚毀。